藤丸给大家发短信，利用藏头文告诉大家，宝生才是那个叛徒。而他们一行人，也被玛雅给带到了一个没有人烟的仓库附近。宝生做出将玛雅拷住的假象，其实并没有锁上。藤丸虽然用枪对准了宝生，但却怎么也下不了手开枪。宝生开枪射中了加纳，而另一把枪则落入了重获自由的玛雅手上。而藤丸不但手上没有了枪，反而为人所制，还被抢走了USB。并被迫向THIRD-i本部放出了“加纳是叛徒”的假消息。之后她还开枪击倒了藤丸。

THIRD-i本部接到藤丸发出的消息，立刻信以为真，放松了对宝生注意。而宝生就趁机返回本部，入侵了地下室并留下了病毒。她试图利用地下室的空调设备，将病毒通过换气传播进整个THIRD-i本部。

而THIRD-i本部的监视人员终于发现情况不对。雾岛的未婚妻沙织为了确认情况而跑去了地下室。虽然及时地阻止了病毒通过空调在本部扩散的危险，但沙织却被感染上了病毒。雾岛为此而受到了极大的冲击。

而藤丸，则在玛雅的诱导下，见到了病毒恐怖分子的主脑人物，“J”。

为了阻止魔弹之射手制定的日本再启动计划，折原玛雅不惜牺牲了自己的生命，临死之前，玛雅说出了一个很大的秘密，她把“第三个皇帝”的真实身份告诉了藤丸和音弥，它就是破坏力最强、最恶毒的氢弹，通称“沙皇炸弹”，一旦这颗炸弹在东京引爆，那么后果实在不堪设想。藤丸和音弥很清楚，他们无论如何也要调查出结果，不仅仅为了死去的玛雅，也为了拯救很多人的生命。经过调查他们发现，一个叫做“教授”的男人掌握了“沙皇炸弹”，以及联络魔弹之射手的关键钥匙，他们按照玛雅留下的线索来到横滨一家店，向一位看起来像店主的男人请教，问他是否认识一个叫教授的人。一番调查询问之后，藤丸和音弥终于来到了教授的住处，他们利用教授家的电脑终于查出了“沙皇炸弹”的所在位置，藤丸马上联络加纳，告知他所查到的结果，于是THIRD-i的成员们火速赶往现场，确认集装箱中的东西究竟是不是“沙皇炸弹”。

中了藤丸设置的圈套的间谍，其实就是THIRD-i的情报分析官泽北，他在被雾岛等人逮捕之后坦白说自己也是不得己，因为他的儿子陵太被魔弹之射手抓去做人质，因此他不得不帮对方做事。听了这冲击性的事实，在场的所有人都哑口无言，只有藤丸在操作电脑，他找到一个“动画网站”，这个网站播放的是陵太正在无忧无虑玩耍的录像，但是配合他的动作，一只来福枪正装置在一旁，一旦点击数量超过一定数额，这个装置就能让来福枪射击。另一方面，独自一人寻找教授的线索的音弥接到响的电话，响告诉他，教授想要见见音弥，希望他一个人去，音弥马上就下定了决心。设置来福枪瞄准陵太的那个网站，有很多感兴趣的人不断点击访问，时间一分一秒过去，越来越接近限制时间，藤丸终于无法忍受怒气爆发了，他决定要再次抓住“Hornet”。