“魔弹之射手”竟然抓了THIRD-i情报分析官泽北的儿子陵太做人质，借此要挟泽北做内奸为他提供情报，而且他还拿陵太在网上玩“杀人游戏”，藤丸对他没人性的做法十分愤怒，经过努力搜索，他终于找到了藏人质的地点，成功地安全救出了陵太。 不过和陵太被一起救出的少年却让藤丸觉得有些不对劲，藤丸和秋原决定让两位少年单独谈话，试着寻找线索，结果新的事实让藤丸大吃一惊，原来这名少年就是他费劲千辛万苦要寻找的“Hornet”。藤丸调查Hornet的笔记本电脑后掌握了一定证据，而这些事实让Hornet有些动摇。另一方面，音弥赶到教授和响等他的地方，没想到等待他们的却是“魔弹之射手”的狙击，而且他还负了伤。被音弥拼命救下来的教授在事后说出了“日本再启动计划”的全部内容，另外，突然倒下的J竟然一直没能恢复意识。

THIRD-i终于找到Hornet，而且藤丸的一些证据让他内心动摇，最终他说出了真正的幕后黑手，操纵一切的人其实就是蜘蛛，面对这个夺走了葵的生命，不知多少次把自己逼到穷途末路的蜘蛛，藤丸难掩心中的愤恨之情。这次魔弹之射手又从电视台的播出系统上下手，促使年轻人联合起来对九条总理进行体制批判，这样他也终于启动了“日本再启动计划”，让日本为恐怖核弹头疼，而且蜘蛛还侵入了THIRD-i的主系统，直接攻击THIRD-i本部。就在此时，和响一起离开THIRD-i的藤丸竟然接到了蜘蛛的来电，对方充满挑衅意味地告诉藤丸和他一起玩，藤丸怎么可能接受这样的对待，他立刻开始侦查蜘蛛的所在地，最终锁定了敌人蜘蛛电脑终端的所在位置，但是此时对方早已打开了荣誉之门。藤丸从监控录像上看到了南海，南海也打算潜入调查，没想到差点被仓野医生杀死，原来她就是蜘蛛，可是当藤丸赶到时，仓野却指证南海才是蜘蛛，还请求藤丸救自己。

蜘蛛的身份终于得到证实，仓野医生才是蜘蛛，当她拿着手枪指向藤丸，再一次说出“我们一起玩”这句话时，藤丸不禁愕然，而且对方还说一直都在看着他，让藤丸觉得很不舒服，当蜘蛛离开现场之后，南海为了让藤丸不要管自己，抓紧时间去阻止核弹爆炸，抓住蜘蛛，不惜拿枪指着自己的脑袋。对于自己和蜘蛛到底是什么关系，藤丸怎么也回想不起来，只觉得特别苦恼，但是他知道了蜘蛛的真正目的是使用设备的告诉增殖炉让核弹爆炸，藤丸想解开密码阻止程序，但是他做不到，所以他准备直接去追蜘蛛，加纳、雾岛等THIRD-i的成员随后也陆续赶去了。就在此时，秋原终于查到了蜘蛛的过去，并且把这个事实通知给藤丸，得知自己和蜘蛛的关系之后，藤丸简直无法相信这是事实，不过他最终还是下定决心来到蜘蛛等他的房间里。关系到日本命运的一战终于来了，藤丸要去改变自己和国家的命运。