在神奇宝贝中心时，由于莉姆的大意，把装着皮丘的背包和柚丽嘉装着咚咚鼠的背包弄混了，看见柚丽嘉的皮丘吓得使出绝招，莎莉娜保护了柚丽嘉，皮卡丘也用十万伏特稳定了皮丘，之后小智等人在神奇宝贝中心问了皮丘主人的详细情况决定一起去找。在路上，正在寻找莉姆的她的姐姐蕾娜与小智等人碰面了，皮丘跑到蕾娜的怀里，之后，大家一起找到了莉姆，原来莉姆是因为姐姐送自己的皮丘被自己弄丢的才溜走的。

正在前往下一个道馆的所在地遥香市的小智一行人，遇到了神秘的少年忍者和呱头蛙。面对拥有呱头蛙小精灵的少年忍者三平，小智对三平提出了对战的请求，于是小智的呱呱泡蛙对战三平的呱头蛙的比赛就此开始。对战开始呱头蛙就展现出了高超的忍术将呱呱泡蛙和小智成功压制。面对忍术高超的呱头蛙，被压制的呱呱泡蛙最终反败为胜。

来到古木镇的小智一行人，一进入城门就听到了一阵奇怪的噪音。在一番了解之后，小智等人得知原来是因为今年卡比兽未被唤醒而一直沉睡。为了唤醒时不时发出噪音的卡比兽，希特隆拿出了自己发明的叫醒器，结果却对卡比兽一点用也没有。于是为了唤醒沉睡的卡比兽，小智一行人只好寻找城主了解情况，最终成功唤醒卡比兽。