康熙十五年间，时逢暴雨，黄河水患泛滥，毁堤淹田，先后共有数十处河口溃决，已然危及到洪泽湖。倘若任由水势一路而下，里下河七洲县成为泽国不说，还会导致粮草断送，六十万将士难守边疆。
也正因河道久治不善，康熙勃然大怒，吏部监官明珠急忙进宫面圣，保和殿大学士索额图紧随其后。二人乃是入关肱股之臣，亦是圆滑世故的人精，深谙皇帝心结所在，召集马匹车行，漕运改为陆运，确保能够平安抵达前方。
果然康熙闻言稍安，传旨各省河道衙门以及巡抚总督，遣送军民修筑大坝，就算短期内无法彻底解决问题，也要尽量补偏救弊。如此一来，黄河总督王光裕责任重大，康熙命令他务必守住河道，溃决者，依照失城罪论处。
此刻洪水犹如猛兽袭击河工，场面极其混乱，众人争相逃窜。安徽巡抚靳辅奉旨巡查，率领官兵参与到护岸队伍。康熙跪拜太庙恳请列祖列宗保佑，唯有黎民百姓安宁，江山方能永固，大清基业不会毁于一旦。
只可惜天灾来势汹汹，河工们抢险堵口如同蜉蝣撼树，遇难人数猛增，生前没有饷银，死后又无安家费，亲眷闹得不可开交。反观王光裕躲着不肯露面，贪得肚满肠肥居然坚称没钱，总想着写奏折上报朝廷讨赏。
虽然黄河河道暂且保住，但是汛期还未结束，朝廷大臣纷纷请命前往黄河效力，众人抢着出风头，说得比唱的还好听。事实上，朝廷每年给河工拨款，为的是养兵千日用兵一时，可在关键时刻，王光裕这个老兵想要临阵脱逃。
索额图正要写信给王光裕，管家知晓此人并不忠心，主动为其献计。靳辅安抚遇难河工亲眷，号召大家留下坚守河道，如若河道溃决，必会祸及无辜，他愿以身作则，只有解决水患才能告慰牺牲河工的在天之灵。
王家师爷亲自来见靳辅，表示黄河迟早守不住，建议他尽快撤离，顺便在圣上面前为王光裕美言几句。然而靳辅果断回绝，吩咐工头郭河叔将师爷送来的人参炖汤给大家补身体，又让师爷回去通知王光裕赶紧送饷银，否则后果严重。
黄河洪水再次裹挟大量泥沙涌来，如此反复护堤总归不是长久计策，靳辅当即决定炸堤泄洪。儿子靳治豫身先士卒带领勇士前往，紧接对面传来巨响，黄龙过境保住河岸，靳辅看着他们的身影消失在漫漫长河之中，忍不住落下欣慰又悲痛的泪水。
如今前线打仗胜负难料，后方闹灾民心动荡，正值内外交困，康熙为此日夜忧心。孝庄皇太后想到昭妃娘家世受国恩，遏必隆又是从龙入关的重臣，所以建议康熙应当册封皇后，毕竟稳固朝野需得依仗老旗主的支持。
康熙没有听从孝庄皇太后的安排，找个借口先行离开，召见明珠入宫，逼问关于王光裕的品行操守。朝臣之间关系盘根错节，利益共存大于同僚之情，明珠自然也不例外，他早在面圣之前就想好对策，胆战心惊应付过去。
正所谓谋事在人成事在天，康熙没有过多追究王光裕，殊不知天高皇帝远，王光裕仗着自己的身份横行无忌，全然一副土皇帝的做派。这天王光裕带领官兵浩浩荡荡来到黄河道，河工们满是喜悦地聚集成圈，里三层外三层，王光裕看似是来送饷银，实则是来问罪。
正因黄河水患危急，靳辅还未上报朝廷，直接炸毁河堤，正中王光裕下怀。趁此之际，王光裕亮出王命旗牌和尚方宝剑，直接给靳辅按上莫须有的罪名，意欲先斩后奏。在场众人怒不可遏，群而围攻王光裕的马车队伍，结果发现箱子里空空如也，根本没有饷银。
此时洪峰冲破沿岸，数以千万计百姓遭受灭顶之灾，家园尽毁，伤亡惨重。靳辅生死未卜，反倒是王光裕贪墨无能导致黄河大决，这等罪魁祸首居然死里逃生，还向朝廷污蔑靳辅吞占河工安家银两，中饱私囊。
康熙信以为真，下令生要见人死要见尸，必须依法给靳辅治罪。索额图上奏监斩王光裕，明珠建议当务之急应当开仓赈济，何况六省粮食紧缺，防止灾民惊扰京师。康熙思忖片刻，决定让王光裕戴罪办事，伺机修复河堤，等汛期过后问责。
靳治豫划着木筏营救灾民，虽然遇到郭河叔，却还是没有父亲的下落。大量浮尸入目，场面惨不忍睹，男童哭声幽幽传来，正当靳治豫循声赶往，近在咫尺，怎知房屋塌毁，眼睁睁看着男童沉入水底，无力瘫坐痛哭。
如今七洲县官员集体弹劾王光裕，若是康熙继续视若罔闻恐怕难以服众，明珠和索额图低头合计，索性在康熙面前唱一出红白脸，阻止康熙深入追查牵连自身。可当康熙准备要公布王光裕罪行，明珠又急忙提醒康熙三思，以免落下杀人有方、治河无力的名声。
一语道破眼下形势，康熙暂且搁置定罪王光裕，便让明珠陪自己上演周瑜打黄盖，演给朝中大臣看，还给他照葫芦画大饼。遂于同年十月，康熙派遣工部尚书冀如锡、户部侍郎伊桑阿巡视调查，朝政清才能黄河清，王光裕不是主要之人，关键在于他背后的蛀虫。
因为河工经费浩繁，迄无成效，百姓皆受其困，伊桑阿和冀如锡抵达河督府后，顾不得休整直接勘详工事。王光裕唯恐暴露马脚，全程遮掩回避问题，干扰他们调查进展。当天晚上，王光裕给两位大人安排菜宴接风洗尘，百姓疾苦流离失所，他作为父母官居然吃得这么丰富，自然是引起伊桑阿的注意。
伊桑阿故意提及河堤银两用度，负责骆马湖的官员支支吾吾，回答问题漏洞百出，王光裕为阻止他继续说漏嘴，佯装震怒将他撤职。也正因如此，官员索性破罐子破摔，当场公开王光裕近些年来的贪腐之举。
王光裕自知罪行坐实，想要向伊桑阿行贿，恳求他能帮忙隐瞒。伊桑阿表态明天再议，实则是趁着王光裕放松警惕，连夜和冀如锡回京奏明情况，证实河道总督王光裕提报虚假，以致河工溃坏。
也正因康熙决定扩大范围察审，此事没有转机，索额图先下手为强，派人通知王光裕自行了断，方可保全家三族安然无恙。王光裕知晓这份保障是三分真七分伪，所以将重要账本交给小女柔儿保管，叮嘱她绝不能让任何人看到，账本关乎身家性命。
随着河督府失火，王光裕畏罪服毒，康熙明白幕后主谋显然是急不可耐，他和明珠的君臣戏码也该正式上演。索额图当真以为康熙迁怒明珠，心里很是得意，继而提交一份新任河督的名单，已然落入康熙设下的圈套。
江宁知府于振甲巡河途中发现靳辅，瞧着他一息尚存，生命无碍，继而上报朝廷，奉诏递解进京。明相师爷匆忙赶来，自称是依家主之命护送靳辅，恭恭敬敬的谄媚相引起于振甲内心不满，义正辞严回怼师爷。
临行前一夜，于振甲遭母亲责备，独坐房间反思自身，一念靳辅年迈颇为同情，不该有此妇人之仁，枉顾靳辅贪赃坏法的事实；二则听闻圣意命他递解靳辅入京，心中竟有窃喜，居然产生无耻的升迁之念；三是拒绝母亲送给自己的鸡蛋，欺心瞒骗之举，当真是禽兽不如。
三省吾身过后，于振甲低头细瞧，黑石子多于白石子，看来他距离圣人等同天地悬殊。正因这般失落，于振甲前往牢房探望靳辅，意外撞见师爷劝说靳辅写下供词，明珠愿在圣上面前替他洗罪。
靳辅自认对得起古往圣贤，家国法度，所以无处落笔。于振甲心生疑惑不吐不快，好奇靳辅身为巡抚威风八面，偏要请缨治理黄河，落得如斯田地。然而靳辅实言回应，并未取信于振甲，累累罪行成为他留给众人的印象。
赶赴京师路上，靳辅认真研读治河文章，连连感叹妙极，奈何作者陈天一默默无闻，也不知是古圣留下的遗作，抑或隐士高人亲笔著写。于振甲嘲讽靳辅枉读圣贤书，圣意难测还想着治理黄河，虽然他和靳辅观念分歧较大，好在都是为国为民。
途径黄河道口处，靳辅发现寻死之人，正要出手阻拦，一名男子突然冒出水面，轻而易举将其救回岸上。此人不惧水险自称河伯转世，说完转身离去，于振甲连连咋舌真是疯子，唯独靳辅心生敬佩，对他有所改观。
入住云梯客栈再次偶遇男子，交谈过后才知他正是治河文章的原作者陈潢，因为母亲在河里生了他，从而取之易经里的天一生水，化名为陈天一。靳辅赞叹陈潢才华，想要将这本书呈现给圣上，希望陈潢能为黄河效力，尽展所长，怎知陈潢委婉拒绝。
师爷注意到靳辅和陈潢的谈话内容，安排官兵想办法赶走这些参加科考的学子，其中就有江南第一才子高士奇、明朝相国后人徐乾学，以及看似貌不惊人的陈潢。三人手头拮据，同住一间客房，全靠高士奇平日里占卜算命，巧舌如簧地骗取富商银两。
陈潢站在门口观测风向，推断水患很快就要结束，殊不知灾难已经降临自身。客栈伙计听从师爷的安排，随便找个理由将他们赶出客栈，也不在乎之前欠下的几两银子。三人无处可去，撑着一把破伞来到破庙，自视清高的高士奇对墙壁上的诗句评头论足，徐乾学感叹同人不同命，为官者高床软枕，美酒佳肴，倒是他们寒窗苦读数载，凄凉落身至此。
于振甲看不惯明珠赶走学子的做法，索性搬去和靳辅同住，打着地铺开始自省吾身。靳辅见他执着善恶是非，举例古人事迹定功过，隋炀帝开凿运河，耗费国力民生，罪在当代功在千秋，反观许由品行看似高洁，本身是个治世大才，为追求名声躲进深山隐居，丝毫不在乎百姓安危。
古人都道大仁不仁，这句话的道理需得细思琢磨，于振甲深受启发，恍然大悟，想不到靳辅竟然会有如此见地。当初于振甲觉得为官者应该区分善恶，可在靳辅看来，大丈夫当为者为，若是利国利民，为何还要强附道德枷锁。