善妒的皇后对于乾隆长期以来的风流韵事早有不满，此回乾隆居然平白无故冒出了个来自民间的女儿，又被令妃所照料着，更是使她心有芥蒂，强烈排斥着小燕子。但乾隆的整颗心早己沈溺在当年和夏雨荷间山盟海誓的往事中，因此即使小燕子在对质的过程中有许多叙述不清的地方，乾隆仍旧认定了小燕子就是他失散多年的女儿。再加上由小燕子口中得知夏雨荷已过世的消息，更令他想藉着这个时机，好好的补偿小燕子多年来所欠缺父爱。 在大臣纪晓岚的建议下，小燕子以义女的名义，被乾隆封为“还珠格格”，并准备在祭天大典时，召告天下世人。紫薇于祭天大典时发觉小燕子竟成了格格，这使她惊讶不已，直觉认定小燕子背叛了自己，因而在街上情绪失控的大吼，却换来了官兵们的一阵毒打。 尔康发觉事有蹊跷，将紫薇带回家中疗养，加上紫薇对于夏雨荷之事的详尽叙述，使得众人对于小燕子的身份，开始起了怀疑。

小燕子为求能见紫薇一面，居然将自己化妆成了小太监，并打算趁深夜里偷溜出宫，但皇宫禁备深严，岂会让她如此轻易地就离开。乾隆得知此事后，虽然原谅了小燕子，却也坚定了乾隆要好好教导小燕子礼数的决心。 紫薇得知了小燕子伪装出宫欲见自已之事而感动不已。在尔康及尔泰的建议下，众人决议将事实告知永琪，透过永琪的里应外合，尽快让紫薇及小燕子见面，好让事情及早水落石出。 小燕子在永琪和尔泰的面前，竟然没推托的便将事实全招了，而当她得知紫薇如今在福家之时，更是雀跃不已，不分由说的就要立即去见紫薇。 永琪适时向小燕子分析了事情的严重性，小燕子这才知道自己犯下了欺君大罪。此时，正巧皇后来探，小燕子不慎冒犯皇后，而被容嬷嬷打了一耳光。永琪见情势危急，急忙请出了乾隆。

小燕子和皇后间的风波在乾隆的出面后终告平息，但皇后对小燕子的敌意却是更加的浓厚了。小燕子漏夜写了封信托永琪带给紫薇，原来大字不识几个的小燕子托人带来的是画不是信，正当众人猜不透小燕子画中之意时，紫薇竟将小燕子的画用诗表达出来，令众人对紫薇的才情佩服不已，尤其是尔康。 紫薇从画中得知小燕子乃是身受重伤才得以入宫，又知道乾隆仍未忘了自己的母亲。在深思之下，紫薇决定放弃认亲之事，将此秘密永藏心中。正当紫薇打算离开的同时，尔康为留住紫薇，忍不住地向紫薇告白了，尔康此举令紫薇震慑不已，居然点头答应留下，也不再掩藏彼此之间早已滋长的情愫。 乾隆为调教小燕子，命令小燕子和众阿哥等人一同上课，幸得永琪和尔泰的帮忙，才让小燕子安然渡过此难关，也为平静的课堂带来了笑声及活力。 不料，皇后此时却降低姿态向乾隆示好，终于由乾隆口中取得了教养小燕子的权力。