在小兰的跆拳道社学姐镜堂奈奈美的邀请下，少年侦探团的众人来到了镜堂家寻找传闻中的宝藏，非常热衷建筑的上一代家主镜堂征太郎在这座宅邸

中设下了各式各样的机关，而没有入口和窗户的暗黑之塔也是其中之一，而在奈奈美带领他们在宅邸四处参观时突然听到了女性的惨叫声，奈奈美的

母亲不幸从塔上坠亡，前去调查凶手的途中灰原却不见了踪影。

在警方介入调查奈奈美母亲的坠亡事件时，少年侦探团的孩子们却不见了踪影，而现代当家的助手长濑先生也不见了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中

遇到了各式各样的机关，在塔内他们还遭到了神秘人物的追赶，当柯南反应过来时身边的伙伴们都消失不见，独自寻找同伴的他想起了奈奈美的哥哥

所说的话语，暗黑之塔宝藏的秘密即将揭晓。

通过新架设的侦探事务所网页得到了一份乍看之下很简单的委托，当小五郎带着柯南、小兰和安室前往更改的见面场所后依然没有见到委托人，再次

回到事务所的他们又收到了委托人的讯息，佯装离开事务所的他们发觉了其中的蹊跷，再次回到事务所的他们准备揭穿嫌犯的手法，但在这时他们却

听到了厕所里传来的枪声。