慈禧率眾妃到庙中礼佛，光绪与珍妃在庙外跪拜，请慈禧停止向联军宣战，慈禧觉得光绪向西洋诸国屈服，不配為人君。光绪愿退位让贤，以请慈禧收回成命。慈禧以為光绪受珍妃唆摆威胁她，命人掌摑珍妃，光绪哀求至吐血晕倒。怀安向杜仲单打，认為有人多管閒事，引起光绪关注外间事，使他未能安心静养。1900年八国联军攻入北京，载漪和载灃接慈禧离宫西狩，玉贵到瀛台接走光绪，但独留珍妃在北三所，光绪嘱杜仲接珍妃跟上大队。

伏苓留下珍妃躲藏 

杜仲带珍妃和伏苓离开紫禁城，遇上英军杀入。杜仲指珍妃和伏苓是宫女，才获英军放行。紫禁城到处被联军掳人放火，杜仲要伏苓带珍妃往小屋躲藏，他则去救其他宫女。葛根返存仁馆保护各人，金赞到杜家接走百合。伏苓和珍妃等了一段时间，尚未见杜仲回来，伏苓决定外出找杜仲，留下珍妃躲藏。伏苓在宫中遇见到一联兵穿朝服的男子，以為是杜仲，奋不顾身拯救，冷不防联兵从后刺杀伏苓，这时杜仲扑出挡了一刀。二人赶返小屋，珍妃已不知所终。德龄到存仁馆找葛根，却被铁骨胁持走入存仁馆躲避洋兵追杀。 

杜仲伏苓各怀心事 

杜仲邀伏苓到家中暂避，两人閒聊，讲述她当年与鸿儒离开北京到广州，因生活逼人，伏苓也外出打工帮补生计，直至有晚下班回家不见鸿儒，他留书谓不能再吃苦，此后她再没见过他。杜仲讚赏她曾有一段轰轰烈烈的爱情，伏苓却羡慕他与百合无风无浪过日子。半夜，伏苓与杜仲各怀心事，伏苓拿着玉珮嗟嘆下半生要孤独终老，无聊下拿起杜仲的医书翻阅，竟找出杜仲写的诗，想起当年离开杜仲的情景，令她增添几分愁绪，时杜仲送厚被给伏苓保暖，伏苓的手无意中触碰杜仲，杜仲也添惆悵。翌日锡庚找杜仲返太医院收起藏书，这时日军大佐领兵进驻，他要御医交出《青囊书》。

杜仲救治日帅枪伤 

杜仲向大佐推荐锡庚能默写《青囊书》内容。杜仲要锡庚将他多年行医心得写出来，既瞒天过海，又可拯救太医院各人。伏苓等候杜仲多时尚未见他出现，折返太医院，只见数位太医，独不见杜仲，担心他有意外。待大佐出现时，伏苓向大佐袭击，混乱间枪伤大佐，伏苓被副官擒获。杜仲和锡庚已默写完医书走出房间，看到大佐流血不止，杜仲请缨為大佐做手术，但要保证不可伤害各人。杜仲凭着他曾看过泰来神父做手术，成功取出子弹，大佐手术成功身体无恙。大佐答应放过太医院各人，唯独用枪指着伏苓……

大佐见杜仲甘愿自我牺牲，有情有义，决定放过伏苓和太医院所有人。杜仲邀伏苓返家躲避联军，二人在家有说有笑，忽然见百合因为担心杜仲安全而返家，杜仲除惊喜外，更因伏苓在家而尴尬。百合见伏苓后面露不满，伏苓也匆匆离开。百合故意向杜仲打探当年逃婚妾侍的去向，杜仲支吾以对。百合在书房发现留下的被铺染有口红印，觉得杜仲有事隐瞒。

百合得悉伏苓身分

瑜贵妃和军机大臣商议政事，商讨联军提出的议和条件，载沣向鸿章冷嘲热讽，令鸿章胃痛发作。朝臣退下，瑜贵妃情不自禁要跟载沣亲暱却被拒绝，要她忍耐直至他登上皇位。秋萍无意中问起伏苓推拿的事，令百合怀疑。及后百合于大街暗角躲藏时，偷听到明珠和何青大谈伏苓与杜仲再生情愫，惊悉伏苓就是当年逃婚的妾侍。

载沣得悉瑜贵妃召见德龄后，匆匆入宫找她算账，瑜贵妃说明她得不到的，别人也休想得到。德龄将翻译文件交予瑜贵妃，瑜贵妃故意要帮德龄做媒，有意令载沣难堪。杜仲到王府请载沣帮忙找珍妃，之后匆匆与伏苓会面，原来一切竟是由百合安排!

伏苓杜仲天意弄人

百合揭穿杜仲和伏苓早已相认，只有她被蒙在鼓里，认定二人一同背叛她。杜仲和伏苓不约而同向百合发毒誓，表示从没有背叛她。伏苓下了决定，与杜仲划清界线。杜仲安顿好百合后，独自到书房看到自己曾写下的诗，发现多了「天意弄人」四个字，知道是伏苓写的，伤痛下便把诗烧毁。

鸿章签下辛丑条约，慈喜和光绪即将从西安返回紫禁城。杜仲有意辞去太医院工作陪伴百合，百合听到感心甜。七叔催促伏苓找出宫中内应，伏苓不想再与杜仲在宫中碰面，有意推辞工作，七叔晓以大义劝她要以革命为重，伏苓无奈继续追查。

玉贵被俘珍妃失踪

杜仲未能寻找珍妃自觉失职，向光绪请辞，光绪反要他留下尽力寻回珍妃。原来在慈喜出走西安时曾经遣玉贵回宫找寻珍妃。载沣从联军俘虏名单中找到玉贵，却无珍妃在内。玉贵向慈喜和光绪禀报，当他返回紫禁城后即被联军囚禁大牢，继而不知珍妃去向。

御医报告太监和吗吗出现屙呕征状，杜仲怀疑水源问题，他与锡庚调查多个水井未有发现，锡庚在其中一个水井发现死尸，杜仲观察死尸已发胀，推测此乃井水受污染的源头，杜仲再仔细观察死者的衣服，觉得似曾相识……

载灃向慈禧稟报珍妃死於井底之内，大家猜测珍妃怕受洋人凌辱投井自尽，但杜仲不信她投井轻生，慈禧禁止各人向光绪洩露珍妃已死。七叔要伏苓尽快查出内应和有关朝廷潜伏组织里的J细名册。杜仲落井底找寻珍妃死因线索，发现井底墙壁有抓痕，他推测珍妃曾挣扎过，最终力竭而沉没。他又从载灃的俘虏名单中，发现玉贵被捕的日期正是珍妃失踪两日之后。

玉贵强抢珍妃珠链

葛根找玉贵喝酒，其实是载灃要他向玉贵打探珍妃之事，怎知玉贵不准葛根提及珍妃，只肯透露他要结婚生子，并送他厚礼作為向他借种传宗接代的代价，葛根很想推辞，但怕影响载灃交託的任务，故找伏苓商量。同一时间，如意向杜仲表明她要结婚，对象是玉贵，而他会找人借种生子。杜仲看见玉贵的聘礼后甚為愕然。

伏苓约杜仲见面，彼此看过玉贵送出的名贵礼物，心中有数。玉贵与如意喝过合巹酒后迷迷糊糊地晕倒，醒来时已被五花大绑。经杜仲和伏苓使计查问，玉贵承认返紫禁城的小屋遇见珍妃，被珍妃发现他私藏珍宝，玉贵还要强抢其珍珠链。

伏苓故意放走玉贵

二人纠缠间，珍妃失足跌落井里，玉贵害怕，连忙逃走。玉贵签下押供词，杜仲将他送交载灃处理，玉贵欲逃走却被葛根扯开他的袜子，伏苓发现他的脚上有蝠鼠纹身，登时想起他是宫中的内应。与此同时，有一黑衣人踢开葛根，将玉贵和供词一併带走。三人追至郊外，伏苓故意扭伤脚，放走黑衣人和玉贵。

那神秘人正是七叔，他带玉贵到破庙后说出暗号，玉贵亦能唸出暗语，他要求七叔以银両交换卧底名册，七叔答允并放走他。玉贵向慈禧请罪，骗说他找不到珍妃，却无意中拾到她的珍珠链私藏起来，慈禧免他死罪只罚他到醇亲王府作僕役。杜仲将珍妃信件和珍珠交到光绪手上，杜仲开解光绪，要他替珍妃胎儿復仇。载漪带着儿子逃难，却被载灃截获。

百合双脚微感知觉

载灃将载漪押至慈禧面前审讯，光绪指载漪下毒害他，又害死珍妃胎儿，连累珍妃无辜惨死，更勾结拳匪，引致八国联军入京掠宝兼要全国百姓為他赔款，罪大滔天，决定革除他所有爵位并发配南疆。是夜，光绪在瀛台设祭坛拜祭珍妃。 

杜仲為百合蒸脚，百合要為杜仲煮汤丸慰劳，却不慎被热水溅到，百合惊叫觉得大腿有少许痛楚……