在战斗训练的小智一行，和受伤的三平相遇了。三平的任务是把卷轴送到馆里在途中遇到了神秘的“假面忍者”的袭击。小智一行和三平，一起向这个馆护送卷轴为目标。然而假面忍者出现了进行战斗。咦？小智的呱呱泡蛙发生了变化？
