同学们撤往后山，却没想到日军的飞机这次径直飞向学校。毕云霄大喊让同学们快跑，程嘉树想起仪器还在实验室，立刻跑了回去，毕云霄和林真跟在他身后。三人迅速把仪器收好，跑进学校的应急防空洞躲避。丁小五的姑父是日本间谍，他混入西南联大后，特地在实验室的周围放了镜片，方便日军锁定实验室进行轰炸。等轰炸次数减少，三人撤离防空洞，程嘉树返回宿舍拿林华珺送给自己的洋葱，但被困在宿舍里。宿舍被轰炸起了火，门被锁块扣住，文颉听到程嘉树的求救声，但他竟见死不救。
这次轰炸，有许许多多的学生受伤，双喜询问毕云霄，得知程嘉树返回宿舍拿那盆洋葱。另一个刚从学校跑出来的同学说，学校被炸，宿舍也都被炸烂了。双喜和毕云霄立刻赶回学校宿舍，在千钧一刻之际救出了程嘉树。文颉在走之前，告诉程嘉树说林华珺在南屏大剧院等他，因而他被救出后，往南屏大剧院的方向跑。林华珺在街上，亲眼目睹一对夫妻为了保护孩子，死于日军的轰炸之下，程嘉树赶至，护着林华珺和那个孩子趴下。轰炸后，剩下一堆受伤的人在舔舐伤口，承受失去亲人的痛苦。
梅贻琦从郑天挺口中得知有少部分学生受伤，书籍损毁千余件，实验室全部被炸毁。他安排郑天挺一些事宜后，大药房的缪兰英女士带了一些白药过来，希望能尽绵薄之力。程嘉树不见人影，毕云霄说他被救出宿舍后，去南屏大剧院找林华珺了，现在两人都不见踪影，不知是否还活着。梅贻琦担忧不已，立即让学生们去找人。此时的程嘉树和林华珺，以及那个刚失去双亲的孩子小葵被困在废墟之下，程嘉树奋力挖出了一个口子，久违的阳光透进来，林华珺看到那盆程嘉树拼死保护的洋葱，顿时泪流满面。
阿美听到了程嘉树的求救声，立刻让大家都过来救人。一旁的文颉，也装模作样地救人。废墟下，程嘉树明白了很多事，因此他不再选择逃避，勇敢地向林华珺表白。他要照顾她一辈子，做一个有用的人。林华珺觉得程嘉树真的变了，她答应和程嘉树在一起，也决定回到学校继续学习。罗恒决定上战场的前线，叶润青提醒他，他完全可以留下来当教官，不要那么快献出他年轻的生命。当初叶润名说要去延安，那时的润青不理解他，如果能再给她一次机会，他一定会全力支持哥哥，如今对罗恒，她也一样。
程嘉树和林华珺被救出，住进医院，双喜先来看他们，接着是裴远之。林华珺询问她是否可以回来复课，裴远之说可以。这次校舍的修复工作，郑天挺拿到了富滇银行的资金支持，他要赶回学校告诉校长这个好消息。罗恒留下一封信，不作告别就奔赴了沙场，叶润青看着信，泪流满面。林华珺要留下几天，程嘉树特地让双喜做一些好菜，但由于物价上涨，双喜也巧妇难为无米之炊。
程嘉树告诉双喜，他们可以自己在联大的空地上种菜。梅贻琦意外得知龙主席的女儿考西南联大落榜，郑天挺回绝了龙云主席的秘书，梅贻琦认为这样的回复欠妥，因而主动上门给龙主席赔不是。梅贻琦不是以西南联大校长的身份去见龙云，而是以一个父亲的身份去见他，因为他也同病相怜，女儿差几分没考上西南联大附中。梅贻琦还说可以找西南联大的老师给龙主席的女儿进行补课，此番处理十分稳妥，龙云消气。
在梅贻琦的邀请下，龙云答应去参加西南联大两周年校庆，有人上报，联大礼堂电线被剪，演出无法进行，有人在混乱中高喊“打倒GCD”的口号。现在三青团和群社互相指认，纷纷表示是对方干的，梅贻琦特地把祝修远和裴远之叫来，裴远之说了一番话，祝修远觉得他说得对。后来祝修远去找周宏章，听到文颉和周宏章的对话，顿时知晓是文颉剪了礼堂电线。他指责文颉，周宏章却维护文颉，祝修远失望，放了卷宗后离开。
周宏章任命文颉为本地区的三青团负责人，文颉利用卑鄙手段如愿爬上了他想要的位置。裴远之和方悦容将近期发生的事告诉郭铁林，郭铁林认为三青团不过是国民党反动派一线打手，他们要唤醒民众的力量，让国民党的狼子野心暴露于天下，同时还要隐藏精干，稳扎稳打地同对方斗争下去。多难兴邦，程嘉树对林华珺说，每一个历经磨难的民族都将会变得强大，林华珺亦认为，经历风雨，才能看见最美的晚霞。
升官的文颉很高兴，他去找阿美喝酒，还给阿美送了一把小提琴。文颉酒后乱性，对醉倒的阿美下手，两人发生了关系。第二天林华珺要回玉溪做工作交接，归来时间不定，程嘉树舍不得。阿美跑来，哭着告诉他们说以后她不能再和他们一起学习了，说完她哭着跑掉，林华珺和程嘉树均不知是什么原因。抗战时期，昆明的物价飞涨，教职工们的工资不够补贴家用，学生们也总是吃不饱饭。梅贻琦决定向教育部打报告，同时校内可以成立一个服务社，收入可以补贴到生活中。
潘光旦夫人赵瑞云做绣花售卖，补贴家用，她告诉梅贻琦夫人韩咏华，赵忠尧带学生去购买做肥皂的原料，和同学们一起制作肥皂，卖给工厂补贴生活。闻一多没要学校发的津贴，他自己刻章，送给了华罗庚一个。文颉给闻一多送来请帖，邀请他明天去参加自己和阿美的婚宴，闻一多看他西装革履，还开了车，闻一多不予理会文颉递来的请帖，夫人高孝贞连忙打圆场。林华珺从玉溪给大家寄了一些蔬菜种子，双喜分了一些给同学们，大家在学校空地上播种，不久后他们就可以自给自足了。
文颉的车风风光光地开进学校，程嘉树从同学口中得知文颉快要结婚了，而他结婚的对象是沙玛阿美。程嘉树跑去问阿美为什么要嫁给文颉，没想到文颉说他和阿美有孩子了。
抗战时期，梅贻琦夫人韩咏华带着袁复礼夫人廖家珊、潘光旦夫人赵瑞云一起去街上卖米糕，她把米糕起名为定胜糕，大家争相购买。云南白药的缪兰英女士得知后，特地去找校长梅贻琦谈捐助校舍重建资金一事。看到韩咏华的脚磨破了，梅贻琦很心疼，韩咏华不以为意，继续做定胜糕去了。明天就是婚礼，穿上婚服的阿美一点也不开心。裴远之来看阿美，给她带来林华珺写给她的一封信，同时也给文颉带来闻一多送他的礼物和几句话，意在提醒文颉不要忘本，勿忘初心。
阿美看完了林华珺写的信，她和文颉商量继续读书的事，但文颉以她怀了孕为由拒绝。程嘉树写信记录这段时间物价飞涨，教授们以各种方式克服困难的事迹，虽然这些信叶润名永远不会看到，但程嘉树已形成习惯。郭铁林提醒裴远之，国民党的溶共、限共、反G行为越发变本加厉，必须小心应对。另一边，周宏章让文颉绝不能掉以轻心，文颉按照他的要求写下联大内部GCD员名单，其中就有程嘉树的名字，周宏章虽然对程嘉树没印象，但他也知道程嘉树还不是群社骨干分子，但文颉却说他加入GCG是迟早的事。
军事委员给龙云发来一份GCD员名单，龙云十分不认同在学校内部搞政治斗争的行为，因而他让人复电说遵照，但并未采取任何行动，反而是让出他的一栋房子租给教授们，还设立奖学金，保障学子们的学习和生活。时间很快过去，西南联大迎来毕业典礼，毕云霄、李丞林和胡宗祥等人都毕业了，双喜特地做了菜，程嘉树和双喜一起庆祝他毕业。毕云霄的计划是上前线，时间很紧，过两天他就要启程。他作为过来人，教诲程嘉树一定要跟着赵忠尧教授学习，只有科学才能救中国。
毕云霄临行前去见了一面叶润青，给她讲自己的计划，等打完仗，他打算去延安。至于叶润青，她想留在这里。毕云霄建议她回到联大，把没读完的书读完，他正要掏出一样东西。罗恒牺牲的消息传来，叶润青拿到了他生前留给自己的遗物。她看着罗恒的遗信，忍不住泪流满面。毕云霄也不好再当面把鲜花饼给她，直接放在屋外后就走了。毕云霄此番上前线，危险重重，但正如那句话，风云际会壮士飞，誓死报国生不换。国家危难存亡之际，毕云霄这样的热血男儿不会置身事外。
程嘉树收到了林华珺写来的信，林华珺终于把玉溪那边的工作全部交接完毕，不日即将返回联大。程嘉树去高兴地去迎接她，林华珺问起其他人的去向。程嘉树说，毕云霄毕业后就上了前线，一刻也等不了，穆旦留校任教，负责新生入学等系列工作，其他的人则去了重庆，在南开中学任教。总之，走的走，留下来的人不多了。