小智一行人途径朝气蓬勃的古香水族馆，在那里他们不光看见了来自各地的水系神奇宝贝，还看到了黄金的鲤鱼王雕像。在海边他们看到了正在垂钓的馆长和铁臂枪虾，听说了黄金鲤鱼王的传说后小智等人也加入了垂钓者的行列，而在一旁偷听的火箭队又开始了行动。在咚咚鼠遇到危险时，一向冷傲的铁臂枪虾伸出了援助之手。

前往遥香道馆的小智等人遇到了三色堇小姐，而三色堇这次采访的目的地——古香镇化石研究所——引起了小智等人的兴趣。来到化石研究所大冰库的小智一行人遇到了喜欢亲近人的冰雪龙与冰雪巨龙。然而，火箭队趁众人不备盗走了冰雪龙，暴露在常温中的冰雪龙时刻存在着危险，小智等人和冰雪巨龙一起靠着极光的羁绊前往救援。

为了得到第二枚徽章，小智一行人终于到达了遥香市，迫不及待向查克洛先生提出道馆战的小智将要展现自己的特训成果。登上绝壁的小智得到了查克洛的认可，特训后的呱呱泡蛙用“岩石封闭”打败了大岩蛇，但拥有卓越跳跃能力的宝宝暴龙却打败了小智的呱呱泡蛙和小箭雀，在这样的情况下属性不利的皮卡丘将迎接挑战。