结束工蜂大战，致远被警员原野胜哥带走。小南、启蒙和思达心急如焚，谋划如何解救出致远……在前往警察局途中，蛋黄感受到了来自母体的威胁。果然，母体本体复制的工蜂出现在了车辆行进的前方，通过工蜂的行动，蛋黄发现了母体的位置，一旦母体苏醒地球将遭受灭顶之灾，致远、思达、小南、启蒙能否携手共渡难关？

李致远一行人终于找到了母体的藏身栖息地，但要想靠近休眠的母体，必须引开驻守在母体周围的工蜂，小南率先冲入藏身地……与此同时，一直追逐致远的警察在见过蛋黄后，也决心加入战斗。危机四伏的防空洞里，小南是否能安全归来？致远和蛋黄是否能完成自己的使命？

随着剧烈的爆炸，母体被炸的四分五裂。但母体本体却被激活。他迅速向致远他们发起攻击。在外星母体面前，人类力量太过于薄弱，蛋黄只能用全力拼死一搏......蛋黄消失了，致远身上的癌细胞也消失了。一切恢复平静，回到学校的李致远生活又回到了原点，一切都像做梦一样，致远对启蒙笑着说，似乎他们为拯救世界付出的努力没有留下一点点痕迹，却发现启蒙脖子上，正挂着和蛋黄记忆中一模一样的宝石。