这起灵异杀人事件所用到的手法柯南和平次基本都清楚了，在他们为大家揭示了这些看似诡异的手法后又发生了命案，这次被害的是消失已久的长女。案件又陷入了谜团，担心被害的人们都躲在自己的房间里，而女仆小光的一个提示让柯南和平次找到了新的线索，但他们现在还缺少决定性证据。

经过不断的调查，柯南和平次终于知道了这起事件的始末，而小光这时又收到了来自洋房主人的简讯。假冒小光的合叶在小兰的帮助下一同打倒了埋伏在南蛮房间里的凶手，败露了行动的凶手趁着昏暗的光线从暗道逃跑，被卡在暗道出口的他遇到的是平次和柯南，而凶手在灯光下显现出来的脸是……

毛利收到的信件上写着有人要杀害美术馆馆长的内容，前去拜访的柯南等人目睹了好几次差点让馆长丧命的危机。而今天前来拜访的赤座先生已经被杀害，怀疑壬生小姐行迹可疑的柯南和小兰正准备亲自联络警方的时候却遭到了袭击，美术馆里的三个员工是共犯，而馆长现在将要面临危险。