池田屋事件之後一个月，长州藩士为了攻入御所而再次集结在京城。前往阻止他们的新选组，在战斗中碰上帮助萨摩跟长州的人。面对三个不同於常人的对手，斋藤、原田跟土方展开一场赌上信念的战斗。
在近藤的拉拢下，伊东甲子太郎加入了新选组。但同为高明剑客及善于谋略的伊东当上参谋，使得山南在新选组内失去了立足之地。於是，事态终于发展成无法预期的惨剧…
服下秘药后成为非人的山南。以及得知药物是父亲纲道所研发而感到错愕的千鹤。从强行迁移驻在所，到伊东派势力的抬头，再加上从江户返京的平助也有些不对劲…这一连串的情况，让新选组笼罩在一股不寻常的氛围下。