莫洛克人在之前的抵抗中，被肃清者打得伤亡惨重。克拉丽丝眼见同伴就快失血过多而死，而他们的地底组织也没有人懂医术，于是向尔格提议让她联系基地的人，把凯特琳带到这里，为同伴治疗。但尔格以前被普通人类欺骗多次，再也不愿相信人类，于是驳回了克拉丽丝的请求。然而，在同伴们的再三请求下，尔格假若再坚持下去，他们便会失去一个同伴，尔格无可奈何，同意了克拉丽丝的做法。
劳伦沉迷着芬利斯双子的魔音盒无法自拔，很快引起了里德的注意。他劝说劳伦，不要再听这个音乐，这里面的声音会让劳伦沉沦于黑暗的力量中。但劳伦实在控制不住自己，她感觉父亲不懂自己的感受，拥有力量是一件十分美妙的事，她可以利用这股力量，哪怕这股力量蕴藏着黑暗的一面。
安迪在福克斯三姐妹的怂恿下，试图通过梦境把劳伦拉入伙。劳伦知道芬利斯双子的强大力量，她和安迪缺一不可，她虽然沉迷力量，但也不愿就此沉沦，于是想通过失眠去逃避和安迪的梦中相见。但疲倦袭来，劳伦还是禁不住进入了梦乡。安迪在梦中，让福克斯三姐妹控制着思绪，不断说着拉拢劳伦的言辞。劳伦好不容易醒过来后，再被父亲刚才责备一番，在看着那铺天盖地的变种人被人类赶尽杀绝的消息，心态渐渐发生了改变。
洛娜正在和马可斯里应外合传递消息。核心圈刚加入的信任最近加紧了训练，洛娜也趁机加入训练，找机会套瑞瓦的秘密行动。洛娜在训练时，故意弄伤自己，随后找借口说处理伤口，从训练场溜进新人的房间，发现了瑞瓦最近的袭击目标。袭击目标全都是著名的建筑物，假若动武，一定造成十分惨重的伤亡。
劳伦感觉自己越来越不对劲，她独自出门，一方面想一个人冷静一下，另一方面前往和安迪约好的地点，考虑着加入核心圈。约翰利用异能追踪到劳伦的行踪，但此时传来了洛娜的消息。
洛娜把最近的一个袭击地点向马可斯通风报信，让马可斯和约翰、里德等人及时行动，阻止了一场战争惨剧的发生。劳伦就在里德他们附近，约翰看着里德的样子，认为他们父女好像有话说不清楚，才导致今天的状况。里德听后，也想通了，决定敞开心扉。他拉住劳伦，把自己小时候的事告诉劳伦。其实里德不是不懂劳伦的感受，他在小时候也差点遭受魔音盒的影响，但是他的父亲用故事劝住了里德，里德心里那份光明没有被黑暗吞噬。
安迪夜里，来到和劳伦约定的地方。但是劳伦没有出现。劳伦终究没有受安迪影响，安迪想念着家人，还有未来赴约的劳伦，陷入了沉思。
如今在人类组织中呼风唤雨的瑞恩，在四年前还是一个地方网络电台的小主持。他的投资多次失利，声名也每况愈下。就在这时，瑞瓦来到他身边，与瑞恩谈合作。瑞恩本想着不愿跟变种人合作，但他是个生意人，面对名利双收的诱惑，瑞恩只意思意思地考虑了一下，便答应了瑞瓦。
洛娜查到了麦克斯的行踪后通知马可斯，马可斯便来到麦克斯经常惠顾的便利店，待他出来时，偷袭麦克斯。马可斯原来只是想威胁他，没想到麦克斯却反杀了一下。马可斯情急之下，只得使出异能，在车内混战时，麦克斯命丧马可斯手下，马可斯也受了伤。
麦克斯彻夜未归，引起瑞瓦等人的怀疑。洛娜强作镇定，不能在瑞瓦面前暴露一点儿不自然的地方。福斯特三姐妹在瑞瓦的指示下，开始进行内部调查。麦克斯的失踪，不禁让他们怀疑，核心圈中出现了内鬼。
瑞瓦给了瑞恩一个新的任务，清理住在地下的莫洛克人。瑞恩知道莫洛克人一直处于中立地位，他也不便出手，瑞瓦看着瑞恩这个怂样，便给了他一个提议，可以让他的新傀儡“特纳”替他干这个脏活。
单纯的特纳很快便听了瑞恩的话，和“肃清者”团队的人一起闯入了莫洛克人的地盘。然而，尔格他们也不是吃素的主，在特纳等人刚闯入时，便开始准备着迎战。但有战火，就必定有伤亡，克拉丽丝加入莫洛克人后，原以为能安安稳稳地过日子，但自己不找别人麻烦，麻烦倒总是找上门来。她知道特纳一伙人的武力十分强大，不得已之下，只好求助约翰他们。
约翰和马可斯收到通知后，立即前往救援。特纳和尔格双方也开始了激烈的交火。克拉丽丝不想强行对抗，她知道，躲在地下的莫洛克人有很多都是像她这样希望过着与世无争日子的变种人，他们的对抗能力都不高，还大多都是老弱妇孺。约翰等人很快便前来接驾，克拉丽丝利用自己的异能，把同伴们运走。
特纳等人以肉身之躯迎击，很快便有人牺牲了。双方都杀红了眼，对抗越演越烈，幸好克拉丽丝在约翰的帮助下，越来越多的莫洛克人得以逃脱。特纳等人很快破门而入，直捣莫洛克人的大本营。尔格等人死守最后一道防线，待克拉丽丝运送着最后一批同伴后，尔格才离开。约翰原以为大功告成，迎接克拉丽丝，没想到，特纳突然从后狙击，克拉丽丝背对着特纳，面对着约翰，就这样中弹倒地。克拉丽丝打开的空间随即消失，只在约翰面前留下几滴克拉丽丝的血。
福斯特三姐妹查出了问题所在，是监控出了问题。核心圈的监控一直由莎吉操控，莎吉自称这系统有99%以上的防御力，如今出了问题，莎吉自然责无旁贷。找出问题所在后，瑞瓦和福斯特立即审问了莎吉，但莎吉除了否认，却没有任何证据证明监控不是被自己篡改的，瑞瓦再福斯特三姐妹面前，把莎吉就地正法。
安迪知道消息后，便找到洛娜，把这事告诉了她。洛娜知道真相，却不能在安迪面前表现一二，她害死了莎吉，愧疚得有点不知所措。
凯特琳和劳拉的行踪被发现后，便在路上亡命奔跑着。母女俩躲进了一栋废弃大楼里暂时避开警方的线眼。劳拉想了很多，终于忍不住开口问母亲，她是不是计算好了莫洛克人会被肃清者追捕的时间，才让她们母女俩从另一边逃脱。面对劳拉的侧面，凯特琳没有正面回答。她知道自己很自私，但她的自私也是为了能护女儿周全，对于劳拉的不理解，她也认了。
约翰看着克拉丽丝从自己眼前消失后，一蹶不振，战意全无。眼下肃清者一战未足，肯定回奋力回击，这绝不是能任意悲伤的时候。但马可斯作为约翰的好兄弟，看见他这副意志消沉的模样，恐怕也勉强不了，他只好把配合对抗的希望寄托在尚未能控制自己异能的里德身上。
里德的异能难以控制，虽然不能随意释放，但释放的时候他自己也控制不了。在与肃清者一战那会儿，他逃跑时不小心被抓住了，里德的异能只要他情绪激动便会随之而产生，里德控制不住便杀了人。
洛娜连累了莎吉，她十分内疚。这下也证明了瑞瓦并不是她想要追随的领袖。她残暴，还勾结肃清者的首领去铲除其他变种人势力，想借刀杀人，把核心圈变成变种人中唯一的组织。她的野心已经超出了洛娜原来加入核心圈的初衷，她后悔极了。洛娜想要逃离瑞瓦，于是她偷偷找到安迪商量，把瑞瓦暗地里干的脏事告诉了安迪。安迪听后有点难以置信，且安迪的内心如今逐渐被黑暗吞噬，他觉得他无法再待在父母身边，他这样黑暗的人，就该和瑞瓦这些邪恶份子在一起。
与此同时，劳拉和凯特琳的藏身点再次暴露了。约翰、马可斯也收到了警方传出的通讯语音，说发现了劳拉她们的踪迹。里德和马可斯立即前往凯特琳那儿，在马可斯使用了激将法，里德总算施展出异能，打碎了墙壁，把劳拉和凯特琳从废弃大楼中救出。
洛娜即将按照自己的计划，离开瑞瓦的基地。她放不下安迪，于是再次劝说。她和马可斯打电话时，也把电话给了安迪，让他和在马可斯旁边的里德好好谈一谈。父子俩很久没有谈话，安迪心情既激动又难过，他觉得自己干了很多坏事，想杀人，还十分嗜血，他没有脸回家见父母。里德身上也有家族的血脉，安迪经历的黑暗他又何尝未经历过，甚至，他现在也处于黑暗当中。当安迪称自己是杀人魔的时候，里德说，他不久前杀了一个人，如果安迪是的话，那么他也是。里德说出这话，不是为了让安迪继续杀人，而是希望安迪学会接受这份宿命，并控制自己的宿命，不要让这黑暗的命运把自己控制了。
安迪解开心结，流下了释怀的泪水。