李鸿章一行到达日本马关，伊藤博文提前会见了李鸿章，拒绝了他的停战请求。次日会谈正式开始，伊藤博文表示同意停战，但必须占领山海关和天津。李鸿章急电北京请旨，翁同和指责李鸿章卖国，光绪皇帝与恭亲王商议后决定不谈休战，直接议和。 日本，伊藤博文接受李鸿章提出的“休战免议”，但表示现在条约正在抄写修订，并拒绝向李鸿章透露条约概要。 陆奥宗光对李经方表示日本即将进攻台湾，此时却突然接到李鸿章遇刺的消息，并且李鸿章拒绝让李经方送他去医院。伊藤博文以政府和个人的名誉保证，一定尽快查清。伊东佑亨向大本营报告，舰队部署完毕，准备进攻澎湖列岛。刺杀李鸿章的凶手被日本警方抓获，伊藤博向天皇表示竭尽全力让李鸿章打消回国的念头，天皇指示马上令联合舰队开战。 日军不宣而战，澎湖军民血战死守。唐景崧拒绝了刘永福要求守台北天险的请求，命其镇守台南，孙毓汶向光绪皇帝汇报，日本同意休战十五日，但澎湖列岛和台湾不再其列。

收到日本的割地赔款方案，光绪皇帝命李鸿章赔款限一万万两之内，辽东只能割鸭绿江一侧；台湾只能割澎湖列岛。中日双方的谈判陷入僵局，伊藤博文提出最后通牒，限三日内签约，否则进攻山海关，李鸿章一边向北京请旨一边暗通法、德、俄等国家，希望他们出面斡旋。王文韶接任北洋竟查出北洋库里尚存余银八百多万两.光绪皇帝得知后大怒。 伊藤博文对李鸿章 “只割澎湖不涉及台湾”的提议，不予采纳。养心殿内，众大臣群情激昂，认为兵费不可赔，辽东台湾不可让，纷纷要求迁都再战，而西太后则不肯迁都。 李鸿章跟伊藤博文就赔款的具体数额进行激烈的争论，伊藤博文寸步不让。最终李鸿章在最后的时限内终于签署了《马关条约》。刘铭传收到李鸿章的书信后，决定速回台湾。翁同和收到丘逢甲的血书，被台民乡绅誓死保卫台湾的精神深深打动。北京都察院门前台湾举子汪春源与天下十八省举子联名保台,全国十八省的举子也纷纷联名罢考，要求皇上拒约再战。

西太后听说英国人有意以十亿英镑租金租借台湾，命张之洞紧急约见英国领事，但得知英国租借台湾的可能性几乎为零。 光绪皇帝得知天津驻守的六十营兵因为洪水死伤无数，无法来援，悲愤异常。皇上终于用玺，李鸿章命李经方即刻辞官。科士达冒雨拜访李鸿章，带来俄法德三国原则上同意对日本进行外交干涉的消息。 三国干预下，清廷追加三千万赔款，日本归还辽东，睦仁天皇十分不满。俄德法三国借机进一步索取更多在华利益，将触角伸向内陆的西北西南地区。台湾在籍官员、地方士绅闻知辽东归还，齐集抚台衙门，要求效仿此例，再加赔三千万两银子，赎回台湾！光绪皇帝得到消息后，命李鸿章和孙毓汶与日方交涉。日方表示，台湾是日本走向亚洲的生命线，就是再追加两万万赔款，也不能退还。 唐景崧收到圣旨，命他率台湾文武百官即刻内渡，回京复旨，但唐景崧向台胞表示要带领全台军民，抗争到底，誓死保台！