马秀英对朱元璋说如果真杀刘伯温，必犯众怒，朱元璋认为越是百官对他奉若神明，越不可留他，倘若他有朝一日在堂上振臂一呼，岂不是阶下百诺？于是，他下令斩杀刘伯温。 刘伯温和儿子刘琏被绑在石柱上，身后各有一个操鬼头刀的刽子手。围观的人们像潮水一样涌来，刘伯温面带微笑，仰望苍天。 值殿官上前问：什么时辰杀头？朱元璋似乎于心不忍。突然奉天门外登闻鼓响了，几个人抬着郭山谱，郭宁莲亲自敲击大鼓。 朱元璋来到跟前，鼓声才止。见过岳父大人，郭山谱告之听女儿说刘伯温大人一事，甚是不信，便不惜病体向浙江谈洋看那块土地，除非刘伯温是个白痴才相信那块土地有帝王之气，如真有灵气，刘伯温也不会有今日的刑场之灾了。 朱元璋听后，亲自带着云奇和侍从一溜风地往午门而去。 朱元璋的出现，令监刑官和武士们大惊，百姓看到胡惟庸和吴云等官吏跪下，口呼“万岁”，先是惊鄂，随即全部跪了下来，人群中立即响起：“皇上开恩”、“赦免刘大人”的喊声。 朱元璋一声“刘伯温无罪！放人”引起群情振奋，欢呼声振天动地。 朱元璋当场罢免了吴云刑部尚书之职，杖打一百军棍，胡惟庸小心奕奕地说：还是皇上英明！朱元璋看了他一眼，胡惟庸顿时胆战心惊。 朱元璋亲自为刘伯温斟酒，诚恳挽救刘伯温和宋濂留下，刘伯温不愿，说要回青山钓他的鱼，朱元璋说那不好勉强，又问对时政有何见教？刘伯温说我不好多嘴，本来就很讨人嫌了，说着看了胡惟庸一眼，胡惟庸很尴尬地请大家吃河豚。 在城外一私宅处，达兰和胡惟庸幽会，达兰说：全国三百零八个县的县令、知府委任名单都由他提名，这不变成你是皇上了吗？胡惟庸马上问皇上怎么说，达兰说昨天皇上到我宫里，说这里面有你的小舅子、姑表兄弟、连奶妈的儿子、管家的儿子都成了七品官，说你的权比他还大啊！胡惟庸吓得直冒汗。 刘伯温病倒在床上，却依然在床榻上写着什么。宋濂拿过来一看，原来是抨击胡惟庸的奏章，宋濂说胡惟庸现在是树大根深，以前李善长都没有培养自己的势力，现在二品官以上不经过胡惟庸根本没门，长此以往，狭天子以令诸侯的事他都干得出来。 刘伯温决定最后做一次胡惟庸的客星。刘伯温拿出《珍珠翡翠白玉汤文存》，他眼含泪水说：楚方玉这本书充满了睿智和讥讽，应该送一本给朱元璋，这有益无害。
胡惟庸和陈宁、吴云密谋，要杀害刘伯温。胡惟庸得知刘伯温这几天抱病在床，都在吃郎中的药时，心生一计。于是叫来御医麻奉公给刘伯温下一付可置人于死地又不马上见效的药，谋害刘伯温。 朱元璋带着十分沉重的心情看《珍珠翡翠白玉汤文存》，越看越生气，于是对马皇后说：朕也下令搜查民间，凡私藏、私刻此书者，一律问斩。马秀英劝他不要把书当回事书还未必流传太广，越禁止反弄得世人皆知。这还得感谢楚方玉，虽是疾言恶语，却击中要害。马皇后的话触动了朱元璋的神经，他不但没有下令收缴焚毁楚方玉的《珍珠翡翠白玉汤文存》，反动了雅兴，来到楚方玉的坟墓上。 楚方玉的坟墓上立着一块石碑：碑上刻了一幅楚方玉的画像，并一行字：一独夫杀二才女，楚方玉魂栖何处？朱元璋马上猜出是李醒芳所为，决心把李醒芳关进大牢一辈子，并叫云奇把楚方玉的碑沉入长江江底。 朱元璋要太子将自己审过的案子再审一次，太子仁慈，将以前的死刑都一一改了过来，件件重新发落。御史袁凯提醒太子仁慈固然很对，但是在皇上面前恐怕无法交代，太子说我自有道理，被赦免的死刑犯千恩万谢地下去了。 朱元璋看了太子审过的案子，叫过太子朱标，朱标说：儿臣以为刑法过猛，不利于仁德化民，朱元璋很宽容地笑了：太子敢于推翻皇上的成议，也是一种胆量和气魄。他随手把一卷宗交给朱标，说是一个重要案件，明州卫的指挥同知林贤也捉拿进京，居然敢收取倭寇五百两黄金，要太子来审，太子接旨。 刘伯温自从吃了麻奉天的药后，每每肚子疼痛，还长出了一个包，刘伯温怀疑是药有问题，一定是胡惟庸设计害他，一日钓鱼，刘伯温疼得满头大汗。
胡惟庸来到刑部大牢，见过林贤，对牢头说林大人是打入倭寇中的内线，收取五百两黄金的事他知道。要牢头善待林大人，林贤一听，一脸惊鄂，继而感激淋漓，拜倒在胡惟庸的脚下。 胡惟庸见过朱元璋，谈起林贤一事，说林贤不但无罪，反而有功。为什么海防上几次出奇制胜打败倭寇？就是因为当初他派了几个诱饵，假意降倭，以探听倭寇的情报，林贤就是其中之一。 朱元璋和朱标没有看出破绽，答应悄悄放过林贤。林贤亲自来到胡惟庸府上道谢，手起刀落，将自己的小手指剁了下来，顿时鲜血淋淋，说如若对不起丞相，我的命也如此。 刘伯温已经奄奄一息了，临死之前，他拿出一本奏折，要求儿子一定进京面见皇上，奏折上呈明以后胡惟庸必反，刘琏答应下来，刘伯温才慢慢闭上了眼睛。
上元灯节，秦淮河一带成了彩灯的世界。朱元璋和太子朱标换了便服，出外观灯。来到七孔拱桥下，朱元璋想起上次微服私访时吃了一碗酸辣凉粉。 于是拉上朱标一起去吃。吃完朱元璋说又忘了带钱，卖凉粉的说：没有关系，尽管吃。 朱元璋来到卖灯处，看见谜语灯，灯上画着一个女人怀抱一个西瓜，站在一匹马后面，那马的蹄子画得格外大，十分不协调。卖灯的说这个灯谜是宫里的人物，叫马大脚，大伙哄笑起来，说这朱元璋这么丑的女人都要，朱元璋气得胸脯一起一伏，朱标拉他走，他好不容易挤了出来，鞋也掉了一只，骂了句：刁民的本性！ 朱元璋叫过云奇，传旨意把左右中前后五路的亲兵带出来，包围夫子庙这条街，不分男女老幼，一律抓起来。 羽林军押着几千人，哭爹喊娘地拥挤在午门外。朱元璋找到卖凉粉的老头，也找到了说皇后坏话的黑胖子，朱元璋抽过宝剑，一刀下去，黑胖子带刀翻滚在地，打滚嚎叫。 朱元璋叫把全部刁民杀掉。 朱元璋叫过卖凉粉的老头，赏赐他五百两银子，老头连连磕头不敢要，说一条街的人都死了，惟独他活下来，会遭报应的。还不如和着街民一起去死。孩子有什么罪？老头老太太有什么罪？这不把皇帝的一世清明都杀光吗？朱元璋似有所悟。 朱元璋赦免了妇女孩子老人，老人妇女们与亲人哭泣着依依惜别。羽林军把剩余的百姓围在中间，见一个砍一个，顿时午门外血流成河。
山东、河南大旱，已饿死多人，而赈灾的粮食并没有发下去，朱元璋派汪广洋亲自下去赈灾。 朱元璋决定和太子朱标一起下山东、河南私访，并秘密派徐达、朱文忠去查户部仓廪。在京郊太和粮仓，徐达正在仓里查验。朱元璋和朱标乘船于运河之中，见沿途饥民遍地，朱元璋问船家为什么赈灾的粮食没有让灾民得到实惠？船家说京官、府官、县官层层剥皮，将赈灾的粮食又拿出去卖，高出平时的二十倍价格。朱元璋下船看过究竟。 朱元璋看着每一个粮店，怀疑这是官粮，看着一伙计拿过一袋米，把米倾倒在箱里后，袋子一空，马上卷起来，朱元璋立即意识到袋子里有问题。
云奇见过米店老板，拿出皇家腰牌，强行检查米袋，原来是用了两层米袋，里面的米袋上赫然写着“户部太和仓”的字样。 米店老板要打朱元璋，朱元璋的护卫全部亮出暗器一拥而上。正僵持不下时，知府秦毛到了。他目光一扫，看见是朱元璋，“扑通”一声跪了下来。额头都磕出血了。
老百姓骚动起来：皇上来了，我们有望了！ 朱元璋抽过宝剑，叫押上黑心的米店老板上来，说：朕已经多年没亲手杀人了！手起刀落，米店老板人头落地。百姓高呼“万岁！”
太子朱标说这个案子很吓人，恐怕有众多京官落马。朱元璋要太监李玉连夜回京，告诉徐达重新严查粮仓。 徐达奉命围住了太和粮仓，一袋袋扎开粮袋，发现全是沙子、黄土。而德胜粮仓里，朱文忠也一袋袋扎开，发现全是谷草。
以户部侍郎郭恒为首的贪盗国粮的人几乎席卷了六部。已抓了360余人，如连坐的话总数将涉及几万人，朱元璋感到震惊，贪官为什么杀不退？
胡惟庸找到给徐达把门的福寿，同金钱和美女贿赂他，要福寿帮他除掉徐达。福寿连连拒绝，胡惟庸威胁福寿说徐府里有我的耳目，你一举一动都在我的掌握之中，我的人会把这事告诉徐达，你就是跳进黄河也无法洗清。福寿呆呆地看着胡惟庸。 福寿烦闷，回家喝得东倒西歪，看见徐达回来也不开门。福寿告诉徐达有人要害他，徐达问可是胡惟庸？福寿点头。 刘琏向朱元璋递上父亲刘伯温最后的奏章，号啕大哭。说家父疑心是吃了麻太医的药，吃了过后天天肚子疼，后来长了一个大包。朱元璋伤心地掉下了眼泪。
胡惟庸家一口古井里突然长出一棵竹笋来，窜出水面十丈多高，因为称奇，文武百官前来道喜，礼单无数。胡惟庸看过送礼人数，说是要看看谁是站在自己一边。徐达路过但没有进去，直接来见皇上，朱元璋说胡惟庸已经贺表了，说井中长笋是国家祥瑞之兆，徐达说胡惟庸买通家人想谋害我，而刘伯温之死也怀疑是胡惟庸指使干的，这是朱元璋发现屏风后面有响动，看见下太监二乙装摸作样地在擦桌子。 二乙向胡惟庸报告朱元璋要抓麻太医，不想后面跟踪的云奇。朱元璋叫云奇抢先把麻太医宣进宫里，就说宁妃娘娘病了，朱元璋感到自己越来越孤独。
云奇刚把麻太医接走，胡惟庸就派人去抓麻太医，扑了个空。 麻太医见过皇上，朱元璋直截了当地问刘伯温是怎样死的，麻太医立即向皇上请罪。朱元璋问此事还有谁知道，麻太医一一告之，朱元璋将麻太医发放边关，为军旅将士治病。 二乙贼溜溜的眼睛四下张望，看见朱元璋不在，正要翻奏折，朱元璋走了进来。 云奇和几个小太监在二乙的房中搜出许多金银，知道二乙被胡惟庸指使，于是叫人把二乙拉出去处死。 朱元璋同意将达兰的儿子朱梓放到长沙封地，达兰十分高兴地来见胡惟庸。胡惟庸要达兰问宫里哪个妃子病了，达兰知道胡惟庸害刘伯温一事，答应帮他的忙。
胡惟庸终于知道宫廷里没有人生病后，他十分害怕地来见李存义。麻太医的失踪和二乙没有消息都十分可疑，胡惟庸认为现在是箭在弓上，不得不发了。 这时宫里又一信传来，胡惟庸知道二乙被杀了，徐达劝皇上动手，皇上还没有答应，胡惟庸决心把廖文忠、钱万三，李醒芳等拉拢过来，说凡是恨朱元璋的都是我们的朋友，并希望李存义去说服其兄李善长加盟到他们反叛的队伍来。 潭王朱梓在赶赴长沙封地之前，对达兰说父亲朱元璋从来对他没有笑脸，生日那天因为喝酒醉了，还挨了50大扳，朱梓问达兰是不是父王的原配夫人，从前有丈夫吗？为什么自己一点都不像父亲也不像母亲呢？达兰无言以对。朱梓要达兰说出究竟是怎么回事，达兰感到尴尬和不幸。朱梓以死相逼，达兰一阵眩目，差点倒下，于是告诉了朱梓是陈友琼遗腹子的实情。 达兰要朱梓好好活着，为父亲和自己这么多年的忍辱负重报仇！并告诉朱梓已经和胡惟庸商议好了，说服朱元璋废掉太子，立朱梓为太子，朱梓要达兰小心胡惟庸，说这人阴险狡猾，达兰叫儿子放心，说胡惟庸已经在她的手爪底下。达兰把陈友琼留下的玉玺给朱梓看，朱梓激动地说：这可是镇国之宝，有了它，我就有了一半江山。他决心把父王的江山社稷夺回来。 胡惟庸十万火急招回林贤，要他向倭寇借400兵来，充当和尚，来中国朝佛弘法，请求皇上接见。乘机除掉朱元璋，即使自己不在人士，也希望林贤为他报仇血恨。
李存义说服哥哥李善长和胡惟庸一条道，并向李善长送来了当年汉高主斩蛇起义的阴阳剑和西晋索靖的字《出师颂》，李善长十分喜欢，李守义乘机说这是胡丞相孝敬哥哥的，并说胡丞相必成大事。李善长呵斥他，但是语气却不强硬。 李善长说我老了，干什么都不成了，但是又生怕你们干出不好的事情来！李守义走了，李善长看着他走，也没有叫他把东西带走。