在被害人波土的遗物中发现了他亲手所写的字条，经纪人和社长随即回忆起了波土生前的往事，众人这才得知经纪人小姐原来竟是波土的前女友。而在舞台上发现的绳索和折叠椅也为柯南等人提供了线索，经过波本对绳索的一番讲解和演示，众人共同推理出了波土的死因和凶手的真实身份。

柯南等人帮助旧书店店主裕次郎搬运书籍，并在书店遇到了裕次郎的儿子一郎。一郎对于父亲经营旧书店的事感到很不满，争执中众人不欢而散。在光彦的带领下，柯南等人来到了旧书店旁的公园，准备观看蒸汽机车发动的场面，并在等待的途中偶遇了一郎。正当众人与蒸汽机车合影完毕返回书店时，却发现裕次郎被压在了倒塌的书架下面……

阿笠博士带着少年侦探团去朋友家的别墅玩，众人却在别墅的院子里发现一名倒在血泊中的男子，经证实此人正是俗称“佐罗”的连环抢劫纵火犯的同党伊势原祐二。为了解开谜团，柯南只身一人前往深山，目睹了佐罗意图杀害伊势的场面。想要解围的柯南在和伊势一起逃亡的过程中被逼上了临海的悬崖，在佐罗的追杀中不慎坠落悬崖的二人命运将会如何？