目睹柯南坠崖的众人陷入了痛苦和无助之中，警察署的搜查工作也一筹莫展，然而小哀却觉得此事另有蹊跷，便独自上路寻找柯南。另一方面伊势原在柯南的帮助下成功脱险，二人在山中的木屋与小哀相遇。在三人的设计和警方的帮助下，抓捕佐罗的行动圆满完成。正当众人以为此事已画上句点时，柯南却发现案件仍有疑点……

为了纪念战国武将信长入主岐阜城450周年，侦探少年团和阿笠博士来到岐阜市内游玩。在光彦的提议下，众人共同观看了当地的英雄秀表演。表演结束后，光彦因想得到签名而独自返回观看场所，然而他却在寻找表演人员的过程中遭到绑架……与此同时，在博物馆展出的信长公像也一并失窃。光彦能否获救？柯南众人寻尽线索，希望迅速找出幕后黑手。

受宿里村村长之邀，柯南和平次等人共同前往宿里村寻宝。到达旅店后，通过与其他几位考古学家和历史学家交谈，他们得知在宝藏的埋藏之处曾发生过塌方事故，其中一位外国挖掘队员在弥留之际写下了意为“鵺”的字条，而鵺正是传说中极为凶猛的怪兽。饭后当众人准备回房休息，平次却突然发现门前失火，众人在火中看到了体型巨大的怪兽。为了一探究竟的柯南和平次在追踪怪兽的过程中，却发现了倒在血泊中已经丧命的历史学家。