柯南、少年侦探团、哀、阿笠博士来到阿笠博士友人所在村庄观光，在夜晚的溪边等待放萤火虫时，村长的儿子中岭和助手垂水乘坐运送萤火虫的货车到达。垂水打开货车上的箱子，萤火虫便成群结队的飞了出来。元太为了要抓萤火虫，爬上了货车，随手拿走了货车上的手电。在大家陶醉于欣赏萤火虫时，助手垂水接到一通中岭打来的电话，说中岭在乌帽岩，救命。柯南等人到达时，发现中岭已经死在车内，地上放着疑似有毒的饮料瓶，车内还飞着一只……萤火虫。。。