本来小宝想乘机轻薄阿珂，阿珂不从只好放她下山，但他发誓一定要娶她为妻。 克爽不知阿珂已下山，带同蒙古王子葛尔丹和巴颜上少林寺救阿珂，而小宝以他的聪明才智，令克爽等人知难而退。圣旨到，原来康熙命令小宝上清凉寺当主持，实则是保护顺治。 五台山的清凉寺被数千名喇嘛包围，目的是活捉行痴大师(顺治帝)，小宝只好施行金蝉脱壳之计，假扮喇嘛带行痴等人逃离清凉寺，半途遇上微服出行的康熙。

顺治经不起康熙的苦苦哀求，父子终于相认，而顺治亦将四十二章经的秘密告诉康熙，叮嘱他要做个好皇帝。 康熙在殿内参拜时，九难来刺杀他，幸得小宝舍命相救，被九难劫走。小宝为了脱身，再次利用刺杀鳌拜之事说服九难。适逢每年三月都是明崇祯的死忌，于是九难便带小宝去京城，上煤山拜祭崇祯。 康熙为半个月都未能找到小宝下落，怒责明珠、索额图等四人，更设定时限要他们办到。建宁无意中知道小宝出事，逼索额图等详细讲出，更向康熙透露自己喜欢小宝，要他尽法救小宝。

入皇宫，九难逼太后说出四十二章经的秘密，二人更大打出手，九难将太后的化骨绵掌转移到她身上，太后为了自救，说出她是明代后人毛东珠，真太后被她软禁。 九难发现四十二章经的封面内藏有细小羊皮，必须集齐八本才能并出完整地图。 九难带小宝来到崇祯陵墓，再遇阿珂，九难知阿珂不喜欢小宝，故意处处维护小宝，令阿珂非常生气。 双儿四处寻找小宝不获，而小宝得知九难是阿珂的师父，对她照顾周到，深得九难喜爱。