1912年5月下旬，孙中山回到家乡看望乡亲父老，并到陆皓东坟前祭拜，孙中山回首往事，感慨万千；并向兄长孙眉赔礼。兄弟二人冰释前嫌、和好如初。孙中山去澳门看望陈粹芬，陈粹芳已人去楼空，只留下一封信给孙中山。在回家的渡口，见到了陈粹芬收养的女儿。 由于袁世凯只要从共和所得到的实权，而不要共和所主张的民主，孙中山非常气愤，于1912年7月回到上海同盟会本部，因陈其美、蔡元培、宋教仁等纷纷从袁世凯内阁辞职，内阁里已没有牵制袁世凯的力量了，孙中山决定去北京与袁世凯共商国策。 1912年8月下旬孙中山与袁世凯在总统府会晤，共商国家大计。 1913年2月，孙中山夫妇和宋嘉树夫妇起程前往日本考察铁路。 袁世凯把坚决维护临时约法的宋教仁看成心腹大患，1913年3月20日，袁世凯派刺客暗杀了宋教仁，公开破坏临时约法，反对共和，孙中山听到宋教仁被害的消息，急忙赶回上海，召集黄兴等共商讨伐袁事宜；由于内部出现反对意见，袁世凯得以可乘之机，国民党坐失良机，二次革命虽在全国发动，却仅仅坚持了四十八天，就以惨败告终。 孙中山、黄兴等一批革命党人再次流亡海外，回首苦难深重的祖国，孙中山不得不开始了他更加深刻的人生思索。

袁世凯得知孙中山等人逃亡日本，一面献媚日本政府以求抓捕孙中山，一面对革命党人开出巨额悬赏捉拿，并派人去日本刺杀孙中山。 宋庆龄大学毕业，从美国来到日本。见到从小就崇拜的孙中山心情不好，就天真的讲故事来振奋孙中山的精神。宋霭龄给宋庆龄讲这几年的经历，宋庆龄对姐姐能在孙中山身边工作羡慕不已。宋嘉树带宋庆龄到浅草寺拜祭时，道出对霭龄似乎爱上孙中山的担心，宋庆龄不以为然，买了许多风铃送给孙中山。 1914年2月26日，袁世凯为灭暗杀宋教仁事件之口在府中设宴，用毒药害死赵秉钧。 孙中山召开国民党改组大会。会间，孙中山总结了以往失败的经验教训，提出严格组织纪律，党员必须服从首领的命令。黄兴表现出不满。会后，庆龄兴高采烈地整理记录，霭龄则对黄兴等不同意见表示担心。国民党内部骨干对孙中山的提议出现分歧，大家请黄兴出面劝阻孙中山。不想两人意见不一，出现激烈争吵，黄兴一怒出走。 黄兴要赴美养病，孙中山把酒为他饯行。席间，孙中山写下“安危他日中须仗，甘苦来时要共尝”。 宋嘉树为了阻止霭龄对孙中山的感情发展，决定将霭龄嫁给孔祥熙，霭龄迫于压力同意成婚。宋庆龄正式成为孙中山的秘书。孙中山第一次接见蒋介石，孙中山命他回上海发展力量，准备起义。庆龄为姐姐送行，霭龄提醒她要和孙中山保持距离，以免产生感情。

1915年2月，袁世凯为了达到称帝的目的，向日本政府求助，日本政府便借机提出“二十一条”作为交换条件。孙中山在国内的一片声讨之中发现李大钊的文章和自己很有共鸣。 梅屋庄吉请孙中山到自己家中，交给他黄兴托人从美国转来的蔡锷将军提供的有关“二十一条”内幕和推翻袁世凯打算的密码电报。宋庆龄为孙中山翻译电报，胡汉民看着两人忽然觉得他们关系不一般。 孙中山收到哥哥孙眉去世的电报，深为不能回国奔丧而感到痛心，胡汉民、陈其美和廖钟恺等人商议如何阻止宋庆龄和孙中山的感情发展。胡汉民来找宋庆龄谈，碰壁而回。宋嘉树收到廖仲恺的信，立刻发信称自己病重，让庆龄回上海。宋庆龄留信出走。孙中山急忙去追，在火车站孙中山追到宋庆龄，心灵的撞击使两人拥抱在一起。 1915年5月9日，袁世凯签署了丧权辱国的“二十一条”，全国掀起了反日倒袁的群众抗议浪潮。 胡汉民和朱执信来说劝孙中山，请他不要和宋庆龄发展感情。这反而使孙中山在内心更加确定了对宋庆龄的感情。