南征出战前，燕青往御香楼辞别李师师，李师师为其祈祷，保佑燕青平安归来。鲁智深借拜谒智清长老为名，再次皈依佛祖，留在大相国寺修行。另公孙胜不辞而别，南征之时，宋江军营大旗被狂风吹折，梁山头领心情沉重。梁山军攻破苏州城，苏州守将──方腊之弟方貌城南逃。苏州之战，双方死伤惨重，杨志断腿。 而蔡京、高俅为其「以盗制盗」之计奏效庆祝，同时催促宋江于限期内攻克杭州，不得延误，加速宋江与方腊之间相残。宋江、吴用看出高俅的险恶用心，便冒着「私下议和」的罪名，与方腊化干戈为玉帛。先派燕青与李逵进城，找庞氏兄妹疏通，以求言和。涌金门外，两军对垒，宋江、方腊各抒己见，谈判遂告失败。宋江「私下议和」之事，被蔡京、高俅得知，蔡、高面奏皇上，要拿宋江问罪，亏宿太尉金殿力办，蔡、高阴谋才未能得逞。

宋江劝降无望，只得与方腊决战，卢俊义率军从旱路攻城，被守城的庞万春用擂木滚石压下，时迁攻城，方腊军以磨盘石块拋下，时迁终至毙命。杭州之战，宋江先胜，但梁山将领三十余人阵亡，城内一片狼藉。蔡京、高俅得知宋江攻陷杭州，恐怕宋江获得南征首功，特让童贯取代南征招讨张叔夜，并让童贯务必抢在宋江剿灭方腊前赶到南军营，同时又将张叔夜召回京城问罪。宋江吴用等人深知必须抢在童贯到来之前结束南征。为了通过乌龙岭，卢俊义带解氏兄弟上山探路，解珍及解宝在攀登绝壁时被方腊军击死。张叔夜回到京城，未能面君，就被高俅巧立罪名投入大狱，后朝廷降旨，以“督战不力”为由将张削职为民，遣返原籍。乌龙岭下，宋江只得硬拼。

梁山军与方腊军短兵相接，方腊军节节败退，乌龙岭的天然屏障终被宋军打破，方腊终被生擒，宋军攻下青溪城，此时童贯赶来，杀了方军两千名俘虏，押着方腊的囚笼，抢先回京领功。梁山军经过南征方腊，死伤大半，武松左臂致残后，留在六和寺作了清闲道人。宋军在凯旋路上，李俊、童威、童猛又借病离队。宋江率领的这支队伍成了得胜的哀兵，七零八落，气氛沉闷。东京城外，宿太尉等迎接梁山军。宿查问谁才是擒方腊之人，宋江愕然，原来童贯押解方腊回京，要冒功邀赏。宋江不禁悲从中来，同时，燕青又不辞而别……