特务对学生们肆意殴打，林华珺被打中头部，倒在地上，被特务的人拖走。郭铁林和裴远之看到了程嘉树留下的信和入党申请书，而程嘉树不听安排，擅自回联大。这场暴虐被称为一二一惨案，致使四位学生失去生命。程嘉树在四位烈士的祭奠仪式上向四位老师问好，闻一多对国民党反动派的行径感到愤怒不已，没想到国民党反动派的关麟征带人过来，虚情假意地说要进灵堂吊唁，还带来棺木和一些钱。学生们一致反对他们进去，怒喊让他们滚出联大的校园，关麟征灰溜溜夹着尾巴被轰出来。
林华珺被关到警备司，她对文颉这种走狗没有好态度。文颉得知程嘉树回了联大，但因为下午闹出了四条人命，就连关麟征都被轰了出来，现在没人能进入联大校园。双喜把纸条交给嘉树，告诉他林华珺找不着了。程嘉树一看纸条，得知林华珺被关在警备司令部，他冲动地想赶去救林华珺，结果在警备司令部外被人打晕带回。程嘉树醒来，郭铁林严肃告诉他，党组织不会接受一个不听命令的人，他让程嘉树相信党组织，他们一定会把林华珺救出。周宏章没能见到程嘉树，对文颉发了好一通大火。
文颉去监狱，欲挑拨她和程嘉树之间的关系，反被林华珺讽刺。文颉怒不可遏，打了林华珺一巴掌。润青以救济总署国际航空运输公司董事长的秘书身份去见周宏章，言辞凿凿，是提醒，也是威胁。文颉拿林华珺没办法，竟要对她用刑。关键时刻，周宏章的人前来阻止并让文颉放了林华珺。润青接上林华珺，带她去了医院治疗。裴远之和郭铁林回来告诉程嘉树，林华珺安然无恙，现在人在医院，但程嘉树还不能去见她，因为警备司令部的人在盯着林华珺，而组织上准备将他和林华珺送去延安。
街上有很多的学生游行，喊着争取和平、反对内战的口号，润青告诉华珺，学校这几天举行了大规模的宣讲，控诉国民党的暴行，同时还宣布停课七天，以示反抗。叶润青现在对金玉其外败絮其中的国民党，已经心灰意冷。雷正告诉华珺，组织会将她和程嘉树带离昆明。林华珺有诸多不舍，叮嘱阿美和双喜一定要完成学业。文颉的人盯着华珺，看到她上了一辆黄包车，往城外的方向去，文颉让手下准备收网。此时，一辆汽车出现，文颉以为车上的人是程嘉树，立即带人对其进行追杀。
追赶中，那辆车被文颉的人逼落悬崖的江中，生死不明。文颉上报周宏章，并保证会继续追查，至于报告就写程嘉树已经被处决。沙玛阿美登报发声明，宣布与文颉离婚。双喜拿着一把剪刀要去找文颉报仇，被润青喝止，她说现在最难受的人应该是华珺。随后润青就带走了双喜，让华珺一个人静静。
所有人都以为程嘉树死了，林华珺在难过之际，收到了一枚自窗口投掷而入的戒指，她知道程嘉树如今是安全的。在行动前一晚，郭铁林告诉华珺新的行动方案。而华珺必须留下，并且需要按照原计划在规定的地方等候。林华珺表示会全力配合，让警备司的人相信那辆车上坐的是程嘉树。一儿一昆明惨案的真相，迅速传遍全国，重庆、成都、延安、遵义、上海等地集会游行，声援昆明学生，各界人士也纷纷谴责国民党反动派的暴行，在全国人民的压力下，蒋介石让关麟征自请处分，并将李宗黄调离。
闻一多带领学生们向烈士的灵位鞠躬致敬，他们一起宣誓，告慰四位烈士的在天之灵。程嘉树在报上看到悼词，十分感伤，要是他也在昆明，好好地和联大告别该多好。抗战结束了，西南联大即将要北归，梅贻琦发表讲话，抨击“落后就要挨打”的强盗逻辑，让同学们用知识，让母亲富强起来，让中国永远不受欺凌。梅贻琦代表联大常委会宣布，从今日起，国立西南联合大学正式结束。冯友兰宣读国立西南联合大学纪念碑的碑文，将西南联合大学短暂却又不平凡的历史娓娓道来，众人听完后纷纷鼓掌。
双喜、阿美、润青和华珺四人一起在国立西南联大的门口拍照，这是他们留在西南联大的最后一天。阿美对未来的规划是考取师范学校，和华珺一样当老师。双喜准备告别他们回北平，但一想到没保护好程嘉树，双喜内心就十分愧疚。华珺为了程嘉树的安全，没有将真相告诉双喜。双喜和阿美离开之后，华珺和润青还在校园里。在润青的镜头下，华珺说了一番自己对西南联大想要的说的话。此景此情，此时此刻，她心里在想着嘉树，虽然没有说出嘉树的名字，但她们彼此心里有数，润青也知道嘉树还在。
只是吃饭的时候，润青问起她有没有嘉树的消息，却得知他们从未联系，润青沉默了。华珺很感慨，一路走来，润青、双喜和阿美，以及程嘉树，他们都有很大的变化，好像只有她一个人没变化。润青说，因为她从始至终都知道她想要的是什么，而当初的他们都太过幼稚。所以变化才大。冯友兰来找闻一多，邀请他和自己一同去美国加利福尼亚大学讲学，可是闻一多说北平是他的根，北方的青年需要他。
程功同志和过铁岭同志走在寂静林子里，他传达了上级对郭铁林同志的工作安排，让他继续留在昆明负责学联的工作。闻一多得知李公朴在大兴坡被国民党反动派暗杀，因而他决定牵头在云大给李公朴办一个治丧会。周宏章认为闻一多的发言会极具煽动性，将阻止闻一多的任务交给文颉。文颉让阿美去转告闻一多，切勿去明天的报告会。华珺亦从郭铁林口中得知，反动派已经盯上了闻一多。
林华珺去找闻一多，劝说他明天不要去报告会。虽然她知道劝动闻一多先生的可能性很小，但她还是努力劝说。闻一多何尝不知道明天的报告会危险重重，可若是他不去，如何告慰亡灵，他没有枪，唇舌便是他的武器，他必须抗争到底，他相信家人和妻子会支持自己。闻一多先生还告诉林华珺，在屈原那个时代有两种人，一众人可以为了荣誉不要性命，此乃愚不可及，还有一众人可以为了生命不要名誉，此乃智不可及。愚不可及者是智，智不可及者反愚。见状，林华珺和闻一多的儿子都要陪他一起去。
高孝贞没有阻止，只是叮嘱闻一多早些休息。次日，闻一多临行前，高孝贞让他早点回来。闻一多去到报告会外，文颉劝说加威胁，闻一多越过他走进报告厅内。闻一多站上台，严词斥责反动派杀死李公朴的卑劣无耻行为。他的话引得报告厅内众人纷纷鼓掌，闻一多的话掷地有声，他说你们杀死一个李公朴，还有千百万个李公朴站出来！人民的力量，是要胜利的，真理是永远要胜利的，真理是永远存在的。现在正是黎明前最黑暗的时刻，他们有力量冲破这个黑暗，他们的光明恰是国民党反动派的末日。
周宏章的人致电周宏章，得知会场失控，周宏章下命令动手，并表示如果这件事办好了，他可以接替文颉的位置。闻一多看到记录李公朴遭到暗杀的特刊已经印出来，便吩咐林华珺他们把特刊分发下去。郭铁林希望闻一多先不要回家，但闻一多执意回去。1946年7月15日，闻一多和儿子闻立鹤在返家途中，遭到国民党特务的暗杀，闻一多身中十余弹，不幸遇难。闻立鹤为保护父亲，中了五枪，留下残疾。噩耗传出后，MZ东和朱德发出唁电，周恩来以中国GCD代表团的名义致电闻一多夫人高孝贞。
周宏章将杀害闻一多的脏水泼给文颉，让他背了黑锅。文颉登时便明白，自己成了替罪羊。1949年1月31日，中国人民解放军和平解放北平，裴远之带润青去见了毕云霄。她拿出婚书让毕云霄签字，证婚人也找好了，是裴远之先生。毕云霄再一次萌生退缩的心，推着轮椅想离开，后被润青的话感动，郑重在结婚申请书上签下了自己的名字。1949年10月1日，中华人民共和国成立。不久后，在一个平凡的一天，林华珺结束上课，有一位同学想请她解一道题，看到题目的时候，华珺就知道是嘉树要回来了。
1937年7年7日到抗战胜利，整整八年，西南联大经历了南迁，精神永续永存。林华珺留在昆明中学继续教书，阿美也和华珺一样，做了一位教书育人的老师，双喜考入清华大学数学系，嘉树和云霄开始了高能物理研究，他们的时代到了。中国人民共和国成立后，赵忠尧、华罗庚、朱光亚、邓稼先等人相应祖国号召，陆续回国投身于祖国建设，程嘉树和毕云霄开启艰苦的科研工作。1964年10月16日，中国成功爆炸第一颗原子弹；1967年6月7日，第一颗氢弹爆炸试验成功；1970年4月24日，第一颗人造W星东方红发射成功，中国在逐渐崛起！
全剧终。