当“Proceed”的成员们被卷进了阴谋而无路可退之际，在R.U.C地底设施秘密研发中的神秘物体也即将进入完成阶段。在下雨的街头角落，因为和同伴走失而充满了绝望感的亚克塞拉，突然有个人悄悄地出现在她身旁并替她撑伞。
由于被怀疑隐匿亚克塞拉，R.U.C的追兵开始监视索露缇等人的公寓；在这种一触即发的气氛中，罗伊收到了一个指名寄给他的包裹……。最后，假面男子和索露缇终于进行了接触！这同时也意味着他的计划即将进入收尾的最终阶段。
藏匿亚克塞拉的事终于被发现了！大群的追击队，对罗伊与蜜兰达等人居住的公寓发动攻击！即时逃出公寓的罗伊等人，逃往未登录市民所居住的地下都市……