在战斗训练的小智一行，和受伤的三平相遇了。三平的任务是把卷轴送到馆里在途中遇到了神秘的“假面忍者”的袭击。小智一行和三平，一起向这个馆护送卷轴为目标。然而假面忍者出现了进行战斗。咦？小智的呱呱泡蛙发生了变化？

路过牧场的小智一行人和莎莉娜的萨琪相遇了。尽管萨琪想要把莎莉娜培养成一流的铁甲犀牛骑手，莎莉娜却决意传达出的是想要成为“神奇宝贝表演家”的想法。可是面对不肯承认自己梦想的妈妈，莎莉娜提出进行“如果咩咩羊比赛能取得胜利就希望妈妈能承认她的梦想”的比赛的方案。到底莎莉娜的想法有没有传达给妈妈呢？！关乎莎莉娜命运的咩咩羊比赛胜负去向究竟如何？！

小智一行人在旅行中遇见了之前在发电站的君莎小姐，后来，火箭队和小智等人被乌贼王发现并被抓走。为了破坏乌贼王的最终计划，希特隆和小次郎得到了当地小精灵的帮助。但是，小次郎的豪喇花枝的样子......