芦焱重伤不治，治疗他的医生说只能保证屠先生问起话来他还能喘气。时光告诉门栓他将芦焱钉进了箱子里，为了给他这条腿报仇。门栓说时光该记恨的不该是芦焱而该是他。时光问起了藏在心底多时的疑问，他问门栓只打伤他的腿而不打死他是不是为了让他养好伤去打日本人。门栓说还想拿活时光换回活青山，还有他们是朋友。门栓和青山一直在帮他，帮他认清抗战统一的必要性。时光打心底抗拒他的这番大义凛然的陈词滥调，门栓气息奄奄地重复着：“时光，我们是朋友。”
探望了门栓，时光来到关押九宫的刑房。天天砍人的人是最害怕挨打的人，九宫被上了刑，痛得大叫。九宫说他是在中国长大的日本孩子，连母语都说不利落的可怜虫。他边忍着痛，边大喊着：时光，我羡慕你啊。没能忍过多少刑法，九宫格便招了所有的事。时光心里明白，并非九宫不汉子，而是夹在日本人与他们中间，九宫早就不想抗了。在一年前阿部堪治便与若水达成密议，利用共产党的种子挑起若水和天目山的冲突让他们矛盾激化，等屠先生的势力将若水的势力吃掉以为他们实力耗尽，趁屠先生掉以轻心之时一锅端掉他的势力。九宫死死求饶，时光却不念旧情。他反嘴说他恨他们，时光一枪结果了他的命。
屠先生的手下将门栓和芦焱带到他的面前。他俩唱着双簧明里暗里讽刺屠先生，屠先生却不动一点声色。门栓救了屠先生的命，于是他为门栓准备了专门为青山和若水的枪，装的是他亲自铸造的子弹。不管怎样，门栓是必须要死的，他觉得这对于门栓来说是一种福利。门栓不畏生死，只嘶哑着嗓子问：“先生，你把我们杀光之后会去杀日本人吗？”屠先生犹疑不决，避重就轻地说：“我会去杀你想杀的人，去死吧。”随即开枪，门栓应声而倒。而对于芦焱，屠先生并不打算让他死，他决定就此放了芦焱，让芦焱因为逮捕令停滞了整整十四年的生活重新开始流动，做回一个普普通通的人。他也回应了昨晚芦焱的要求——一个箱子兀地打开，芦淼的尸体萎顿倒地。芦焱忍着泪水，告诫自己不要哭，不要让别人看他笑话。芦焱与屠先生像两个熟识的人拉家常一般谈论着芦淼，他静静站起身，突然朝屠先生扑去。时光利落的身形拦在时光面前，一拳打得芦焱大吐苦水，他警告时光不要再向前走一步。芦焱笑了笑，将青山留给他的毒药交给了屠先生，他实在太该死了，所以芦焱真诚地祝他早日赴死。屠先生下令割掉芦焱的耳朵然后放他走，时光心有不忍然而终究没有说什么。
屠先生放走芦焱只不过是想与若水做一笔交易。芦焱被套住头袋仍在树林里，若水只带着一辆车一个司机便光明正大、毫无遮掩地出现了。他想拿自己的命换儿子的命。
若水看出他的司机打算卖主求荣，使了个小计先下手为强将他杀了。自此，若水身边最后一个手下也不在了，真真正正地变成了众叛亲离。他只剩一个儿子了，他决心要救下他的小儿子。芦焱知道屠先生放他走就是为了引若水上钩，救子心切的若水明知山有虎，偏向虎山行。芦焱劝父亲快走，若水说自己有最后的绝招。他大步走出几步，朝屠先生所在的方位跪了下去，重重磕了几个响头，他大声说自己彻底服输，甘愿认汉奸罪名换儿子一条命。屠先生听到手下的汇报，打算做成这笔命换命的交易。若水舍弃了他的命、他的名、他一辈子还有他的骄傲，只为了换他儿子的命，依他的性子这不会是阴谋。他吩咐手下等若水死了便给重庆呈文：若水通日，转而亲共，我方星夜追捕，被时光击毙于红白交界的两棵树。
时光端坐在后排车椅上，他旁边九宫静静地坐着，不像是死去倒像是睡着了。跟随他的两个人，门栓和九宫，如今都死了。他对九宫只有同情没有友情，对门栓只有友情没有同情。他同情连母语都说不利索的九宫为了给所谓的天皇效命而混沌的一生。他对再也不能听到的九宫说，去杀了阿部堪治吧，有志气点。车行驶到阿部堪治军部的门口，时光将九宫的尸体推了下去，随即绝尘而去。阿部堪治的手下将九宫的尸体拖走，还在车中的九宫默默倒数着，倏地按下按钮，九宫的尸体爆炸了，炸死了阿部堪治。
若水父子两相扶持着预备向西北徒步而行，屠先生下令放任若水将他的儿子送到两棵树。芦焱为父亲捡劈柴之时，遇上了时光。时光自杀了青山和小家之后，了无牵挂，对事情看得越发地清醒。他告诉芦焱，他会在若水过了黄河便对他动手。经过这一系列的变故，时光的心已经悄然发生了变化，他开始追问自己活着的意义，追问芦焱为什么能一直坚持着活下去。芦焱说自己有朋友有家人，牵挂的人便是他活下去的动力。时光跟他不一样，他帮不了时光。芦焱背起柴火转身就走。时光举起枪，叱喝一声：“站住！”芦焱顿了顿，仍然踉踉跄跄地走了。
来到西北，若水感慨好生荒凉，好生寂寞。他怕的就是荒凉，就是寂寞。前面就是黄河，若水也知道时光对芦焱说的话，但他仍然执意要渡黄河。时光与双车尾随而来，双车煞有介事地跪下来，朝前拜了拜。时光讶异地问他这是做什么，双车说黄河是中华之河、妈妈河，不管是长江还是黄河都是一样的，该拜一拜。时光忽然从双车身上明白了一个道理：长江黄河其实都一样的，就像很多生离死别对于每一个中国人来说都是一样的。时光也跪了下来，向黄河拜了三拜。
若水父子来到两棵树，时光却独自待在教堂。他对自己的人生产生了怀疑，他不怕与屠先生作战，他知道，屠先生也知道。只是一旦失去屠先生他将一无所有。他不知道为什么要活着，也不知道为什么要死。手下向他汇报若水已过了黄河，他却不为所动，他将手枪抵在了自己的脑袋上。
芦焱语无伦次地让双车放了他父亲，杀了他。若水给双车使了个颜色，说要求用屠先生迫切想知道的大把秘密换他只囚不杀的承诺，双车答应上报屠先生。芦焱以为父亲真给自己留了后手，傻呵呵地笑。时光的手下突然说时光不见了，若水大笑屠先生的太子爷出岔子了。刚出关的芦焱突然明白若水不是有后路，而是希望儿子踏踏实实地上路。
若水连声催促儿子快走，好好活下去。芦焱正依依不舍地准备离开，天目山的人说屠先生来电：在场职务最高者击杀若水，火速寻找时光。芦焱果断又转了回来，若水劝儿子好好活着，做一个好人。人没了阴谋的时候，才会记得起他最初的理想：少年的中国没有学校。嘭地一声，芦焱眼睁睁地看着自己的父亲倒在双车的枪下，他默默接上父亲没说完的话：他的学校是山川和大地。而后芦焱转身离开，面向着黄河无声痛哭。双车找不到时光的踪迹，看着自己空空的手心，念叨：时光只会流逝，人怎可能找得到时光呢？
时光正式向屠先生开战，打一场属于自己的战争，他再也不会回到屠先生的身边，一直战到他最后一口气。为了青山，时光骑着马找到芦焱，决心载他一程。他很羡慕芦焱，一直都知道自己想要去往什么地方，从未改变，而他并不知道自己要去哪。芦焱信了他的说辞，说从前想去延安，但现在不想去了，他想去一棵树，把一棵树变成延安，再把两棵树变成延安。如果还有三棵树，四棵树，五棵树，他都要把它们都变成延安。为了自己存在的意义，也为了为他父亲的救赎。时光骑上马，朝芦焱伸出了手。芦焱抓住那只朝自己伸过来的手，两人一马同行来到了一棵树。芦焱的生活刚刚开始了，时光的人生也正式开始了。他听从芦焱的话，不寻死，不赌气，去找寻自己想要的东西。
与时光分道扬镳之后，芦焱回到睽违已久的一棵树，朝空旷无人的空地大喊：“野豆子，花机关，你们出来，老子一个打你们三个！快出来，再不出来，老子一个打你们三个！”然而无人应声，芦焱昏倒在地上。一棵树的乡亲们发现了芦焱围了上来，叫着他昔日的化名何思齐何先生。他们又打起赌来，赌芦焱这次是不是死了。芦焱缓缓睁开眼睛，听着他们争执吵闹的声音。一切还如当初一样，真好。
半年后，芦焱收到了来自延安的邮包。大家争着抢着拆开芦焱的包裹，便是当日芦焱托卞融寄过来的教科书。一日，芦焱独自站在荒凉的草原上，身着朴素的卞融出现在他的面前。他轻声说：“你来了。”卞融轻声回答：“我来了。”一棵树通了邮件，但沦陷区和国统区没有通邮件，她是亲自将书背到了延安，然后寄到一棵树。除了书，还有她自己，还有药。
卞融在芦焱的身边席地而坐，听他唠叨着一棵树的琐事，什么野豆子能背整篇课文了，什么花儿背着百岁牌位又出嫁了。卞融轻轻笑道：“别再唠叨了。”芦焱拥着卞融，回答：“不再唠叨。”
南京街头，车水马龙。一个衣衫褴褛的妇人对施舍的路人连声道谢，时光对着自己手中的照片，模样颇有几分相像。时光缓步走过去，询问她是不是有个女儿姓薛。妇人说是。而后时光问她的女儿叫什么，妇人轻声说：“杜鹃。”时光轻声重复着小家最初的名字，泣不成声。小家离开了，她给时光留下了如此贵重的酬劳：一个妈妈，一个家。时光朝妇人连磕几个头，哽咽：妈妈，我是杜鹃的男人。跟我回家，儿子来看你了。
夕阳无限好，人们终将又要迎来另一个崭新的日出。好家伙们又要继续出发。