吴嵩对方林威逼利诱，然后撂下狠话就走了，方林担心连累胡湘湘，让她先回老家躲一躲，胡湘湘叮嘱他处处小心，方林只盼着徐天佑早日清醒过来，他们联手对付吴嵩。
黄昌云派人挟持了胡湘湘，然后来找方林谈判，逼他和吴嵩合作，方林气得咬牙切齿。郭心兰被关在大牢，徐天佑来找她合作，答应放了她，给她戴罪立功的机会。方林垂头丧气回家，惊喜地发现徐天佑已经精神抖擞，还亲手给他做了饭，方林才知道徐天佑一直是假装颓废，就是想麻痹吴嵩，趁机谋划铲除吴嵩的策略，吴嵩才把精力放在方林身上，方林埋怨徐天佑不该瞒着他，徐天佑担心他露出马脚，引起吴嵩的怀疑。
杨进升和赵俊随后赶来，还带来了小翠，这是徐天佑精心安排的，他们早就策划好了一切，杨进升向方林详细讲述了他们制定的连环计，想把黄昌云制造的火器卖给敌军，徐天佑趁机再把黄昌云残害马文杰的事上奏，皇上绝不会姑息养奸。徐天佑劝方林做吴嵩的预定门生，他们里应外合铲除吴嵩，方林想起被黄昌云挟持的胡湘湘，他才勉强答应。
黄昌云斥巨资在滁州建兵工厂，可处处受滇王牵制，销量一直上不去，他不甘心，就让有为找其他买主，有为联系了小翠，黄昌云迫不及待想去会一会小翠。方林急匆匆赶回家，看到胡湘湘安然无恙，他才放下心来，方林来看母亲，母亲一时清楚一时糊涂，根本不认识他，方林很痛心。
黄昌云来见小翠，小翠开门见山提出要两百台佛郎机炮，期限是三个月，把图纸交给黄昌云，黄昌云苦苦逼问她的来历，小翠自称要卖给西洋人，还用夺魄勾魂香勾引黄昌云，黄昌云很快上钩。
方林一觉醒来，看到胡湘湘给他留了一张纸条去买菜了，母亲认出他，还准备了早饭，方林很感慨，后悔当初说重话伤害母亲，母亲觉得这一切都是吴嵩造成的，对吴嵩恨之入骨，提醒他不要和吴嵩沆瀣一气，方林有苦难言。母亲突然感觉头痒，方林帮她梳洗，母亲催他和胡湘湘尽快生个孩子。
方林突然听到胡湘湘摔碎了碗筷，赶忙过来帮忙，胡湘湘得知母亲已经恢复记忆，想做几个小菜庆祝一下，方林来看母亲的时候，发现她已经撒手人寰，方林伤心地痛不欲生。方林含悲忍泪把母亲安葬，黄昌云提醒方林不要忘了明天去贡院参加科举考试，方林要为母亲守孝，黄昌云声称他母亲十年前就死了，逼方林必须参加考试，方林对他破口大骂，黄昌云一再强调明天考完试，方林就和他是一样的人了，胡湘湘怒不可遏，强行把方林赶走。
方林一早来贡院参加考试，整个考场只有他一个考生，方林权衡再三，一个字也没写就离开考场，监考官祝贺他金榜题名，方林突然倒地不起昏死过去。大夫帮方林检查，他因为受刺激得了失心疯，方林疯疯癫癫，胡言乱语，有为在门外偷看，他赶忙回去向黄昌云汇报，黄昌云怀疑方林故意而为之，想亲自试探一下。
胡湘湘精心照顾方林，方林一会哭一会笑，根本不认识她，胡湘湘对他百依百顺，发誓早晚治好他的病。黄昌云随后赶来，怀疑方林在装病。
黄昌云抓了一把土喂给方林，他毫不犹豫吃下去，还假装吃的很开心，黄昌云还是不相信方林已经疯了，威胁要把胡湘湘的眼睛毒瞎，方林依旧无动于衷，黄昌云用断肠草制成的毒药把胡湘湘毒瞎，然后带人回去向吴嵩复命，吴嵩觉得方林已经没有利用价值，就让他自生自灭。吴嵩随口问起兵器坊的生意情况，黄昌云自称最近接了一个大买卖。
胡家树找大夫为胡湘湘治眼睛，结果都不见成效，胡湘湘一心只想治好方林的病，胡家树承诺砸锅卖铁也要治好他。方林眼睁睁看着胡湘湘的眼睛被毒瞎，为了铲除吴嵩及其党羽，方林只能暂时隐忍骗过黄昌云，他发誓尽快铲除吴嵩为胡湘湘报仇。
小翠得知黄昌云已经安排工人加班加点完成了二十台佛郎机大炮，就把她和黄昌云签订的合约拿来交给方林，方林派杨进升带几个生面孔的人去兵器坊接货，然后运到柳乘龙闲置的仓库，再让赵俊负责把这些大炮送到敌军军营。
吴嵩想皇上汇报了马文杰的死讯，把罪名都推到李志和滇王小舅子身上，没想到徐天佑已经把吴嵩，黄昌云和滇王所作所为上奏皇上，皇上当面揭穿他的女婿黄昌云在做军火生意，吴嵩百般狡辩，皇上把徐天佑叫来，徐天佑一一列举了吴嵩几宗罪，吴嵩大喊冤枉。皇上把赵俊叫来，赵俊带来敌军使用火炮的残骸，证实和明军使用的一模一样，
皇上得知方林已经查明黄昌云和敌军勾结的证据，就让他当面说清楚，方林如实汇报，皇上气得大发雷霆，当场罢免吴嵩所有职务，把他押进大牢。皇上奉徐天佑为钦差大臣，尽快把黄昌云抓捕归案。
黄昌云得知吴嵩被抓，立刻让有为帮忙收拾金银珠宝，由于数量太大，他们俩根本搬不动，黄昌云不甘心把辛苦得来的东西拱手让人，结果被徐天佑堵在家里，黄昌云大喊冤枉，徐天佑下令把他关进大牢。黄昌云在牢里大呼小叫，方林突然来看他，黄昌云对方林恶语相向，大骂他无情，竟然置妻子安危于不顾，方林一心就想铲除吴嵩和黄昌云，黄昌云自我安慰，以为自己才是胜者，方林提醒他不要自欺欺人，然后愤然离开。黄昌云知道自己气数已尽，不由地想起他对上官云儿见死不救的往事，心里充满自责。
黄昌云今天要被斩首，吴钰文来到刑场为他送行，黄昌云追悔莫及，拜托吴钰文好好把他们俩的孩子养大承认，他听了听孩子的心跳，还给孩子取名“青莲”或者“重生”，希望孩子不要学他，吴钰文因为伤心过度晕了过去。
杨进升来给黄昌云送行，黄昌云连连向他认错，杨进升把上官云儿死而复生的消息告诉他，黄昌云顿时惊呆了，他苦苦哀求杨进升帮忙照顾吴钰文和孩子，杨进升满口答应，提醒他下辈子好好做人，他们还可以做兄弟。时辰已到，徐天佑下了斩首令，没等刀斧手行刑，天上突然乌云密布，电闪雷鸣，黄昌云被雷电活活劈死。
方林求李时艺为胡湘湘疗伤，胡湘湘得知方林已经恢复如初，求李时艺带她去京城，李时艺满口答应。皇上派人把徐天佑，方林，赵俊和杨进升一起找来，对他们论功行赏。皇上把自己御驾亲征的宝刀赐给赵俊，杨进升只想要回被官府没收的牌匾，皇上当场写了“积善之家”送给杨进升，他们俩对皇上感恩戴德。
方林只想早日回老家照顾胡湘湘，皇上提醒他不要错过乡试，想在殿试的时候见到他，徐天佑只有一个请求，求皇上尽快把吴嵩斩首示众，皇上把其他人都支走，只剩下徐天佑一个人，当面拆穿吴嵩通敌卖国的罪名是徐天佑伪造的，把吴嵩贬为庶民，没收他家所有财产，徐天佑求皇上为郭云平反，皇上满口答应，徐天佑想要宫里的天香豆蔻丸救郭心兰，才知道先皇受伤后已经服用了，徐天佑只好作罢。皇上让徐天佑入内阁，希望他靠自己的本事做首辅。
徐天佑走出皇宫，方林，赵俊和杨进升一直在等他，他们已经成功扳倒吴嵩，也为那些死难者报了仇。方林和徐天佑来为死难兄弟扫墓，徐天佑劝方林向胡湘湘实话实说，方林想瞒她一辈子，胡湘湘让衙役搀着他来找方林，无意中听到方林和徐天佑的谈话，才知道方林为了铲除吴嵩装疯，胡湘湘顿时心灰意冷，让衙役扶着她离开了。
方林和徐天佑回到住处，李时艺随后赶来，方林得知李时艺已经把胡湘湘的眼睛治好了大半，胡湘湘让人送她来找方林，想给方林一个惊喜。就在这时，衙役给方林送来胡湘湘的信，胡湘湘已经离他而去，方林不由地想起他和胡湘湘相识以来的一幕幕往事，心里百感交集，方林急忙去追胡湘湘。
徐天佑向李时艺打听最后一刻天香豆蔻丸的下落，李时艺也不知情，他把天香豆蔻的种子交给徐天佑，并且讲明这些种子不能用水浇，也不能见光，李时艺用尽了所有的办法都种不出来，徐天佑发誓不惜一切代价种出来救郭心兰。徐天佑想带方林入阁做事，方林对此不感兴趣，他只想找到胡湘湘，徐天佑也不再勉强。徐天佑跋山涉水，终于找到一个适合天香豆蔻生存的涵洞，他把种子一一种下去。
寒来暑往，转眼一年过去了，徐天佑种下的种子没有发芽，他急得捶胸顿足，不小心把手指砸破，鲜血滴在地上。徐天佑梦到自己终于把天香豆蔻种出来，他第一时间赶回去，给郭心兰喂下，郭心兰渐渐恢复了意识，感谢徐天佑为她所做的一切，她劝徐天佑醒一醒。
徐天佑迷迷糊糊醒来，才发现刚才做了一场梦，他惊喜地看到滴血的地方长出了一颗天香豆蔻，徐天佑才恍然大悟，原来血能让种植发芽，他二话没说就把手指弄伤，用鲜血灌溉种子。
转眼十几年过去了，杨进升的生意越做越大，他和上官云儿恩爱有加，女儿小敏也已经长大，方林走遍大江南北，也打听不到胡湘湘的下落，他回到滁州来和杨进升叙旧，杨进升鼓励他不要心急。
上官云儿给方林端上来一碗饭，方林尝了一口觉得味道很熟悉，杨进升就让上官云儿把厨子带来，方林惊喜地发现她就是胡湘湘，而且胡湘湘的眼睛已经治好，方林悲喜交加，连连向她赔罪，胡湘湘早就原谅他了，可又不知道他在哪里，胡湘湘气得哭笑不得，骂他太傻，方林发誓永远和她在一起，胡湘湘想做状元夫人，方林只好再去参加科考。
方林不负众望考上举人，他远远看到吴嵩在沿街乞讨，就买了两个包子给他，吴嵩对他感激涕零，然后欢呼着跑走了，方林心有戚戚焉。徐天佑和郭心兰拦住方林，祝贺他考中进士，胡湘湘随后跟来，得知方林中了进士，开心地手舞足蹈，郭心兰邀请他们去家里吃饭。
全剧终