在莎莉娜的提议下大家一起去拜访布拉塔诺博士，就在大伙开开心心吃马卡龙时，火箭队突然闯入并抓走了博士，在他们的威胁下博士交出了让神奇宝贝超进化的资料，于是超级喵喵诞生！而此时的小智等人也在哈力栗的引导下赶来营救，岂料超级喵喵异常强大，就连哈力栗和皮卡丘一起作战都难以攻破，就在这时，超级火焰鸡再次现身！

小智、希特隆等人一起在竹林里享受午餐的时候，突然冒出了两只顽皮熊猫，它们吃光了所有人的食物，这时，火箭队出现并抓走了神奇宝贝们，可是却因为起内讧引起爆炸使皮卡丘它们得以逃脱，在与小智会和之前，哈力栗将流氓熊猫最为重要的竹叶破坏，致使它一蹶不振，之后，大家在顽皮熊猫的带领下找到了新的竹叶，没想到火箭队却将流氓熊猫绑架。

旅行途中，小智等人捡到了被神奇宝贝卖家达兹掉落的粉蛹，当大家从君莎小姐那里得知达兹的丑恶行径后，决定救出其他被抓的粉蛹，于是，大伙儿制定了伪装大作战计划，他们将哈力栗装扮成粉蝶蛹并依此为诱饵找到了达兹的藏身之地，然而，有所觉察的达兹却将希特隆等人一网打尽，只剩小智一人与他进行战斗，所幸在关键时刻粉蝶蛹进化成了碧粉蝶。