根据友寄夫人的回忆，写有打开机关盒方法的纸条被丈夫藏在了某本书中，众人纷纷开始查阅图书馆中的藏书。柯南在回忆友寄夫人所言之后，顿悟了纸条被藏匿的方法，并推理出纸条所在的书籍。正当众人齐心协力想要从书中找出纸条时，图书馆突然停电陷入一片黑暗，柯南等人赶紧前往放置机关盒的展厅，却发现基德早已留下卡片逃之夭夭。
柯南所在的班里来了一位新老师名叫若狭留美，若狭老师想在体育课前用石灰画线，却发现石灰已经用完了。柯南告诉若狭老师旧仓库里可能有石灰，元太和光彦开玩笑说旧仓库有幽灵出没，若狭老师感到很害怕，便拜托少年侦探团一同前往旧仓库。在寻找石灰的过程中，柯南发现一扇通往地下的门，众人合力打开门后，却惊人地发现了一具骸骨……
利用步美找到的暗号解读表，柯南本以为能顺利解开暗号，不料却遇到了瓶颈。正当此时，若狭老师再次拜托少年侦探团前往旧仓库寻找石灰。来到旧仓库的众人发现仓库一片狼藉，在若狭老师不经意的提示下，柯南终于解开了暗号的含义，并推测犯人将再次来到旧仓库。为了避免打草惊蛇，柯南设计误导犯人，并在深夜与若狭老师等人再次来到旧仓库，柯南能否顺利将犯人一网打尽？