在Abu Fayed发动恐怖袭击的四年后，CTU被政府解散了。Jack Bauer在参议员Mayer所主审的参议听证会上被称使用了酷刑等非法手段来防止恐怖袭击。FBI在首席安全工程师Michele Latham被绑架后知道他们要入侵国家基础设施计算机。因为Jack曾与本次行动的策划者之一的Tony Almeida共事过，被传唤并要求他参与帮助这次的调查。而Latham被迫要给恐怖分子修理CIP装置。Jack和Renee审问一个和Tony有关的中间商时，那人被狙击手杀害了。

为了表明修补好的CIP装置可以进入国家电脑系统，Tony对航空中心实行了控制。总统Taylor和首相Matobo对派兵援助Sangala而进行磋商，第一先生Henry寻找与他儿子死因有关的线索。其间，一个FBI中的内奸帮助那名狙击狙击手逃脱了追捕。Jack和Walker探员跟踪着那个狙击手到快艇上，在那里逮捕了Tony。然而，CIP装置在此前被转到了Emerson一帮人的手中。

当Tony被FBI审问时，他暗中给Jack一个联系Bill Buchanan的电话。Bill Buchanan后证明Tony是卧底。他们和Chloe一起试图阻止一场涉及CIP装置在内的政府阴谋。Henry和他儿子的前女友Samatha见面。Colonel Dubaku拿到了CIP装置，威胁美国政府从Sangala撤军。为了让Tony继续做卧底,Jack在Chloe和Bill帮助下解除了Renee的武装，让Tony从FBI的手中逃跑。