郑天挺让林华珺别太担心，只要一有消息就会通知她。叶润名不打算回云南了，他要直接去延安。他也爱林华珺，但他心中有比林华珺更重要的东西，这样来说对她不公平。至于程嘉树，他想做一个有用的人，但现在的他还不知道要怎么去做。次日，叶润名介绍裴远之和父亲认识，叶父帮忙一起将教材书籍装船。众人紧锣密鼓地忙活，防空警报声响起，日军的飞机出现在上空，投下炸弹轰炸武汉的码头。他们加快搬运的速度，几乎是冒着生命危险在把这些珍贵的书籍运送到船上。
叶父叮嘱他们赶紧搬，搬完后一起回家。轰炸暂停后，飞机又出现在上空，这回他们飞得很低，对码头进行残忍扫射，叶润名推程嘉树进舱，自己中了数枪，掉进水中。武汉码头成了一片血色，叶父眼睁睁地看着儿子在自己面前死去，痛苦得几乎失声。林华珺和文颉逛街时，意外看到阿美在昆明开了一间茶馆叫润茗。阿美将他们带进茶楼，给她解释自己想继续跟叶润名学习知识的决定。武汉沦陷的新闻上报，林华珺买了报纸，急忙跑回去找郑天挺询问程嘉树和叶润名是否安全。
郑天挺收到电报后，告诉林华珺说在武汉的部分仪器和图书已经安全运送出来，林华珺顿时放心，以为程嘉树和叶润名没事。罗恒所在的航校迁到昆明后，他第一时间和学长贺飞来找叶润青，邀请她和林华珺去参加舞会。毕云霄也去参加，但他不会跳舞，林华珺看出他对叶润青的心思，便主动提出要教毕云霄跳舞，否则今晚他就没有机会和润青跳舞了。舞会上，罗恒说他可以介绍叶润青去给飞行教官当英文翻译。舞会结束，罗恒将三人送回来，叶润青从同学口中得知父母来了。
毕云霄也和林华珺告别，她在宿舍门口见到了程嘉树。程嘉树哭着对林华珺说了叶润名的死讯，另一边，叶润青也在痛哭，无法接受哥哥已死的事实。那晚，程嘉树在暴雨中作践自己，不停地打球，通过消耗体力来发泄心中的痛苦，毕云霄怒吼，程嘉树嘶声说叶润名替自己挡了子弹，他是为自己而死的。同样痛苦的还有裴远之，叶润名是他最得意的学生，可他就这么死于日军的扫射之下。经过盘点，除了掉到江里那一箱书，基本没有什么损失，但郑天挺得知叶润名在这次运送图书的过程中死了。
领取毕业证书这天，唯独叶润名的毕业证书是叶父帮忙领的。梅贻琦说，叶润名永远是他们西南联大的骄傲。梅校长有感而发，语重心长地对同学们说了一番话，现在站在这里的学生的样子，就是未来中国的样子，希望他们从武的同时不弃文。叶润青悲痛伤身，生病住了院，毕云霄特地去医院看她，叶润青面无表情地让他回去。
叶润青对毕云霄态度冷淡，毕云霄尴尬地站在原地，随后罗恒拿了一束花和一个盒子进病房，她对罗恒的态度显然比对毕云霄要好，毕云霄自知多余，很快离开。得知叶润青病了，林华珺也为她担心，但她眼下忙着要联系乡下学校，无法帮叶家二老去医院照顾叶润青。林华珺决定办理休学，她要去玉溪的乡下学校教书，开始民智。郑天挺劝说她考虑清楚，但林华珺已经下定决心，因而郑天挺说学校会永远为她保留相应的学籍。程嘉树看到了叶润名留下来的日记，他获得启发后，写下了自己的转系申请。
裴远之也觉得物理更加适合他，答应帮他去处理这个转系申请。裴远之知道，叶润名的死影响了周围许多人，他告诉程嘉树，林华珺决定去玉溪的乡下小学教书，自从失去母亲后，林华珺就孑然一身。她去的小学在乡下很艰苦，她无依无靠的一个女孩子肯定会吃苦。裴远之希望程嘉树和林华珺从痛苦中走出来，勇敢地面对自己的内心。罗恒去医院看叶润青，叶母和叶父退掉了去香港的票，因为他们实在放不下润青。罗恒进去劝叶润青，晓之以情动之以理，润青把他的话听了进去，终于开口说要吃东西。
林华珺去茶楼和阿美告别，她不忍将叶润名的死讯告诉她，只是说叶润名去了很远的地方，而她也要去玉溪支教，阿美的功课由文颉来辅导。叶父给程嘉树写了一封信，当程嘉树看到这封信的时候，他和叶母已经启程去了香港。叶父在信中开导程嘉树，希望他不要过于自责，好好地走接下来的路，完成叶润名未完成的梦想。林华珺启程去玉溪那天，程嘉树去送她，林华珺告诉程嘉树，阿美来了昆明，开了间茶楼，说要等叶润名回来，继续跟他学习。说完这些话，时间不早了，林华珺坐上马车离开。
叶润青也振作起来，罗恒带她去认识了自己的飞行教官。林华珺抵达玉溪，玉林小学的杨明慧老师给她简单介绍了小学的情况，并带她到宿舍安顿下来。林华珺独自收拾行李，看到了程嘉树曾给她出的那道数形结合题。程嘉树看着叶润名的日记，他忽然明白了很多道理，唯有国家民族强大，才是生存之本，想要救亡图存，必须科学救国，对于他们这些学生来说，唯有发奋读书，才是救国之道。程嘉树具有理科的天赋，赵忠尧教授说他可以转入物理系，直接从二年级读起。很快，毕云霄就向大家介绍他。
裴远之向上级交了申请，他想和方悦容结婚。组织的说法是，只要方悦容同意在申请上签字，组织不会干涉。可方悦容经过武汉那一场惨烈的经历后，结婚对她来说已经没那么重要，她说自己不能和裴远之结婚，甚至不能公开两人的关系。在和裴远之见面前，她去见过了郭铁林，没有在申请上签字。
方悦容之所以没有在申请上签字，是因为她不想放弃在西南联大的工作。郭铁林说，裴远之在西南联大的身份几近公开，而方悦容是一枚暗棋，是组织隐藏着的火种，如果他们结婚，组织就会找人来接替方悦容在西南联大的工作。裴远之虽然失落，但也表示理解。联大校舍建设出现资金不足的问题，郑天挺带回来好消息，富滇银行愿意出资支持西南联大的校舍建设。1938年8月，由林徽因和梁思辰设计的西南联大校舍，在经历了种种坎坷之后，终于在昆明城西北三分寺建成启用。
学生们鱼贯而入，向国旗下的梅贻琦和郑天挺热烈打招呼。同学们在校舍里放好行李之后就去上课，这也是他们第一次在属于他们的教室里上课。与此同时，林华珺也在给同学们上课，警报声响起，林华珺让大家有序地到上次的小树林里躲避。西南联大的同学们也有条不紊地往后坟山撤离，大家都对防空警报习惯了，明白日军的飞机每次都是雷电大雨点小，所以没几个真的在跑的。有一个同学一直跟着程嘉树和毕云霄，毕云霄抓住他质问，得知他叫丁小五，从北平来，欲考西南联大学校。
程嘉树敲响铃声，提醒物理系的同学们上课。云南玉溪的林华珺在树林里给大家上了课，文颉带了水果来看林华珺，把水果分给孩子们吃。后来林华珺说学校的课业也挺重，文颉不用刻意每个月来看她。文颉还给她带了许多东西，林华珺不愿意白要，可文颉快速拿起箱子就走了，不给林华珺拒绝的机会。丁小五渴望考入西南联大的物理系，毕云霄给他推荐程嘉树当辅导老师。程嘉树养成了写信的习惯，写信的对象都是叶润名。看到文颉回来了，程嘉树就问了林华珺的近况，文颉冷淡地说她很好。
裴远之召集了群社的成员，成立一个伙食委员会，先从改善同学们的伙食开始。上课这天，下了暴雨，大家听不见赵忠尧教授的声音，赵忠尧就暂停上课，让大家静坐听雨。三青团和群社势必会有一番竞争，他们仗着有国民党中央党部个别人的支持，拉拢了一大批热衷于政治权力的年轻人，裴远之保证，群社与三青团的斗争必定会寸步不让。各个社团开始招收社员，为了让程嘉树加入群社，双喜特地做了几样家乡菜，毕云霄让程嘉树吃了这些菜，并表示他吃了这些菜，就相当于同意加入群社了。
三青团利用助学补贴，拉拢了一大批学生加入，其中就包括了文颉。文颉得知，在三青团里的职务越高，能申请的助学津贴就越多。他见到闻一多后，将这件事告诉他，闻一多却让文颉好好想清楚，读书是否只是为了助学津贴和得到一份好的工作。阿美的茶馆，给众多学子学习、复习知识提供了一个好去所，丁小五就在这里做考题，双喜也在这里学字。