柯南等人来到一所盖有五重塔的乡间寺庙,因为这里要开发观光而导致寺方和观光公司产生了争执,次日,观光公司的社长小田英明被人发现尸体吊
在五重塔的尖端,就好像五重塔的传说一样,凡是破坏寺庙戒律,都会尝到恶果。在对尸体及其周围调查后,柯南找到了真正的案发现场。
就在警察找不到任何线索想要以自杀结案时,柯南把在案发第一现场找到的领带别针交给警方,这就推翻了自杀的说法,但想要抓到凶手,还需要找
到更加有决定性的证据。这时,柯南注意到了在案发现场发现的绳子,他突然想到什么,就跑到旁边的枯井,一切不出他所料,凶手就是那个人,他
再次将小五郎麻醉,揭秘流传至今的五重塔传说以及凶手!
在流水亭吃饭的时候,柯南再次遇到谋杀案件,死者是绳文大学的新井副教授,同行的两人金田和岩间表示他们是为了庆祝新井晋升才来流水亭,调
查后并没有发现可疑人物出现在新井遇害的八号房,而当时金田和岩间也都有不在场证明。但一切瞒不过柯南的眼睛,在查看了金田和岩间所在的三
号房和送饭用的船只后,找到了凶犯难以逃脱的铁证。