持刀的是黑室成员砍手，他是李克江的好兄弟，他知道自己的大哥是为了雅德利才受了重伤，前来报复雅德利。砍手用开水烫雅德利，并威胁雅德利要忍气吞声。 回到黑室的秦敖以为可以继续自己和扈渝雯的感情，却不知道扈渝雯在两年的潜伏生涯中已经真正爱上了陆涯，面对扈渝雯的冷淡，秦敖感到疑惑和尴尬。 雅德利无法忍受在黑室的遭遇，他离开黑室逃往重庆市区。焦急的众人分头寻找，扈渝雯和砍手找到了雅德利，却遭到日本黑龙会的追击。砍手江湖经验老到，依靠袍哥会和特务周旋，扈渝雯利用电报机向陆涯求助。陆涯及时赶到，将雅德利接回了黑室。 雅德利明白了自己的处境，安心在黑室工作。陆涯被授命为黑室截听组的组长。

黑室正式成立，依靠秦敖陆涯李克江等人的优秀能力，以及雅德利在密码破译方面的造诣，黑室在很短的时间里就在破译密码、抵抗日军轰炸方面取得了可喜的成绩。 陆涯无法原谅扈渝雯对自己的欺骗，他冷淡地对待着扈渝雯，在一起工作的两人形同陌路。扈渝雯得不到陆涯的谅解，只能向雅德利倾诉心中的苦闷。 蒋委员长巡查西南战线的云岫行动秘密展开，黑室没能遏止住重庆猖獗的间谍活动，加上雅德利酗酒延误了破译工作，蒋委员长行踪泄露，遭遇日方轰炸。黑室受到了严厉批评，经历了一次重大挫折。众人都承担了责任，雅德利开始端正自己的工作态度。 通过黑室成员的不懈努力，泄露云岫行动的日本间谍终于被俘。顽固的日本间谍自杀了，他让黑室意识到重庆还隐藏着许多间谍，他们未来的路还很长。 唐大铭为了犒劳黑室成员的辛劳，举行了一场庆祝舞会。舞会上，雅德利受到了黑龙会的暗杀，多亏陆涯的保护才躲过一劫。四姐的身影出现在了重庆，她现在的身份是慈善商会的会长罗兰夫人，并和黑室有着亲密的接触。

陆涯故意和扈渝雯保持距离，让自己埋头于工作。他的冷漠让扈渝雯十分伤心。 秦敖一方面逼迫陆涯和扈渝雯尽快了清恩怨，一方面用真情感动着扈渝雯。在秦敖锲而不舍的追求下，扈渝雯终于回忆起和秦敖曾经的幸福时光，答应和秦敖结婚。就在此时，黑室破译出一份重要的密电，密面显示日军将于五月一日对重庆实施大轰炸。 凭借破译出来的详细情况，重庆成功抵御了日军的空袭，黑室洋溢在胜利的喜悦之中。 然而重庆方面抵御的空袭只是一个烟雾弹，五月三日，日军真正的大空袭来临了，由于情报的失误，毫无防备的重庆受到了重创。陆涯等人发现，原先黑室破译的其实是份假情报，截获情报的永福引疚自杀了。黑室里一片沉痛。