文久三年、冬。来到京城找寻父亲下落的雪村千鹤，突然遭到嗜血怪物的袭击。此时救了千鹤一命的，正是让人闻之色变的「杀人集团」新选组成员－冲田总司、斋藤一与土方岁三。在大雪纷飞的夜晚，千鹤与新选组纠缠的命运开始转动了。
为了寻找父亲下落而落脚新选组驻在所的千鹤，渐渐的与队士们打成一片。某一天，与队员一同在市内巡逻的千鹤被卷入一场骚动，但也因此得知长州藩士的可疑行动。这就是历史上著名的「池田屋事件」的开端。
以局长近藤勇为首的新选组，在以寡击众的情况下冲入池田屋， 与尊王攘夷激进派的长州藩士展开激战。在战斗中，冲田跟藤堂碰上两名不寻常的神秘男子。另一方面，千鹤为了拯救冲田一行人，而火速赶往土方所在的四国屋求援。