CCG的11区分部，被自称为“青桐树”的喰种集团袭击，没有幸存者。得知这件事後，CCG开始准备有史以来最大规模的讨伐战。另一方面，有个名为万丈数壹的男人闯进了安定区，他十分仰慕利世，在得知“青桐树”的目标是利世后，便来到安定区想劝利世逃走。但这时“青桐树”的少年干部－“绚都”却突然出现在众人面前。看到他之后，董香面露惊讶的神色！

为了救出被“青桐树”抓走的金木，芳村、四方、董香、锦、雏实与诗齐聚一堂，此外还加入一位意想不到的人物!CCG的亚门一行人与其他搜查官，准备以超越千人的阵仗进攻位於11区的青桐树据点。“青桐树”与CCG，还有安定区的三方之战一触即发…

在“青桐树”的据点展开的战斗越来越激烈了。喰种与人类之战…这场战斗会如何收尾呢？“安定区”的伙伴有办法救出金木吗？另一方面，被青桐树的干部之一－壁虎带走的金木，遭受了超乎想像的残忍虐待。意识朦胧的金木，他内心世界里突然出现的人物是…？