因通道关闭而被滞留在这里的另一世界外交官、工作人员都要向海关自首并接受审查，以防混有“靛青”的间谍，可这些人里唯独缺了大使兰伯特。外交部长范彻和女婿战略部主管奎尔坐在镜头前向上面汇报最近的情况，奎尔将泄密的责任推到已死的奥尔德里奇身上，刻意隐瞒了妻子克莱尔就是影子特工的事实。他这么做是想保护自己的婚姻，保护女儿斯潘塞。
奎尔还把家从郊区搬到了市区里，就是为了不让克莱尔再与另一个世界的组织有联系。在岳父母面前时，奎尔对克莱尔呵护备至。单独相处时，就冷若冰霜，甚至还在自己的卧室门上装了把锁。
霍华德X也照常上班，收敛起以往的锋芒，学会霍华德低调的生活方式。现在进入大楼都要经过严格检查，每天都要说出今天和昨天的代码，防止被影子调包。刚走进三步一岗五步一哨的办公室，就听到主管奈尔宣布重要消息，上面已指派娜雅协助奎尔查找潜伏的“影子特工”。
娜雅在联调局工作九年，破获不少间谍组织。现在她迎来新的挑战，寻找来自另一个世界，与本人一模一样的间谍。上任第一天，她就颁布了新规定，任何人发现任何异常情况都可以向她检举。这种举报制度让霍华德X很担心，一点点失误都可能导致身份曝露。
在通道关闭后，霍华德X就和奎尔达成了停战协议。二人各有目的，奎尔要保护妻子和女儿，霍华德X则要保护艾米莉。如今娜雅介入，奎尔不得不想办法获取她的信任，打探下一步计划。霍华德X能给他的建议只有一个，让克莱尔透露点线索。
听从霍华德X的建议，克莱尔给了奎尔一张字条，是兰伯特的信使埃德加将会出现的时间和地点。埃德加被捕后，交代兰伯特可能藏身在萨克洛夫的一座谷仓，随后便被关进大楼下专门关押另一个世界人口的特殊监狱。不过这条线索已经过克莱尔的确认，那里只是个情报战，兰伯特不会因此被抓。兰伯特随即给克莱尔送来了通道关闭前送达的最后一封文件，要求克莱尔成为激活最终静默特工的人。
娜雅有着惊人的直觉。虽然奎尔提供了谷仓的线索，还检举奥尔德里奇是内奸，但仍没有逃过娜雅的怀疑。娜雅要知道奎尔的情报源，这让奎尔头大如斗，不得不再次向在会计处工作的霍华德X求助。只需伪造一些纪录，证明他出钱向线人购买情报即可。
霍华德X最近忙于照顾艾米莉。艾米莉已出院，但因大脑受伤，记不清以前的事。还得了失语症，无法正常阅读和书写。在霍华德X悉心照顾下，她的记忆逐渐恢复，想起了那场车祸，还有安德烈。记起曾在战略部工作，为了工作而欺骗丈夫。她痛恨以前的自己，战略部的工作让她很混乱。霍华德X在安慰她的同时，也体会到霍华德的生活。这种温馨是霍华德X在另一个世界无法感知的。
霍华德X按奎尔的要求，开了一张支票。奎尔取了钱刚进办公室，娜雅就来了。底楼的监狱出事了，埃德加割腕自杀。关押前明明经过搜身，自杀用的刀片又是从何而来？奎尔感觉到后背发凉，大楼内仍有潜伏的“影子特工”。
奎尔的精神防线崩溃了，不知道自己什么时候就会成为“影子特工”的目标，更不知道克莱尔是否真的与组织断绝了联系。他把所有事情录了下来，再把磁带放进办公室的保险箱里。万一有一天他遭遇不测，这盘磁带就会将真相公诸于世。
霍华德X过着低调的生活，刻意隐藏自己的身份。另一边的霍华德就没有这样的机会，通道关闭没的同时，他就因为杀害亚历山大被捕，从而曝露了穿越者的身份。每天等待他的只有枯燥的审讯，艾米莉与霍华德X之间的邮件也成为证据，他无从证明自己并不知情。而通道关闭前收到的最后一条情报就是艾米莉已从昏迷中苏醒，想着心爱的妻子与另一个自己生活在一起，他就感觉到心里隐隐作痛。
艾米莉X没有因为霍华德的被捕受到影响，仍照常上班。每天各部门的例行会议上，大使都会提出返回自己世界的要求，可外务部长每次都以圆滑的外交辞令敷衍了事。实际上，艾米莉X对管理层一意孤行关闭通道，而不是寻求合作的做法同样很不满。会后，她时常会到关押处要求会见编号14的囚犯霍华德，但一再被驳回。安娜与马可分手后，便住在家里，很怀念前段时间那个顾家的父亲。艾米莉X却不敢告诉她实情，只能任由女儿认为父亲又故态复萌。
一天早上，艾米莉X刚踏进办公大楼就被两名保安人员带上了四楼。四楼曾是管理层所在的楼层，如今空无一人，只有一张桌子两把椅子和一台摄像机。管理层从不以真面目示人，只有他们的授权人与艾米莉X面对面交谈。显然，艾米莉X对霍华德表现出的关心让管理层很担心，根据《哥尼斯堡法案》艾米莉X可能因帮助和支持穿越者受到惩罚。
不过，这一次管理者愿有条件的破例一回。管理层承认，几周前艾米莉X提到靛青计划时，他们有所隐瞒。有一个叫米拉的女人于1996年实施了针对大使馆的爆炸案，当时管理层下令除掉此人。可目前来看，米拉仍在世，并且策划了“靛青计划”。今天凌晨一时，通道暂时开启，对面世界管理层提供了一个议案，用米拉交换和平。所以从即日起，艾米莉X取代鲍勃担任战略部代理主管一职，执行抓捕米拉的任务。资料显示，施密特夫妇涉嫌将子女送到了波茨坦学校。可以从他们那里入手，，然后找到米拉就“立即消灭”。
艾米莉X以战略部副主管的身份拜会施密特夫妇。这对夫妇听说了艾米莉X的来意后态度迥异，施密特夫人坚称儿子21年前就死于流感，不可能去什么另一个世界伪装成那个世界的自己。就算艾米莉X承诺，只要配合调查就能与儿子团聚，施密特夫人仍坚持自己的说法。整个过程里，施密特先生却一言不发。
离开施密特家后，艾米莉X又去了关押处。有了副主管的身份，申请探视的要求终于得到批准。艾米莉本想以协助调查为由让霍华德获得自由，哪知霍华德已心灰意冷，无意离开。在接受审讯时，审讯人员曾要求他返回自己的世界监视妻子艾米莉。霍华德已不是第一次听到这种要求，亚历山大就曾提出过，自然不会同意。可审讯人员播放了一段录音，是艾米莉不同意奎尔将霍华德从界面部升至战略部。难怪工作了三十年，每次走进奎尔办公室要求升职都会被拒绝。
其实艾米莉X能理解艾米莉的想法，因为她也做过同样的事，目的是为了保护丈夫和女儿。但她没能成功，反而因此与霍华德X结怨。从某种方面来说，艾米莉是个更成功的女人。只是艾米莉X没能说服霍华德，霍华德一再拒绝配合，狱方已申请将其送至艾科关押。这却正合了米拉的心意，只有如此才能找到朱马藏匿起来的盒子。
走在回家的路上时天色已黑，艾米莉X意外碰到了等候多时的施密特先生。为了再见到儿子，他愿意帮助艾米莉X。次日，施密特先生与波茨坦学校负责人之一的奥尔德斯在咖啡馆碰头，艾米莉X和伊安带人监视。他们跟踪奥尔德斯进了一幢公寓楼，艾米莉X命令确认米拉是否在公寓内之前，不许打草惊蛇。可伊安的手下伊莱沉不住气，持枪踹开了奥尔德斯的大门。艾米莉X和伊安只得前后包夹，被堵在楼梯间的奥尔德斯被逼无奈，逃上楼顶，跳楼身亡。
在公寓的电脑里，发现了袭击另一个世界的人员名单。桌上一叠资料中，有处房产照片，需要确认其具体地址。艾米莉X翻看着其他资料，突然冷汗直冒。文件夹里有她出入诊所的照片，时间显示是在2008年2月。可艾米莉X知道那不是自己，只有一个可能，照片里的人是艾米莉，而且她曾来过这个世界。
霍华德X尽量模仿着霍华德的生活方式，以免艾米莉或者雅娜产生怀疑。可不论他做什么事，都会让艾米莉想起一点点往事，迫使他不得不刻意与艾米莉保持一定距离。即便再小心行事，还是躲不过另一些人的眼睛，曾经的同事。二局的三名特工雷米、桑德琳和巴恩斯找到了他。他们在这个世界只是情报人员，对“靛青计划”毫不知情，却因那场袭击滞留在这里。埃德加的离奇死亡让他们很不安，认为有必要采取行动自保，比如抓住兰伯特交给这个世界的战略部，用以换取保护。
对于兰伯特的下落，霍华德X也爱莫能助，想不到雷米等人已经有了线索。霍华德X来到他们的藏身处，惊讶的看到被绑在椅子上的鲍德温。鲍德温拿了霍华德X的钱后，对女友念念不忘，并没有离开柏林，因而成了雷米的目标。到现在，她仍不失杀手本色，淡定的要求与霍华德X单独交谈。霍华德X明白她的用意，她已经是组织上的弃子，不可能知道兰伯特的去向。不过兰伯特知道太多的秘密，交给战略部只会惹来更大的麻烦。霍华德X便与鲍德温达成交易，霍华德X负责找到兰伯特，鲍德温负责铲除后患，然后离开柏林。
而这会，奎尔在用自己的办法寻找兰伯特。他在妻子的跑鞋底装了窃听器，每晚克莱尔外出跑步回家，他都会偷偷取出芯片，听听有无异常。这一天，他果然听到妻子与兰伯特接头时的对话。录音中，兰伯特除了催促克莱尔尽快激活影子特工外，还要求筹笔钱，用于贿赂那些审核假护照的人。兰伯特说出了一个地址，奎尔马上记了下来。
克莱尔当然清楚兰伯特的伎俩，那个地址只是测试内容。所以她仍按既定的程序，在公交车上把钱交给特工。只是她没料到，前来接头的特工会是以前的恋人斯潘塞。故人相见，克莱尔却默然无语，转头下了公交车。
克莱尔没有中计，奎尔则一脚踏进了陷阱。就在同一天，雅娜拜访了在家休养的艾米莉。艾米莉看着雅娜提供的一些资料，想起车祸前自己在调查一件事。脑子里很模糊，隐约记得有所学校，还有教堂里母亲的灵龛。但她能确定一件事，奥尔德里奇绝不可能是影子特工，因为那名影子特工应当是女性。此言一出，雅娜对奎尔的怀疑更甚。
回到办公室，雅娜恰好看到奎尔召集行动队执行任务。雅娜是特别调查员，要求一同前往，奎尔也不便拒绝。等行动队冲进奎尔指定的地点，发现只是间空无一人的废弃办公室。桌上唯一一部电话诡异的响起，奎尔刚拎起来，雅娜就看到对面大楼有狙击手，急忙将他推倒在地。
奎尔死里逃生，怒气冲冲的回到家，质问“心如蛇蝎”的克莱尔。克莱尔一听便知大事不妙，奎尔的行动无异于告诉兰伯特，克莱尔已经曝露，今后只怕永无宁日。恰在此时，霍华德X敲开了奎尔的家门。既然兰伯特成了大家的麻烦，不如联手想办法，解决这个麻烦。
通道另一边的世界里，霍华德被关进艾科。这里有别于其他的监狱，犯人可以自由活动。霍华德刚踏进活动区，就看到了电视机前的奎尔。与他认识的奎尔不同，眼前的奎尔是籍籍无名又很重要的囚犯。他会把自己的弱点、思路告诉亚尼克。通过这种方式，管理层就能了解另外一个奎尔可能做出的决定。这就是艾科的作用，开采和发掘囚犯的记忆，用于对付另一个世界。在这里，霍华德还看见了抢走战略部职位，又死于鲍德温之手的同事马塞尔。当晚，霍华德就被马塞尔等人痛殴。当初是霍华德X将他们关进艾科，霍华德也就成了代罪羔羊。看守坐在监视器前无动于衷，丝毫没有阻止的意思。
艾米莉X得知霍华德被送去了艾科，即失落又无奈。向管理层汇报工作进展时，管理层对文件夹里那套休闲别墅并不感兴趣，强调艾米莉X只需查清奥尔德斯与米拉之间的关系。管理层如此有意避开这套别墅，必有隐情。再结合艾米莉来过这个世界，管理层不可能不知道此事。他们掩盖艾米莉的行踪，谁又知道有没有隐瞒其他事。
艾米莉X不会任人摆布，仍决定让伊安前往调查休闲别墅。在别墅里，伊安找到一具死去多日的尸体。根据邻居描述，曾有个女人找过户主，想来必定是米拉。别墅里被翻得乱七八糟，像是在寻找什么东西。邻居的一句话引起伊安的注意，十几天前，户主在后院做园艺。时值冬季，没人会在这种时候种植花草。伊安拿起铁铲，在后院草地下挖出一个带密码锁的旅行箱。
艾米莉X此时在档案室调阅艾米莉的档案，显示其曾与朗斯顿特工接触。朗斯顿已退休数年，开了家汽车销售店。到了店里，朗斯顿一眼就认出此艾米莉非彼艾米莉。事到如今无须隐藏，朗斯顿承认多年前艾米莉来过这个世界，向管理层提交了一份报告。报告指出，上世纪九十年代爆发的流感疫情确为彼世界试验室失误释放出病毒，再由通道传到此世界。管理层收到报告后不久，便调走了朗斯顿。此后，他也再没见过艾米莉，也没有那份报告的消息，更没听说过米拉的名字。最后，朗斯顿提醒艾米莉X，艾米莉会把机密资料藏在一个地方。也就是说，只有艾米莉X才会想到“自己”把答案藏在了哪儿。