1944年11月，日本投降前夕。在一艘从日本回上海的轮船上，有卧底拿到日本军官的钥匙，进入放有重要秘密信息的房间中。日本军官发现后，带人将其围堵，船上的电闸被破坏，给卧底提供逃跑的时间，但最终卧底还是牺牲了，他怀里的资料也被军官拿回。经调查，发现此人还有同伙，有一个女人经过了供电室，日本人就开始对船上的女人进行检查。花向雨独身一人站在船的甲板上，被日本军官注意到，遂前来问她是不是一个人上的船，日本陆军学院的军官陆风帮忙解了这名女子的围。
随后两人一起喝酒，陆风没喝过花向雨，醉酒被送回房间。花向雨则拿到了那名卧底用命换来的小型相机，资料虽被拿回，但他已经用这小型相机悉数拍下。轮船停靠上海一个小时后，陆风才醒来，柳教官见他迟迟不下来，于是上来接他。他们驱车去到上海郊外，陆风见到了闪官，闪官是抚养他长大的人，同时也是军统·幽灵负责人。这幽灵是直接听命于高层指挥的秘密组织，专门针对汪精卫组建的特工组，闪官表示，陆风的任务是继续在76号卧底，同时要想尽一切办法，打入特密组。
闪官是陆风唯一的上线，所有的任务都是由他直接下达，而陆风的资料也已经进入幽灵高级特工档案。闪官将一张照片交给陆风，照片上的人叫沈啸，是特密组的负责人，他为人谨慎，从不做没有把握的事。闪官认为，沈啸是这个行业里少有的顶尖高手。上海某个D场发生刺杀，陆风看到了枪手，他迅疾地扔出一个椅子，挡住了枪手的子弹。特工组的人追杀枪手，陆风转移他们的注意力，救下枪手。陆风将他带回住处，替他取下身上的子弹，他怎么也没想到，枪手是他曾经的好友霍飞。
日本·海机关特工松下千雄带陆风参加晚宴，他要给陆风引荐几个人。松下千雄引荐的这几个人，一个是特密组的沈啸沈处长，另一个是大通银行行长季云中。沈啸问了陆风几个尖锐的问题，陆风答得滴水不漏。随同季云中和松下千雄一起走来的女人，陆风很熟悉，她就是之前在船上，自己曾救过的女人花向雨，她的身份是季云中的秘书。延安·情报负责人，代号为华山，向代号为青衣的情报员发了指令。晚宴过后，陆风回到住处，霍飞已经离开。闪官打来电话，同陆风说了密语，陆风着手进行翻译。
花向雨将资料交给上线，她接到一个任务，和霍飞一起合作，捣毁韩天手中的法币模版。松下千雄将韩天介绍给陆风认识，并让陆风护送韩天去一个地方，然后再把他送回来。不久后，陆风接受汪伪政府76号组织的审查，出来没多久就被人抓走电击用刑。陆风意志十分坚定，并没有说出任何信息。
沈啸将今天的电击和用药简单地说成是特密组对陆风的测试，他认为陆风的忠诚度表现完美，就他个人而言，他希望陆风能够加入特密组。陆风没有当即给出答复，今天这出戏实在让他心存不满。韩天拿着装有模版的箱子，同松下千雄一起出现，陆风负责接送，没等韩天上车，花向雨就在顶楼开枪射杀，76号的人也往花向雨这边开枪。一阵枪林弹雨后，松下千雄为了拿到模版而被射杀，韩天也受了伤逃跑，陆风只听到松下千雄临死前，口中不停地喊着“火鹤”二字，霍飞骑摩托出现，火力压制拿走了箱子。
霍飞与花向雨配合默契，躲过了追踪，但他们打开箱子发现，箱子里装的并不是真的法币模版。76号特密组的人也没追到韩天，韩天拿出胸口的真正法币模板，上面有一个子弹坑，是这个法币模版救了他的命。松下千雄被送往医院救治，沈啸却下令封锁松下还活着的消息。借着要查出杀害松下千雄幕后凶手的由头，陆风加入了特密组，沈啸说一旦加入就没有回头路了。76号特密组对陆风进行一些记忆力的测试，陆风故意做错了一些题。即便如此，他还是顺利加入76号特密组，认识了特密组的诸多人。
加入特密组参加的第一个会议就是针对韩天的，韩天表面上中央银行的行长，其真正身份是军统上海站清道夫，行政院副院长邓蔷、秘书长刘景名、76号副处长申华、丽华银行行长孙志远都是被韩天暗杀。沈啸问松下千雄昏迷前有没有留下什么话，陆风撒谎说没有。陆风拿到密信，翻译后得知，松下千雄口中的“火鹤”是自己人。陆风去看霍飞，霍飞不方便透露他现在做的工作，即便他不说，陆风也知道，他的工作时常会有枪林弹雨、提心吊胆，至于陆风自己，他也只是简单地说自己在图书馆工作。
特密组特别行动队队长蓝冰告诉沈啸，目前没有找到韩天，沈啸认定韩天一定会想办法联系买家，他们必须要比韩天更有耐心，才能有收获。蓝冰的线人发现了韩天的踪迹，韩天很狡猾，蓝冰带着陆风等人前来，发现204房间门口被装上了手榴弹，只要破门而入，引信拔除就会发生爆炸。陆风化解了第一次危机，没想到线人的尸体上还有炸弹，陆风第一反应就是护住蓝冰，由于躲避及时，两人都没有受伤。韩天找上了季云中，半是威胁半是谈判，约好明天交易的时间地点，并谈好四分之法币的价格。
76号对季云中早已进行密切的监控，现下怀疑季云中就是买家，要对季云中及其身边的人进行监控调查，其中就包括花向雨。陆风认识花向雨，所以这次行动由陆风来。陆风和花向雨再次交锋，这一回醉的是她。陆风将她背回她的住处，并在电话里装上窃听器。陆风一走，花向雨就睁开了眼。
陆风偷偷跟着花向雨，替她解决掉一个背后黑手，随即开车带她离开。蓝冰看到陆风带花向雨离开，不明白他为什么要这么做。车上，花向雨让陆风帮忙带自己去一趟杭州，她必须把重要的东西在明早之前送去。陆风答应，但他给蓝冰电话汇报了此事。蓝冰没有反对，但她会向上级汇报此事，并且陆风要随时保持联系。到了杭州，陆风发现箱子里并没有法币模版，而是一些孩子们需要的东西，陆风致电特密组说没有模版。杭州下了雪，陆风和花向雨一同在雪中散步，照相师给他们拍了一张合照。
花向雨带他去吃东西，回来陆风就接到了所谓的家里打来的电话。蓝冰在电话里说，松下千雄醒了。花向雨将围巾还给陆风，目送他离开。回到上海，花向雨满心期待陆风的到来，可敲门的人是霍飞，他带来了他们俩的新任务，信上写着要干掉韩天，拿回模版。松下千雄虽然醒了，但还没脱离危险期，并且还不能说话，沈啸要求陆风用电码问松下千雄。看到松下千雄没反应，沈啸亲自进去，可一听火鹤，松下千雄突然激动，以至于需要医生来抢救。火鹤这个代号，让沈啸想起了十八年前的一次行动。
松下千雄是梅机关的高级特工，特密组没有搜查他家的权限，沈啸便让陆风出马，搜查松下千雄家的每一个角落。经过搜查，陆风发现了镂空的墙壁后面有一个箱子，他将箱子带回特密组交给沈啸。医生出去后，沈啸问他是不是把韩天藏了起来，松下千雄不说，沈啸就用松下千雄一家人的性命威胁他说出韩天位置和买家是谁。沈啸给足时间他考虑，只要松下千雄想清楚了，随时可以叫他。陆风被变相控制在特密组内，蓝冰问他杭州之行是否顺利，陆风知道她这是在套话，他说花向雨不过是夹带了一些药。
松下千雄将韩天可能的所在地说了出来，蓝冰立即带人去抓捕韩天。后来韩天杀了两人，被蓝冰持枪控制，不过韩天却很放肆，因为他知道特密组的上面要他们抓活着的自己。蓝冰直接向他的腿开了一枪，命人将他押回去。韩天虽没有自杀成功，但却有人在南天楼里开枪，直接让韩天一枪毙命，陆风在蓝冰的示意下找出了抢手位置，可另一边还有抢手，他们火力交叉，顿时让特密组的人死伤不少。幸有陆风的帮忙，蓝冰才没被抢手杀死。而两边楼上的抢手，一个是霍飞，另一个则是花向雨。
陆风前去追，看到了花向雨的脸，他到底还是没有开枪。再次搜寻韩天的住处，陆风发现了其中一块模版。他和蓝冰将模板带回，沈啸把模版放到密室中，并且重新拿出当年火凤凰计划的调查报告查看，报告上显示，当初参与火凤凰计划的三位高级特工都死了。