十年前，威斯利因未能保守通道的秘密，导致妻子不幸身亡。他也被安排了另一个身份，来到另一个世界成为内务部探员伊安。现在，因为这段不可告人的历史，伊安被迫带着人前往艾科抓捕艾米莉X。
艾米莉X尚不知自己的危险处境，她找到躲过一劫的霍华德，还在亚尼克的办公室发现了米拉的照片。她努力思索着，想理出个头绪。总觉得米拉大费周章的闯入艾科，绝非营救父亲亚尼克那么简单。等接到伊安电话，从艾科出来看到还有其他人在场，她方知不妙。对艾米莉X的感情还是让伊安临阵倒戈，双方发生火并。枪战中，艾米莉X顾不上伊安，跳上车带着中弹受伤的霍华德迅速逃走。
此时在另一个世界，奎尔把自己说成是个被色相所诱，为人所用而不自知的傻子。从密拉公寓搜出的几份机密文件似乎也印证了奎尔的话，或许他真的是与密拉勾搭成奸被人利用。在事情查明前，雅娜要求将奎尔软禁在家中。下面就是审问霍华德，虽然奎尔承认是他指使霍华德偷枪，用以对付密拉，可雅娜认为这个理由太牵强。在她看来，霍华德不像是个在妻子和上司的阴影下委曲求全的小人物。
艾米莉应雅娜的邀请来到办公室，以便确认密拉是否为她口中所说的女性影子特工。艾米莉的记忆还没有完全恢复，只记得影子特工与奎尔的关系密切，所以密拉的可能性很大，这让雅娜松了口气。不过密拉的死势必会招来靛青的报复，雅娜下令派出四名保安人员守在艾米莉家门口。一方面可以保护艾米莉，另一方面还可以监视霍华德的一举一动。
真正的影子特工克莱尔今天的日子可不好过。丈夫无精打采的回家，一反常态的不去上班。父亲范彻怒气冲冲的赶来，硬是要把停职的奎尔带去外务部。临出门前，范彻望向女儿。他不明白女儿为什么对丈夫与秘书出轨的事毫无反应。这事不仅让家族蒙羞，更让他抬不起头来。范彻不留情面的斥责惹恼了克莱尔，拒绝父亲再任意评价自己的生活和丈夫。
女儿莫名其妙的怒火让范彻不敢再多言，开车去外务部的路上，他才说了一个突发事件。就在今天早上，通道临时开启，对面的世界释放了赛大使。大使带回了信息，对面的管理层要求与这边的管理层面对面交谈。时间定在明天，地点是在对面世界的某个不知名地点。
会议室里，各部门负责人均已抵达。范彻刚要宣布重大事件，雅娜就打断了他。雅娜不认为奎尔还能出席这种重要会议，甚至认为范彻此举是在偏袒女婿，为女婿的仕途站台。受够了任人摆布的奎尔愤然辞职，但这样他也将面临一个后果，没有了至关重要的地位，靛青是否还会留下他的性命。
回到家后，奎尔紧张的收拾了几件衣物，准备带女儿离开。他给了克莱尔一个选择，事业还是家庭。其实今天克莱尔又接到斯潘塞的电话，在一个秘密据点，她见到了当年学校里的同学。他们对完成米拉的事业抱着无比的向往，米拉计划将管理层聚集到一起，他们正在为此事做准备。至于是什么准备，斯潘塞没有多说。
自从得知父母是死于米拉之手后，克莱尔就产生了动摇，只是不敢在斯潘塞面前表露出来。如今奎尔决意离开，不想再受制于人的克莱尔选择一起逃离。他们离开不久，摆脱了监视人员的霍华德X就推开了大门。霍华德X是想知道克莱尔还隐瞒了多少影子特工，可他只看到空无一人的公寓。
艾米莉X把霍华德带回了家，还叫来了做医生的女儿安娜。在安娜的眼里，眼前这个受重伤的男人就是她的父亲，那个曾经不顾家庭，之后又有所转变的父亲。在这种情况下，艾米莉X才吐露自己特工的身份。安娜不禁如释重负，难怪多年来父母总是遮遮掩掩、分分合合。原来并非感情问题，而是工作原因，这样的情节是很多孩子梦想中才会出现的。取出子弹，包扎好伤口，已近天明。安娜出门时看到艾米莉X随手丢在橱柜上的钥匙，只觉得心中一暖。钥匙上的挂坠让她想起童年和母亲用化名去度假村的事，那会母亲是用贝琳达的名字，自己则用玛丽亚。艾米莉X听了一愣，顿时明白了是怎么回事，安娜所说的母亲是那个世界的艾米莉。
在奎尔家扑了个空的霍华德X返回家中，想用另一个办法寻找线索。他激励艾米莉努力回忆，艾米莉在家中四处翻找，就像肌肉记忆一样，会不自觉的找到些东西。比如书架夹层里的手枪，油画背后的信封。不过艾米莉想到的越多，霍华德X的问题反而也越多。信封里有张蜡笔涂鸦，是座湖畔教堂，右下角还歪歪扭扭的写着“安娜”。艾米莉想起另一个世界的女儿，她不只一次去过那里，就是为了安娜。当时艾米莉X忙于工作和进出戒毒所，艾米莉就会陪着安娜，去那个度假村，还有湖边的教堂。
艾米莉记得在那一边，一场失败的婚姻，药物上瘾的妻子和暴力而又无情的丈夫。她却没想到面前的人，正是她口中没有善意的丈夫。就在回忆的过程中，无意中找到了一串看似没有意义的字符。霍华德X意识到是密码，破译之后得到一个地址，诺多福85号。二人还没来得及庆祝，霍华德X的手机上就收到一条语音信息。
鲍德温有心尝试娜迪亚曾经的生活，可靛青却阴魂不散。斯潘塞找到了她，要求她继续完成之前的任务，刺杀艾米莉。霍华德X收到的信息就是来自鲍德温的警告，这才让他能出其不意的除掉两名翻窗而入的杀手。但他敏捷和狠毒的身手也暴露了自己真正的身份，艾米莉意识到这个人绝不是自己的丈夫。
克莱尔能想到的安全地点只有一个，贝塞斯达，父亲童年时的家。在那个世界，贝塞斯达是训练影子特工的学校。在这个世界，只是幢荒废的，阴森古老的大房子。斯潘塞等人曾在这里藏身，但他们已奉命就位，不可能再回来。安置好女儿斯潘塞后，克莱尔在房子里转悠，回想当年接受特工训练时的光景，想起那个策划了整个计划，也是学校创办人的米拉。米拉知道两个世界会毁灭彼此，如果成功关闭通道，就能重回平衡。但至于如何达到平衡，克莱尔并不清楚。
就在克莱尔四处查看的时候，奎尔在女儿斯潘塞的衣服口袋里找到了个U盘。U盘里的录音，让他毛骨悚然。原来克莱尔的父母是被米拉所杀，不仅如此，在那场流感中，很多人实际上是砷中毒而死。因死亡人数太多，死状又相似，他们没有尸检就被草草火葬。米拉所谓的“伟大事业”都是建立在谎言之上，这就难怪妻子会放弃毕生的事业，与他亡命天涯。
得到丈夫的理解，克莱尔也很宽慰。她突然想到斯潘塞的话，在为米拉的下一步行动做准备，或许能在这里找到点线索。来到地下室，桌上还残留着几张体温记录和一些烧杯器皿，地上还丢着一只冷藏箱。克莱尔明白了，米拉在研制流感病毒，这就是她恢复平衡的方法，让这个世界同样遭受一次浩劫。数亿人的生命危在旦夕，奎尔和克莱尔当机立断，不再隐藏。他们一起敲响了雅娜的门，坦白一切，阻止米拉的行动。
霍华德X被艾米莉赶出家之后无处可去，只能找到藏身在废弃小屋里的鲍德温。说来也是讽刺，鲍德温成了他在这个世界唯一能信任的人。屋里播放着娜迪亚的小提琴曲，霍华德X拿出此前破译出的地址，诺多福85号。他已做了调查，那是家建筑公司，在第三世界国家开发技术，靛青特工必定潜伏其中。这个世界已岌岌可危，霍华德X看得出鲍德温留恋这里的生活，那就应当联手铲除隐患。
与此同时，克莱尔已向雅娜坦白了靛青特工的组织架构。特工小组都是彼此隔断，每名特工都不会掌握全部计划，由兰伯特负责下达指令。为了女儿，她还交待了斯潘塞的小组，以及当天看到的冷藏箱，确信装有致命病毒。听到斯潘塞的名字，一旁抱着女儿的奎尔就明白了。
雅娜要求克莱尔佩戴窃听器与斯潘塞接触，恐怕奎尔和克莱尔都没有权力拒绝。与斯潘塞联系之后，克莱尔收到斯潘塞发来的地址，诺多福85号。当克莱尔走进地址所在的大楼时，俨然就像是个正规的大公司。在斯潘塞的办公室里，她尽力想套出米拉的具体方案。打听过多的细节，反而引起斯潘塞的警觉，从她的身上搜出隐藏的窃听器。
斯潘塞正欲下毒手时，有员工敲开办公室的门，恰好让克莱尔有了逃生的机会。克莱尔不敢停下脚步，斯潘塞又不想惊动周围的员工。二人就在大楼里，一个快步逃跑，一个在后紧追。一出大门，克莱尔就马上打电话让雅娜和奎尔到地铁站出口接应。可斯潘塞还是快了一步，在地铁站内截住了克莱尔。螳螂捕蝉，黄雀在后，一直在附近监视的霍华德X和鲍德温正好把二人一举拿下。
在另一个世界，艾米莉X和霍华德向伊安自首，目的也是为了与管理者见面。被伊安押进通道办公大楼后，二人分开关押。伊安随后在镜头前向管理者汇报抓捕艾米莉X的情况，才说到一半就被打断。有突发事件，那边世界有特工要求会面，而且指定要与艾米莉X对话。
艾米莉X被带到界面部，万没想到坐在玻璃另一头的人会是艾米莉。她们二人都已经知道身边霍华德的真正身份，艾米莉X倒并不奇怪，这很符合霍华德X的做事风格。艾米莉透露出一个消息，今天两边的管理者会与米拉会面，但那是个陷阱。至于艾米莉为什么会知道，原因很简单，从某种角度来说，是她创造了靛青。
很多年前，艾米莉找到一些证据，证明她所在的世界策划了流感病毒的研发。她将这个情况向上汇报，却不受重视。为了晋升，她没有再坚持，而是保持低调。直到最近，她发现自己的报告被恐怖份子利用。米拉就是用这份报告，洗脑了整整一代人。
见艾米莉X对自己多次闯入她的生活仍耿耿于怀，艾米莉没有否认。她不想要孩子，只想维持原本的生活，却又不忍心看到安娜的生活中缺失母爱，这的确很自私。对话结束，艾米莉提醒艾米莉X，这边已经在疏散大楼，千万不要让米拉与管理者见面。另外，霍华德的回归是这次会谈的条件。艾米莉希望艾米莉X能核实一下，霍华德是否还爱着自己。艾米莉X多少有些伤感，即使发生了这么多事，霍华德不是爱着艾米莉，没有改变。
经过开会商议，艾米莉X说服管理层采取同样的防范措施疏散大楼，派重兵在外围把守。米拉一旦露面就会被收押，确保她不能靠近四楼的会议定。不过整个行动由伊安负责，而不是艾米莉X。艾米莉X的职务将被解除，直至事件平息。她能做的，只有依依不舍的护送着霍华德穿过通道，交给另一边等候多时的艾米莉。
伊安带领应急小队在指定地点逮捕了现身的米拉和亚尼克。按事先的方案，米拉被关押，由伊安看守，只允许亚尼克一人到四楼会议室。站在会议室门口，看着两个世界的管理者，亚尼克感慨大家都已白发苍苍。亚尼克支持女儿的看法，早就应当关闭通道，但其他人不会让一个恐怖份子决定两个世界的未来。
然而米拉的计划仍在有条不紊的进行着。米拉从一开始就知道自己不可能与管理者见面，已对伊安进行了全面的调查。他们绑架了诺米，在那个世界，诺米因为伊安而死，伊安不能让这边的诺米为自己再承受一次劫难。他打开囚禁室的门，米拉迈着轻快的步子，走到了四楼会议室。
在众人惊讶的目光中，米拉一枪一枪击毙在场的每个管理者，除了亚尼克。她留下亚尼克的命，放他返回自己的世界，然后关闭通道。这就是米拉的计划。