柯南和平次传来历史学家的死讯，众人陷入恐慌，并认为是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出门，考古学家主动要求与小兰交换房间。众人回房后，柯南与平次在院子里和村长询问细节，院子却突然再次着火，与此同时楼上的考古学家似被不明物体击中，惨叫一声后倒在房内，待柯南等人赶到时已经丧命。经过一番调查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遗忘在家中的狗突然引起了二人的注意。

一直被大家遗忘在家中的狗引起了柯南与平次的注意，二人很快就洞察了这一系列杀人事件的作案手段。平次委托村长告诉众人他已经得知了鵺的真面目，并在庭院内为众人重新演示了一遍案发当日的情形。在二人的推理下真相终于浮出水面，凶手成功被警方抓获。当案件尘埃落定后，平次终于鼓起勇气准备向和叶告白……

柯南等人来到方斗寺调查会预知未来的佛像一事，因天色已晚便决定在寺院内留宿。正当众人享用晚饭时，突然从房内传出一声惨叫，原来是正在房中念经的住持被人杀害。毛利小五郎通过柯南在院内找到的一些线索，推断出了凶手的身份，然而正当凶手跪地坦白自己的罪行时，柯南突然发现案件并没有结束……