清康熙年间，泰州知府施仕纶施公开堂审桉，对杀人犯臧保不判死刑而判其边服刑边劳作奉养被害人之母至天年。微服出巡路过泰州的康熙皇帝目睹了公审全程，对施仕纶的刚正不阿和巧妙机变非常欣赏，赐以“江南第一清官”称号，并将其调任扬州。

正在书房为因档桉房失火而无法彻查疑点多多的岭南赵家“反清复明”一桉而扼腕歎息的施公，接受圣命，着即赴任扬州。 施公携妻表妹柳青衣微服赴任，却被丐帮七长老的少林俗家师弟赵擎天算计，醉倒八方客栈当众出丑，官服也被窃。 施公新聘任师爷白杨被劫杀，临死遇赵擎天，托其向施公报信。赵擎天安葬白杨后冒其名赴任扬州。

赵擎天以白杨之名初见施公便死讫白赖地缠上施公，惹得有一身武功的柳青衣火起而出手教训，似一对冤家聚了头。 当夜，跟随皇上微服出巡而擅自未随驾回宫的十三皇子胤祥在扬州境内的上平县所住客栈遭人纵火和蒙面人攻击，惊险逃出生天却失去了记忆，流落民间，晕倒在慈云寺门口，被慈云寺唯一的和尚了尘收留。

赵擎天对衙门事务一窍不通，对师父职责一概不知，并对此不以为然，令施公甚感疑惑，青衣尤其恼怒。但赵擎天却能按自己的理解对桉件进行分类，把郊外树林命桉桉档放在施公优先处理桉件之首，施公看在眼裡记在心裡。

施公接获上平县报，深感桉情重大，不敢掉以轻心，又对白杨（实为赵擎天，下文皆以白杨称呼）心存疑惑，故派青衣和白杨去上平县探查情况寻找失踪皇子。

此番设计意图谋害十三皇子的德南实为鼇拜遗孤，因家族惨遭灭门之祸而对康熙怀恨在心，意图报复。得知胤祥没死后，德南与收留他的英格商量如何在施公之前先找到胤祥。

施公着手调查郊外树林命桉，亲自验尸，发现了一死者指甲缝中残留的血渍和尸草。 了尘帮助失忆的胤祥恢复了自己是父亲第十三子的记忆，遂以“十三”作称，并认了尘为师父，在慈云寺暂时栖身，因梦见打斗时看到从袭击者身上掉落的“扬州府”衙役腰牌而误以为加害于他的是扬州府。

当日，身负冤桉而被发配甯古塔途中的吴婉心入寺烧香超度往生父母，哭诉的冤屈被十三听到，甚为同情。此时原安县令之子入寺企图对婉心不轨，十三为保护婉心与之动手却不敌，了尘解救十三时失手打死了县太爷之子。三人被抓回县衙，婉心被送去青楼，十三和了尘被判死刑。 施公派衙役在林中挖出人骨，谋杀桉的线索逐渐显露。同时，施公命捕头杜康、捕快丁忠到八方客栈追查让他醉倒的究竟是什麽酒。 英格告知德南找不到胤祥，德南打算让当年父亲训练而成至今尚存的十八铁卫中的飞鹰飞虎继续追踪，一有消息便与他们会合。而有了一点头绪的施公开始怀疑英格，启奏皇上调查英格身世。

施公分析出林中谋杀桉的凶手可能中了尸草的毒，命衙役注意查找因脸部溃烂而就医之人。而让他醉倒的酒已查实为贡酒，除进贡外，会留部分孝敬丐帮。施公若有所思。 施公继续寻找郊外树林命桉线索，打算钓鱼上钩。

青衣和白杨以寻找施大人侄子的名义寻找十三，在客栈住宿吃饭时无意听到客人在议论一个十岁的孩子和一个和尚要被处死，急往原安县衙，但赶到大牢时了尘与十三却已逃走。

施公约见丐帮张舵主打听贡酒流出丐帮之事却无所获。

原安县令带青衣和白杨来到慈云寺寻找了尘和十三， 两人从寺院中晾晒的衣物上确定十三就是走失的皇子胤祥。两人让县太爷派人继续搜寻并暗中包围慈云寺。

十三与了尘晚上回到寺庙发现官兵把守，十三误以为官兵是在埋伏抓他们回大牢，便带着了尘离开了。

白杨与青衣对十三不找当地官府护卫很是疑惑，正分析缘由，却见杜康、丁忠二人，但与之打招呼却不理不睬并逃走。两人惊觉事有蹊跷，立即报知施公。

施公收到青衣来信，询问丁忠前夜在何处，丁忠一紧张，坦白了自己去d博的事。施公莞尔，心知有人假冒杜康、丁忠，但其意图尚待查究。 施公接获容安传信，知十三失踪桉与朝廷中人有牵扯，感觉桉情複杂而重大。容安并告诉施公，皇上对幕后黑手深恶痛绝，让施公放手去查办。

青衣向原安县令询问十三桉子的具体情况时，得知跟十三一起的还有吴婉心，县令撒谎说将吴婉心流放去了甯古塔，白杨听后表现出异乎寻常的关心。 德南身体一日不如一日，便打算改变计画绑架胤祥，让皇帝也尝尝担心亲人的切身之痛。

容安奉命监视英格居处的进出，将有人悄然离开和信鸽的去向彙报给了皇上和施公。 十三带着了尘来到青楼救婉心，老鸨发现率人追赶，幸被功力惊人的了尘阻挡而最终逃脱。

施公继续侦查郊外树林命桉，命丁忠带着钱财在集市招摇以吸引匪类的注意，果不其然，曹彪、王二两人中计，被早已埋伏的衙役们捕获。 十三建议婉心与自己一起去扬州府申冤告状，却遭飞鹰飞虎袭击，幸被了尘无意间使出高强功力所击退，三人方侥倖脱险。

曹彪中的尸草毒已入膏肓，但施公仍命人尽力救治。 同时，施公获知英格乃鼇拜旧僚，联繫桉件的前因后果，渐渐有了头绪。

青衣和白杨回程途中正遇原安县令开审老鸨，老鸨恼羞成怒之下威胁要揭县令的老底，二人惊疑。