环保局局长将化工厂的水质取样悄悄调包，马头村拿到的污水标本悄无声息被处理掉，中午他与化工厂的老板一起吃饭，故意称自己会努力把事情摆平，吃完饭还向甲方暗示最近家里资金周转不灵。
齐衡一直关注着马头村排污案件，听到环保局出来的结果是化工厂没有排污，各项检测完全在合格范围内，如果化工厂没有排污，那些肾衰竭的村民是怎么回事。齐衡专程去到检察院院长那里商议，院长知道这件事引起的舆论风波，他觉得既然环保局那边的检测结果合格，政法部门这边也没有理由提起上诉。
紧跟着，公益律师朱黎明重新向法院递交了状子，他起诉化工厂应该对周边患病村民进行民事赔偿，罗怀功听到朱黎明的名字不以为然，觉得他是跳梁小丑，没多久就会销声匿迹。
既然有人提交了起诉状，法院就要接手审理，张延军也很关注这件事，特意问齐衡要不要立案。齐衡透露，有人把马头村的水质送到上海第三方鉴定机构，结果和环保局有出入。张延军听到很不解，强调说环保局是政府单位，怎么也得保留形象，建议不公开审理，如果化工厂真的有问题，今后该赔偿赔偿，该管理管理。齐衡明白张延军的意图想庭外和解，这件事牵扯甚多，他仔细斟酌耐心回复张延军。
刘县长也听说了姜云化工厂的事情，他指着环保局局长拍案大骂，问到底怎么回事，这些年姜云化工厂给县里财政交了很多税，立了大功，千万不能影响化工厂的生产。环保局局长拍胸脯保证化工厂的污水排放之前都经过处理，不存在任何问题，是朱黎明在捣乱。
齐衡最终决定立案审理，院长听到他的决定还特意问他准备好了没有，郑重提醒他一旦立案，齐衡就等于在公开和那些看见看不见的魔鬼任务做对。齐衡知道院长这番话是对他的关心，但是看到马头村村民受到病痛的折磨，他不忍心，也做不到熟视无睹。
罗怀功接到法院的传票，他不同意庭前和解，坚决要对薄公堂。一场硬仗就要到来，马拉松和同事听到这个消息跃跃欲试，这是本地第一次以民事诉讼打环保的官司，对他们来说意义重大。法庭上，辩护律师称环保局的取样过程合法合理，而对方的取样来不不明，不能作为证据反驳。法官经过郑重考虑，决定再次对化工厂的水样进行检测。
罗怀功听说了还要再次取样，特意找了很多人扮成化工厂工人模样前去阻挠，不仅如此，取样的员工去给附近井下泥土取样，发现泥土上已经浇筑了厚厚的水泥。化工厂的人分批一天二十四小时守着取样地点，第三方鉴定机构根本没有机会拿到样本。
再次进行庭审时，将当地的环保局也同样列为被告，法院聘请的第三方水质鉴定确实发现在水流管道中发现金属镉，所以排污水还是有毒的。因此环保局存在明显的职务疏忽，现在不仅仅化工厂要赔偿生病的患者，还有环保局也有连带赔偿责任。
陈述宣读答辩状，并不认为化工厂有错，一再强调市环保局的检测有效，证明化工厂并没有偷排污染当地的地下水，化工厂和环保局的答辩状异口同声对起诉状的不满，都是自己是清白的。公益律师朱黎明听后极为愤慨，他在法院陈述，根据掌握的水质样本，完全可以证明化工厂排出的水中有大量的镉元素，并且排污设备的技术人员曾经检测化工厂的机器，发现只是运行过，但是连续运行不会超过二十个小时，迄今为止，化工厂在当地已经开了不止六年，运行时间还不超过一天，足以证明，平时都是裸排，没有经过任何处理设施。
被告代理人提出他有新的证据，证明当地村民患病和化工厂没有关系，按照法律逾期提供证据是不被认可的，被告代理人坚称他拿到的证据事关重大，和本案件有直接关系。齐衡同意他举证，结果被告代理人拿出了一份机器使用时间检测表，称过滤机器并非使用了二十个小时，而是操作工人不会操作，不小心将数据重置，因此，他们化工厂又特意请了专业的技师检测，可以证明机器运行了很长时间。
鉴于新的证据产生，不能证明化工厂未使用净化污水装置，庭审最后齐衡宣布休庭。回到办公室，马拉松憋了一肚子火，她根本不相信陈述的话，齐衡叮嘱她，作为一个执法人员，要相信证据，不能全靠推测，案件还在侦查，相信这几天一定会有新的线索产生。
朱黎明提到可靠消息，在法院立案之后的那几天，化工厂车间灯火通明加班了好几天，这期间化工厂的车间主任秦厚土住院了，好像伤得很重。朱黎明特意去医院看了，听到护士说秦厚土好像是被重物砸伤的，下半身彻底瘫痪，应该是挖管道时，被一条管道给砸到。朱黎明想让秦厚土出庭作证，证明检测的那条管道是临时切断，并且临时铺上了速干水泥，秦厚土心里很清楚，前几天化工厂的人还送来十万块钱，称只要他不开口，不给外界说排污的事情，他们家今后的生活费和治病的费用厂里全部报销。
秦厚土无奈反问朱黎明，刚刚朱黎明表示只要能主动揭发厂子的偷排，会给他努力争取养伤的费用，但现实是只要厂子在，他们全家的吃穿用度都不用发愁，如果这让朱黎明选，他会选哪个。朱黎明哑口无言，在正义和活着之间，这些可怜的人只能选择一样。
转眼又到了开庭的日子，朱黎明以为秦厚土不会作证，意外的是，秦厚土坦言厂子很少启用排污设备，一直以来都是裸排，直接将污水排放的河里，因此村民大多都生病。
秦厚土的供述给庭审带来了转机，但是辩护人却称是秦厚土因为受伤，对工厂怀恨在心，因此蓄意栽赃陷害。秦厚土听到辩护人的说辞，气得眼眶通红，辩护律师让他举证证明所说的都是事实，老实憨厚的秦厚土几近哽咽，他一遍遍重复自己说的都是真的。
尽管辩护律师企图通过各种技巧削弱秦厚土的供词，但是朱黎明又提交了车间十几个工人的联名亲笔信，证明秦厚土当天确实是因为排污管道砸伤，并且过滤污水的装置很少启用，并不是某个工人疏忽给重置。
人证物证俱全，任凭辩护律师巧舌如簧，现在也是回天无力只得保持缄默，化工厂这些年排污确凿无疑，一旁坐着环保局局长的脸都黑了。接下来就是判决和赔偿等问题了，罗怀功知道庭审的结果后如坐针毡，他让助理苏寒把陈述请来，商量之后的对策，最好尽快解决这起官司，避免舆论影响过大。
陈述和朱黎明商量，看能不能给每一位患者家庭多补贴十万块钱，但是希望他们不要对外说是因为受到化工厂的有毒水污染才致病，朱黎明看到协议极为愤慨，他觉得化工厂在推卸责任，这十万块钱显然是封口费。朱黎明愤然离席，这次调解没有成功，齐衡立刻紧跟其后，把朱黎明让到一边的办公室聊天，他知道朱黎明一心追求正义，想让化工厂这起恶劣影响引起社会重视，唾弃偷拍行为，齐衡忍不住感慨但目前对马头村的村民来说最重要的是拿到赔偿，让那些患病的尽早治病，尽早康复。
朱黎明没有听进去齐衡的劝解，反而认为对方“油滑”，因为调解不成，马根木也没有及时拿到赔偿款。这天朱黎明接到医院的电话，马根木等到了合适的肾源，需要尽快做手术，最晚不要超过下午两点半。
就在齐衡要出庭宣读判决的时候，市里来了紧急电话，让齐衡过去一趟，姜县县长亲自为化工厂求情，恳求齐衡不要判化工厂败诉，因为他们县迫切发展经济，现在化工厂每年的给县财政提供几个亿的税收，一旦倒闭，他们县的经济又会倒退，并且其他想要来投资建厂的企业也会知难而退。姜县县长紧紧握住齐衡的手，言辞恳切，姿态低的差点下跪。
最终，法院判决马头村三十五户村民胜诉，齐衡顶着重重压力，毅然选择了正义，为马头村村民讨回一个公道。马根木没有等到判决下来便一命呜呼，这件事也给朱黎明不小的打击，他很后悔当初没有接受齐衡的建议，如果走庭外和解，说不定马根木能尽早拿到钱，也不会这么年轻就去世。庭外，齐衡和马拉松看到朱黎明坐在那喝了很多酒，他对当初自己的固执懊悔不迭，马拉松非常能够理解他的心情，只得安慰他，马头村还有那么多村民，并且大家都能理解他，感激他为村民打官司。