艾米莉X记得，1984年自己和母亲外出度假，用假名贝琳达入住旅店，还给自己编了个可信的背景故事。从那时起，她在潜移默化中学习如何伪装自己。艾米莉有着相同的童年，如果猜得没错，应当会把机密资料藏在那里。循着童年的脚步，艾米莉X来到度假区湖边的小教堂，在砖墙的空隙中找到了包裹严实的文件袋。文件袋里除了波茨坦学校，还有一个叫奥斯曼的档案。
就在艾米莉X前往度假区的同时，伊安将找到的旅行箱送到了电气专家莫里茨的工作室。莫里茨摆弄两三下打开了箱盖，却惊出一身冷汗，里面是管理层专用的通话器。据说，管理层成员从不呆在同一个地方，都是通过这种通讯器相互联系。如果被人知道此事，后果不堪设想。伊安可管不了这许多，让莫里茨先自行研究，晚些时候他再来了解情况。可等伊安再回到工作室时，莫里茨已遭毒手，旅行箱也不知所踪。一群人冲进来将伊安按倒在地，询问箱子和米拉的下落。
管理层最担心的事还是发生了，米拉的杀手奥斯曼已得到通讯器。米拉也找到了艾科，最后一块拼图就在这里，米拉命令奥斯曼将盒子送到艾科。奥斯曼拎着旅行箱匆匆离开公寓，前去与米拉碰头。早已等候在楼下的艾米莉X发动车辆，悄悄跟了上去。
被囚在艾科的霍华德浑然不知外面发生的事情，躺在冷冰的水泥地上整整一晚都没人理会，还是奎尔X提过来的一杯咖啡让他感觉到一丝暖意。这里的大部分人都不喜欢霍华德，或者应当说是霍华德X。
今天，亚尼克开始研究霍华德，寻找两个世界的霍华德是在何种条件下产生了分岔，有了不同的生活。这也正是霍华德在寻求的答案，他没有反抗，详细的描述了自己的生活，几乎有问必答。亚尼克发现分岔点在二人对待父亲的态度上。14年前，他们的父亲输了一大笔钱。霍华德X替父亲还偿债务后，将他遗弃在机场。而霍华德却按捺真实的想法，继续赡养父亲，直到父亲病危去世。这就是说霍华德X从虚伪和谎言中解脱，才有了今天的发展。霍华德则背负着生活的压力，碌碌无为。
另一边的世界里，霍华德X已策划一起针对兰伯特的刺杀。实际上，自从埃德加出事后，兰伯特就开始怀疑有人走漏了消息。这次经过测试，确定是克莱尔。虽然不清楚是克莱尔自动告密，还是被窃听而不自知，但无论哪种情况，一旦被靛青知道克莱尔不可靠，兰伯特作为联系人同样会受牵连。为此，兰伯特冒险在菜场找到克莱尔，要求克莱尔尽快向组织解释。可他没想到，自己已踏进了霍华德X布下的陷阱。
兰伯特暂时没有泄露此事，让克莱尔松了一口气。离开菜场后，她立刻通知了霍华德X。霍华德X随即指挥雷米、桑德琳和巴恩斯实施绑架，这一套流程他们已是轻车熟路。雷米等人抓兰伯特是为了交换自由，霍华德X则有自己的目的。把兰伯特押到安全屋后，霍华德X偷偷往鲍德温的手里塞了把小刀。
等其他人离开房间，鲍德温割断手腕上的束线带，从椅子上站起身，走向被绑缚着手脚的兰伯特，割开了他的喉咙。刚想逃走，屋外三人听到动静冲了进来。鲍德温不得不痛下杀手，倒无意中替霍华德X解决了隐患。
此时，克莱尔正在兰伯特的藏身处清理档案，取走所有影子特工的资料。玄关里摆着两双一模一样的皮鞋，并未引起她的注意。回到家后，她找到自己的资料，丢进壁炉。其中还有一枚U盘，她好奇的插上电脑，听到一段录音。录音来自于“教主”亚历山大，克莱尔这才知道自己的父母并非死于流感，而是米拉下的毒手。目的正是为了让她进入学校，用于日后的影子任务。这时，鲍德温打来电话，任务已完成。
终于安全了，在办公室里魂不守舍的奎尔接到妻子的电话后，悬着的心总算放了下来。办公室外的霍华德X隔着玻璃看到奎尔发来的暗号，也是心领神会。晚上回到家，霍华德X发现艾米莉并不在家里。
没过一会，艾米莉开门进来，她是到图书馆还书去了。那本《铁皮鼓》已借了很久，艾米莉还书时意外得知自己借书卡的名字使用的是贝琳达。而且还有件奇怪的事，这本书自己借过多次。从记录上看，只有两个人借这本书。另一个人还要求书归还时，及时通知他。
艾米莉好奇的留在图书馆，等到了另一名借书人。没想到会是这个世界的兰伯特，两个兰伯特一起在两个世界兜售情报，艾米莉就曾是他们最大的客户。不过此刻兰伯特有些不安，另一个兰伯特失踪一直联系不上。他给了艾米莉一个联系方式，希望艾米莉有任何消息就知会一声。
艾米莉回家时，想把今天发生的事告诉霍华德X。但霍华德X对她独自外出火冒三丈，咄咄逼人的态度使得艾米莉退避三舍。到了深夜，艾米莉偷偷出门联系了雅娜，将兰伯特抓到了战略部。第二天清早，奎尔一身轻松的来上班。但雅娜领着他见到被关在杂物间里的兰伯特时，瞬间像是跌进了冰谷。
兰伯特被捕让奎尔忐忑不安。他单独来到关押兰伯特的杂物间，支开看守。兰伯特从他像是见了鬼一般的眼神中就可以断定，另一个兰伯特必定是被奎尔和克莱尔联手杀害。他开出条件，要让他替克莱尔保密，需要200万欧元。当然，这是给奎尔的报价。对于想查出靛青和影子特工的雅娜，他开出相同的报价。先到者先得。
雅娜已从艾米莉口中得知奥尔德里奇并非影子特工，而是名女性。她已决定向财政部申请该笔巨额情报费。奎尔灵机一动，以不能牵涉到其他部门为由，游说雅娜以战略部多年来收缴的走私珠宝支付给兰伯特。雅娜略加思考，觉得在敌我不明的情况下，的确不宜让其他部门知晓兰伯特的事，便同意了奎尔的建议。
奎尔把霍华德X叫进办公室，嘴上说着到没收物品部领取一定数量的宝石，手里却写下兰伯特的关押地点和没收物品部存放收缴枪支的地点。霍华德X心领神会，来到没收物品部，趁着管理人员小心翼翼称量宝石时，偷偷从货架下取走一把手枪。
奎尔在办公室焦急等候消息，雅娜突然想向兰伯特确认几个问题。当雅娜和提心吊胆的奎尔来到戒备森严的杂物间时，发现几名看守额头中枪死于非命，室内的兰伯特也未能幸免。
整座大楼响起警报声，出入口全部封闭禁止人员进出，大楼内也是三步一岗五步一哨。霍华德X将手枪塞进男厕所水箱后，然后平静的回到办公室，接受全面检查。奎尔找了个机会与霍华德X交流几句，这才知道霍华德X到杂物间时，看守已经死亡，杀死兰伯特的另有其人。
为了公平起见，雅娜和奎尔的办公室也要接受检查。隐藏在墙壁内的保险箱打开后，奎尔惊讶的看到，放在里面的磁带不见了。随后没收物品部报告，有一把手枪失窃。雅娜单独找到霍华德X，在她的眼里，霍华德X就是那个一无是处，靠着老婆艾米莉的不幸，才得以从界面部晋升到战略部财务处的小人物。她自从知道奎尔诬告奥尔德里奇后，就不再信任奎尔。现在她断定是奎尔采用了什么威胁手段，强迫霍华德做出这种事。
雅娜特意安排了间没有监控的审讯室，让奎尔和霍华德X自己商量认罪条件。听到奎尔竟然愚蠢的录了段认罪录音，霍华德X不由得火冒三丈。万事不足，败事有余的家伙。从目前的情况来看，很可能是雅娜拿走了录音。要解决此事，只有奎尔自行了断，反正男厕水箱后有把上了膛的手枪。
给克莱尔打过电话后，奎尔冲进男厕，可最终还是没有勇气扣下扳机。雅娜和她的手下正在大楼内搜捕奎尔，此时一直默默无闻的秘书密拉现身。她是潜伏多年的影子，奎尔的录音也是被她销毁，因为奎尔至关重要。密拉为了靛青甘愿自我牺牲，用奎尔手里的手枪朝着自己的脑袋开了一枪，担下所有罪名。密拉就取代克莱尔，成了艾米莉口中的女性影子特工。
在另一个世界，伊安垂头丧气的坐在椅子上。他原名威斯利，来到这个世界十年有余。刚来时迷茫心碎，成天为生计奔波。是管理层给了他新的身份和生活，以得到他的忠诚。现在管理层要求伊安找到并带回艾米莉X，否则就收回他的生活。
跟踪奥斯曼来到艾科的艾米莉X打电话给伊安，始终无人接听。实在等不到后援，她只能单枪匹马冲进大门洞开的艾科。此时，米拉和她的雇佣军已在内应的协助下冲进这所地下监狱大开杀戒，救走了她的父亲亚尼克。艾米莉X四下寻找，总算找到了霍华德，所幸并未受伤。
实际上，亚尼克一直以来就是名囚犯，甚至可以说是艾科的第一名囚犯。在被米拉救走前，他告诉了霍华德一个惊天秘密，他就是产生两个世界的原因。
事情还要从1987年的东德说起，当时还是社会党资深党员的亚尼克负责政府的一个机密研发项目，光源同步加速器。他的家庭在东柏林还算衣食无忧，唯一让他不放心的是儿子莱纳。莱纳是名反政府份子，经常偷偷散发革命传单。为了儿子不受迫害，亚尼克与西德间谍达成交易，偷取项目研发资料，换取全家前往美国的机会。可他如此的牺牲，仍被不懂事的儿子视为政府的走狗，只有女儿米拉跟他最贴心。
在同事们相继下班离开后，他独自进入地下试验室，拍下所有运行数据。就在他忙于拍照时，没有注意到电脑屏幕上跳出的报警信息。未及时退出的错误程序继续强制执行，同步加速器产生量子纠缠，打开了一个通道。当他诧异的走进通道时，对面走来另一个满脸惊恐的亚尼克。
如果当时立即封闭通道，亚尼克的生活就会按照事先计划的那样，全家平安抵达美国生活。可作为一名科学家，好奇战胜了恐惧。他战战兢兢的与对方谈话，意识到存在两个世界后，亚尼克决定推迟逃离东德的计划。
第二天，亚尼克以设备检修为由，关闭了试验室。没有其他人的干扰，两个亚尼克对现状进行深入研究，还相互参观了对方的世界，发现一模一样，毫无二致。参观之后，二人在通道内碰头，手里都拿着从对方世界买的一盘磁带。他们心意相通，都想到给爱听音乐的米拉这份礼物。奇怪的念头在他们的脑海里浮现，其中一人砸碎了磁带。一个世界的米拉收到了礼物，另一个世界的米拉则没有。这就像试验中的控制组和参照组，亚尼克想看看会有什么影响。也就是从那时候开始，两个世界出现了不同。两个亚尼克将各自的世界引领上不同的道路，无法回头。
作为试验的一部分，亚尼克挑选了几个人来到试验室，向他们展示了另一个世界的存在。他们分别是经济学家马丁，免疫学家朱马，环境科学专家伊瑟，行为科学专家沃克尔。两个世界的学者见过面后达成一致，进行一次史无前例的对比试验。
最初的研究很有成果，各个方面都有指数般的进展。然而一天深夜，东德警察闯入，强行逮捕莱纳。亚尼克和妻子极力阻止，在屋里听着磁带的米拉好一会才察觉客厅的动静。等她打开房门时，才看到被警察按在地上的莱纳癫痫发作，口吐白沫奄奄一息。再打电话呼叫救护车，一切都已太晚。
亚尼克觉得是自己害死了儿子，沮丧的回到试验室。他想安慰可能有着同样命运的另一个亚尼克，却发现在那个世界的莱纳得到了及时的抢救，因为米拉不在听音乐。首个差异产生了，一个家庭幸福的生活着，另一个家庭却因儿子的意外身亡彻底破碎。
几年后，柏林墙被推倒。亚尼克等人找了幢废弃多年的能量中心办公大楼，扩大团队，招募员工和安保，成立一个新的通道研究所。他们还建立起一套完整的保密制度，确保工作人员不明白自己研究的到底是什么。
工程有条不紊的进行着，因失去儿子而悲伤的亚尼克却选择了背叛，悄然涉足另一个亚尼克的生活，安慰内心的寂寞。人性的恶毒显露出来，亚尼克开始认识到一个问题，同样的个体存在差异后，会从本能上产生侵略性，以达到平衡。为此，他私下里要求免疫学家朱马，研制一种针对另一个世界的病毒，以防入侵。
矛盾最终爆发，亚尼克跟在亚尼克X后面回了家。那晚，妻子儿子女儿都有各自的活动不在家。亚尼克把自己的不幸归咎到亚尼克X砸碎了磁带，亚尼克X则挑明已经知道亚尼克冒充自己寻求慰藉的事，但他并不介意，毕竟都是试验的一部分。这些话在亚尼克听来，却成了另一种意思，像是在怜悯、嘲笑。冲动之下，亚尼克痛下杀手，正被提前回家的米拉撞见。
发生此事后，亚尼克明白试验失败了，发生在自己身上的事，迟早会发生在其他人身上。一方必然会毁掉另一方，除非关闭通道。其他人在商量后，决定把亚尼克送到另一个世界监管。试验仍在继续，通道办公室正式成立，战略部、外务部也相应成立。只不过双方的信任已蒙上阴影，处于相互惧怕之中。作为保障手段的病毒被释放了出来，是意外还是有意，无人知晓。等到流感扩散，信任也就随之完全崩塌。马丁开发了新的通讯方式，并发誓即日起不再彼此见面，只通过通讯器联络。
当年目睹了凶杀的米拉，没人相信她说的话，也只有她看清了真相。现在米拉找到亚尼克，要修复两个残破的世界。她开启通讯器，提出和亚尼克一起向管理者自首，完成多年前就应当完成的事情——关闭通道。