在去往映雪市的路上，柚丽嘉发现自己的包里藏着一只小小的绿色神奇宝贝。神奇宝贝图鉴无法识别它，所以她将其取名小软。不一会儿，一行人遇到了他们的朋友翔太和他的森林蜥蜴。这次重逢很快就被一群穿着红色衣服，带着奇怪眼睛的人们打断了，他们想要染指柚丽嘉的新朋友！这些坏人是闪焰队，小软则是他们神秘的Z行动中不可或缺的一环。小智和翔太联手赶走了他们，然而他们再度碰头重新计划，却被火箭队盯上了……翔太建议一行人在前往映雪市的路上从终端洞窟稍作停留，小软格外同意这个计划——所以小智一行人的下一站确定了！

小智一行人向法桐博士报告有关小软的事，而火箭队得知此事，决定去捕获小软。之后，他们在某处的草原休息。野生的胖胖哈力经过小智他们时，看见了正在梳毛的莎莉娜的伊布而一见钟情。于是，它向伊布使用心形的藤鞭和滚动表示爱意。莎莉娜的顽皮熊猫和希特隆的哈力栗前来阻止胖胖哈力。失败后，胖胖哈力决定以打败莎莉娜的顽皮熊猫和希特隆的哈力栗来夺得伊布的心。胖胖哈力会成功吗？

小智一行人在穿越森林的时候听到了求助的声音！他们发现了一位腿卡在了岩石裂隙之中的女子，成功救出了她。她向一行人展示了自己正在寻找的超进化石，并揭露了自己的真实身份，护士乔伊，并将一行人带去与法桐博士在神奇宝贝中心相会。在神奇宝贝中心，乔伊和自己的助手差不多娃娃争了起来！每个人都想要帮忙来让二人和好，博士同时也指出羁绊是超进化的必要前提。二人一起努力治愈了一只受伤的幕下力士——在火箭队袭击之时，差不多娃娃超进化将火箭队再次打飞，展现了她们强有力的羁绊！在见到小软后，法桐博士表示自己也不了解它是什么，随即决定回到自己的实验室再做研究。一行人告别博士，再度朝向映雪市进发！