胡惟庸儿子被马车活活拖死，胡惟庸越过司法衙门，自设公堂将民女父亲活活打死。民女家属击鼓状告当今丞相，朱元璋知道后，让胡惟庸自己去审理该案。
朱元璋乘机以此案要胡惟庸杀人偿命，在和太子朱标商议这件事情时，朱标说可将中书省六部分其权，六部尚书直接效忠皇上，这样更便于掌握。朱元璋很赞许地望着太子。这时云奇来报，经查实胡惟庸背着皇上接见站城使者，又截收了供物。朱元璋认为该是收拾胡惟庸的时候了。 也就在这个时候，胡惟庸与陈宁在灯下密谋。陈宁生出一计，让胡惟庸家的那口老井往外喷酒，就说井中喷酒是天下大治的瑞祥之兆，让文武百官都前来观赏，朱元璋很相信天命，必来无疑，将杨希圣、廖文忠的士兵集合藏在府邸各处，当场杀害朱元璋，胡惟庸决定最后一搏。
胡惟庸买通钟山的吴道士，要他给朱元璋卜卦，使他深信不疑。 朱元璋得知胡惟庸家里古井往外喷酒，认为是瑞祥之兆，还是想去看看，朱标害怕有诈，朱元璋说谅他不敢，他没有可调之兵。吴道人得了胡惟庸的贿赂之后，给朱元璋卜卦，说这是国家昌盛的象征，朱元璋决定去品品井中之酒。云奇万般阻止，朱元璋才决定先让云奇去探个究竟。
云奇夹在人群中，突然发现绣幕和壁衣中间露出甲士的许多靴子。扭身就走。 云奇被廖永忠带人打了一顿，并割掉了舌头。云奇急忙向宫里跑去。 朱元璋已带着太子乘轿缓缓出了西华门。突见一个满脸是雪的人冲进队列，侍卫打得他满地滚爬，云奇啊啊大叫，却说不出话来。 云奇死命挣脱侍卫，拉着朱元璋的轿杆不放，抹掉脸上的血迹，朱元璋看清楚了是云奇，云奇比画着一个砍的手势，朱标说不好，胡府中有刀兵，朱元璋当即回宫而去。
朱元璋和太子、徐达等登到城楼最高处，俯视胡惟庸相府，看见胡府里藏有甲兵，朱元璋命令徐达带羽林军和五都督府兵将胡府团团围住，一网打尽。
朱元璋居高临下望着丞相府，看着士兵一批批绑着抓人，他若有所思地点点头。 朱元璋在奉先殿亲审陈宁。陈宁告诉了朱元璋林贤将带日本使者朝贡一事，并向朱元璋说了许多乱党，胡惟庸在审查中显得十分冷静，朱元璋对他动了大刑，他依然一声不吭。朱元璋说不能让胡惟庸就这么便宜地死去，要让天下百姓看看胡惟庸是怎么个死法。 朱标满脸泪痕地来见朱元璋，说开国元勋一半都抓了起来，连我舅舅郭兴也会谋反吗？朱元璋对朱标说：朕终究要传位于你，不把这些刺拔出去，你将来就会有麻烦，江山就不稳。 宋濂被人押到了监牢里，太子朱标和皇后马秀英为恩师宋濂求情。朱元璋左右为难，只好将宋濂发配四川。 朱元璋将胡惟庸的死党一律斩首，牵连达到几万人，午门外。一片肃杀的气氛，全副武装的羽林军士万人环立，登闻鼓正前方，跪着一大片囚徒。杀戮震动京城，胡惟庸被五马分尸。胡惟庸声嘶力竭地喊：朱元璋，你躲过了这一劫，你躲不过下一劫！顿时，五马飞奔，一阵惨叫。 郭宁莲儿子朱栋认金菊为干娘，金菊为他洗着衣服，朱栋说父王又要封几个王，他可能被封为邺王，封地在安陆。朱栋说等分了王第一件事就是要父王封金菊为贵妃，金菊笑得流出了眼泪，说不稀图这些。娘什么都不要，有儿子朱栋就行。 朱元璋一人在灯下喝着闷酒，边喝边哭。马秀英前来劝慰，这时宫女扶着哭泣的郭宁莲来了，郭宁莲指着朱元璋的鼻子大骂：你大义灭亲，灭到我郭家门上，你当穷和尚讨饭，是谁救了你？我两个哥哥跟你南征北战三十年，最后换来个满门抄斩，我父亲刚死，你敢在我父亲坟上去说一句吗？朱元璋下令把郭宁莲打入冷宫，马秀英求情，朱元璋才悻悻离去。 马秀英病重，想念孩子们，他求皇上对孩子们宽容一点，即使有过，也给他们留条活路，朱元璋连连说：记住了，记住了，眼角也溢满泪水。马秀英听到朱元璋在斥责太医，心里十分难过，但说不出话来，一阵咳嗽，郭宁莲连忙给她锤着胸。
朱标从西安回来，禀报朱元璋暗查秦王、晋王的事件，说秦王宫殿是造得繁华了些，但绝没有私自用皇帝仪仗之事；晋王出猎扰民，御史也是夸大其辞，并没有围猎时误伤人命一说。朱元璋叹口气说：朕糊涂，怎么把查办弟弟的事情交你去办？这不是大事化小，小事化了吗？并要朱标说出西安地势情况，得知西安八水围绕，山脉纵横，很有帝王之气，于是想迁都西安。 朱标见过母后，看见马秀英病成这样。马秀英因为朱元璋总将太医以治不好病为由投进牢狱，不想再连累太医，于是决定不再用药。朱元璋为皇后病入膏肓还为别人作想而感动，他放过太医，亲自监督皇后吃药。 马秀英已在弥留之际，儿子公主全围在她身边，朱元璋一直拉着马秀英的手。马秀英要儿女相互照应，听父皇和太子的话，要重骨肉之情，不要为争权而自相残杀。
朱元璋看见马秀英这样，不禁老泪纵横。马秀英希望他看在孩子没有娘的份上，不要给孩子过不去，说完就闭上了眼睛。 在通往明孝陵的路上，皇亲贵戚和文武百官组成了长长的人流。百姓夹道观看，为他们心中贤惠的皇后流泪。 林贤引导着日本僧侣等进入大殿，抬着几十箱子的贡品，朱元璋心知肚明，示意徐达和汤和。日本和尚突然腾空而起，纷纷以最快的速度打开箱子，拿起兵器。徐达、汤和的兵士在大殿上与日本兵士拼杀起来。殿外又冲进来无数的羽林军。日本和尚因众寡悬殊，纷纷束手擒。 朱元璋说林贤是胡惟庸的漏网之鱼，早知他会复仇而来，太子朱标很吃惊地看着父亲。 朱元璋六十三岁了，精神依然不减当年。这一年，蓝玉杀元大获全胜，朱元璋封他凉国公，准备为他请功。 蓝玉劫得元朝太子妃。准备献给皇上，在回师途中，和太监马二谈起了郭惠，心想着皇上既然知道郭惠的事情，会饶了自己吗？班师回京，是祸是福还不知道。马儿问将军是否给惠妃娘娘报仇？蓝玉说看时机行事。 蓝玉来到“喜峰口关”，已是夜晚，见关门不开，叫开关门，两个守关士兵害怕是元军余孽趁夜间又来冒犯，于是说天明再说，蓝玉气不过，带着士兵们夜闯关门。将关口轰塌下来。抓住守关士兵一阵毒打，吓得守关人四处逃散。 在野外军帐中，蓝玉独自饮酒，思念郭惠，这是元太子妃吹起了羌笛，蓝玉似乎想起什么，向传出笛声的帐篷走去。 蓝玉和元太子妃搂抱在一起，蓝玉说，等到了京城，你就是皇上的，现在属于我。 在华盖殿，朱元璋说出李善长和胡党作乱的事情，朱元璋竟然流下泪来，说李善长新建的府里居然有天下第一人的石碑，目中无人，朱元璋将李善长的儿子李琪和临安公主流放江浦，令李善长自缢，可留全尸。 汤和和徐达说蓝玉十分狂妄，私自蓄养几千家奴，抢来的美女、珠宝全都给自己留下，朱元璋狠狠地说“多行不义必自毙。 蓝玉将元太子妃献给皇上后，到后宫去看生病的太子朱标。太子已经极其微弱，不断地咳嗽。蓝玉说燕王朱棣野心不小，时时准备夺嗣，最近回京，名义上是探太子病，实际上心怀叵测，在他面前不要说自己病重，朱标听蓝玉的话后陷入沉思。 燕王朱棣见过父王朱元璋，说起蓝玉这人功高震主，不可不防。朱元璋说从徐达以下功臣大有人在，象他这么骄横、猖狂的还真的多见。
太子朱标病亡，朱元璋天天哭，明显比以前老多了。 蓝玉趁着大家为太子奔丧而去，一人悄悄潜入元太子妃宫中，元太子妃说他色胆包天，既喜欢她为什么把她送给那个老头？蓝玉说是不得已为之，两人相抱着倒在床上。
太子死去，朱元璋和众大臣商议新立太子的事。蓝玉主张立燕王为宜，大臣刘三吾说万万不可，皇孙世嫡承统，这时礼制所定，朱元璋想皇孙年幼，还是立一个文治兼备的皇子为好，而大臣刘三吾却说如立燕王，把其他王置于何地？这是隐患，望皇上三思。 朱元璋突然醒悟，答应立皇孙朱允文为太子，徐达、汤和纷纷赞成，朱元璋决定请人编撰一部《永鉴录》把历代宗室里各王谋反的事都写进去，颁赐给诸王，以为警戒。
朱元璋为《永鉴录》题上书名。郭宁莲看着朱元璋案边有一本书，拿起来看，朱元璋说这是李醒芳写的骂朕的书，李醒芳失踪多年，朕一直在找他，已在全国撒下天罗地网，给他刻书、印书和卖书的人已抓起几百人了。 太子妃常娥见过蓝玉，告诉他胡党案里，有几个御史提出让他连坐，皇上没有答应，皇上现在对蓝玉的印象就是飞扬跋扈，脑后有反骨。
元太子妃已经睡下，突然窗户响起了叩窗声，她吓了一跳，走到窗下，看是蓝玉，又惊又怕，打开窗户，蓝玉轻轻一纵进了寝宫。 云奇此刻正躲在树后张望，一幕幕全看在眼里。 蓝玉正和元太子妃缠绵，突见窗上火光闪烁，脚步声如雷鼓一样响了起来。 蓝玉赤手空拳连连击倒几个武士，夺得一把腰刀，一路拼杀，砍倒几个，突然平地一跳，跃上房顶，跑掉了。 朱元璋在石桥观战，望着身轻如燕的蓝玉，说了声：好轻功，好身手！ 朱元璋要元太子妃自节了事，元太子妃从墙上摘下一把胡刀，向朱元璋刺去，朱元璋一个转身，没有刺中，元太子妃用力过猛，身子前倾，收不住脚，朱元璋猛击一掌，她跌落在地，朱元璋夺过刀，刺中元太妃的后心。 朱元璋下令锦衣卫包围蓝玉府邸，抄没家产，不论男女，全部抓来。并指令太孙朱允文主审蓝玉。 蓝玉正在府里与詹徽密谋，决定造反，商定二月十五日朱元璋到天坛祭祀之时，预设伏兵，一举杀之。詹徽说自己还是不露面好，万一有个风吹草动，还可以策应蓝玉。蓝玉将甲士全部武装起来，由马二统领，在院亭里待命。突然号角声起，锦衣卫、羽林军已将蓝府团团围住。 蓝玉全身披上盔甲，准备带着士兵冲出重围。羽林军闯进蓝府，蓝玉一边马战，一边夺路外逃。一条绊马绳索把蓝玉绊下马来，蓝玉被众人活捉。
詹徽主动要求审蓝玉，在大殿上，蓝玉招认了詹徽就是同谋，太子朱允文叫把詹徽抓了起来。 蓝玉一案又要杀掉一万五千人，朱元璋对太孙朱允文说：朕在位年月屈指可数，不为你铲平荆棘，你将举步唯艰！恶人朕来做，太平天子你来做吧！
蓝玉，詹徽等人被押送午门等待行刑。蓝玉受刑是无马分尸。 秦王和晋王已在朱元璋之前早逝，朱元璋头发全白了，显得更为苍老。朱栋已长成一个英俊的青年了，准备到封地去。临行时，朱栋请求朱元璋给养母金菊一个封号，否则就不去封地，与养母厮守尽孝。朱元璋被感动了，说，好吧，那就封她为哀妃。 李醒芳已成皇觉寺长老，朱元璋和云奇来到了皇觉寺。想起当年一起挑水、偷馒头吃、画饼充饥的经历，不禁感慨万千。朱元璋说现在除了云奇是谁都不相信了，于是呜呜地哭了起来，云奇不能理解他此刻的感受，呆呆地望着他。 朱元璋病危中想起了皇觉寺，想那晨钟暮鼓，青灯古佛。佛性教他读书六艺，推荐刘伯温，一幕幕是那么的清晰。他拥有了乾坤，却觉得索然无味，每天听到高呼万岁，却觉得十分孤独。弥留之地，太医、大臣站了一地，朱允文问要不要各王回来，朱元璋慌忙摇头：不！不！ 按照皇上旨意，凡是没有生育过的妃子、宫女都必须殉葬。宫女们都在哭，为自己的命运而悲哀。 朱栋为救金菊，匆匆从封地赶回。朱允文拉着朱栋，趁朱元璋还有一口气，请求收回殉葬的成命，两人跪在朱元璋面前，哀求皇上最后发一次慈悲，不要让无辜的宫女们殉葬，朱元璋喘着粗气，连睁开眼睛的力气都没有了。不摇头也不点头，突然，一仰脖子，头突然滑向枕边。宫里立即传来大哭声。
一排木床站在空旷的大厅上，宫女们一个个上吊殉葬，哀声振天。 金菊是殉葬中年龄最大的一个，她面无表情，没有泪水。她将脖子往三尺白绫里套，一太监大声说：好好侍侯皇上。 此时，朱栋正飞马入宫，去救金菊。 朱栋来到金菊的房间，但是已经晚了。金菊的遗体躺在哪里，十分平静。 朱栋捶胸顿足大哭：早知如此，儿为什么为娘请封啊！ 位于钟山之阳的独龙墓园，大金门巍峨壮观，神圣碑上记载着朱元璋的功绩是“济世为民、仁德千秋”八个大字。