来到熊本阿苏火山旅行的柯南等人不幸卷入了事件，盗取熊纹食品机密资料的犯罪嫌疑人试图取回赎金时被步美打断，藏有机密随身碟的熊本熊玩偶阴差阳错到了小男孩贾斯丁手中，与贾斯丁有过一面之缘的柯南等人好不容易才找到了他的线索，但却被犯人抢先了一步，现在丢失的不只是机密文件，连同贾斯丁也被绑架了。

少年侦探团对于贾斯丁的事件还是非常在意，偷偷溜出来的他们和柯南一起展开了调查，聪明的贾斯丁并没有坐以待毙，显眼的他四处留下关于自己的信息，而柯南根据这些信息终于找到了他。犯人终于被捕，但事件却还没有结束，熊纹公司的社员井上先生有着太多的疑点，柯南能感觉到这件事情还不止这么简单。

在宅急便送圣诞蛋糕到阿笠博士家前，柯南等人在公园踢球消化肠胃，途中为了追把保罗咖啡厅当做根据地的猫咪，他们不小心被关进了宅急便的配送冷藏车内。想办法离开的他们看到了货柜里的尸体，打算向外界求救时手机又恰好没电，拿出手边所有东西的他们准备想办法向外界求助。