电影《哥斯拉大战金刚》结局：金刚作为岛内原住民的守护神，哑巴吉娅对它十分仰慕。此时正有人密切监视着金刚，吉娅也是监视者之一。Apex组织的员工伯尼偷偷收集怪物资料，欲公布于众，谁知基地突然遭受哥斯拉攻击，瞬间陷入一片火海。麦迪森为能搞清楚哥斯拉袭击的原因，便和黑客朋友乔什找到伯尼，从中获取有关Apex组织的阴谋。

Apex领导人沃尔特闯入科学家内森的办公室，同行者还有芹泽仁博士。两人希望寻求内森帮助，欲得到地球中空空间的某种物质对付哥斯拉。内森抵达骷髅岛，与女博士艾琳等人将金刚运上航空母舰，前往南极洲，怎料哥斯拉竟对航母发动猛烈攻击。关键时刻，金刚挣脱锁链，试图还击，奈何完全不是哥斯拉的对手。内森下令关闭所有武器以及发动机，佯装投降，哥斯拉见状停止攻击，随即潜入深海离开。麦蒂森和乔什跟着伯尼来到Apex基地，没想到基地内的增强装置早已不见踪影，三人貌似发现转移路径，神不知鬼不觉地潜入地下建筑。在这个阴暗冰冷的地方，三人发现生物卵时，突然一同被吸进Apex搭建的超高速隧道。内森改变计划，将金刚送往中空空间，看到超乎人类想象的新奇世界。随处可见的庞大生物，金刚根据记忆找到祖先的栖息地，四周都是发着蓝色光芒的能量。麦蒂森三人快速转移到香港，并在香港基地内看到人造泰坦，那是一具完全由机械结构组成的哥斯拉。伯尼和乔什他们打算离开时，骷髅兽突然挣脱出来，疯狂攻击人类，结果遭到机械哥斯拉的反击。由于机械哥斯拉缺少能量源，玛雅不顾内森阻拦，坚持命令手下采集蓝色能量，并以最快速度传到香港。机器哥斯拉被激活残存意识，不断大肆破坏地球。麦蒂森还在寻找Apex组织的秘密，结果发现操控机器哥斯拉的人，正是芹泽仁博士。沃尔特和Apex的阴谋浮出水面，吉娅用手语告诉金刚所有真相。最终，金刚选择与哥斯拉联手，终将机械哥斯拉变成四分五裂。大战结束，哥斯拉消失在大海深处，吉娅与艾琳注视着远处的金刚，看着它站在山峰之巅。