时光荏苒，马克最初带回乐乐的情境老板还历历在目。这五年来，马克如珍宝般小心翼翼的将乐乐抚养长大，港口那间小小的仓库虽破，却是两人温暖的家。
怎么一转眼，这个家，就要散了呢？
马克终究被拦了下来。确切的说，在出港前他们就被警察拦住，随后，他被拘留了，乐乐也被再次送到了医院。
另一边，乐乐的亲生母亲艾真收到警察的消息后，连忙赶了过来。她是一位知名的女企业家，但作为女人，她只是个失去孩子五年之久的可怜妈妈。听到马克竟然还妄图将自己的女儿再次带走，她心里的愤怒和怨恨如潮水般汹涌。根据律师的调查，她得知每个星期五都会带孩子去深夜食堂吃饭，而且老板和客人们也和孩子的事情有关联。
晚上，深夜食堂的众人正为马克的事情担忧。小寿叔让神通广大的小龙帮忙想办法，这时，一脸杀气的艾真带着助理闯了进来。
艾真看到店铺里挂着的乐乐和众人过生日时的照片，小寿叔不知道艾真的身份，正愤愤地说自己明天要去医院看乐乐，他担心乐乐一个人在医院会害怕。阿龙则说马玲玲还留在拘留所陪马克不肯回来。
众人都在为乐乐和马克担忧，老板却走到艾真面前问她是不是乐乐的亲生母亲，众人一惊。老板说他从艾真的眼里看到了她对众人的敌意，艾真却愤怒的说，她不是众人想要看到的孤苦伶仃的女人，乐乐也不叫乐乐，她叫汪靖真。老板说乐乐是大家的开心果，艾真却批评老板的店铺是一个不正当的店，乐乐才五岁，会从众人那里受到很多不健康的影响。对于一个孩子的五年和自己，这都是一场噩梦，说完，她就气冲冲的走了。
严律师来看马克，他批评马克的行为把自己陷入了一个困局，马克哀求的比着手势说自己和乐乐不能分开，严律师却说自己看不懂。看着马克苦苦的哀求，严律师深觉自己也无能为力。
艾真来到医院看乐乐，站在玻璃门外，她看着小小的乐乐坐在地上认真的画画，忍不住泪流满面。乐乐看到她却没有惊讶，而是一本正经的问她是不是自己的妈妈，艾真久久说不出话来。
深夜食堂的众人从新闻中得知艾真和乐乐已经相认的事情。小寿叔愤愤不平的说马克才是乐乐的爸爸。严律师却说，马克的出入境和银行证明等资料，都可以证明马克跟拐卖儿童的人贩子无关，但马克想要从乐乐的亲生母亲那里争取到抚养权是不可能的，只能争取探视。他叹口气说，对方的律师肯定会努力把马克和乐乐分开，现在也只能先把马克保释出来。
这一天，艾真接乐乐出院，乐乐问妈妈马克呢？艾真却斩钉截铁的说马克不会来的。乐乐恳求她等马克一会，艾真说马克并不知道乐乐什么时候出院，乐乐天真的问没有人告诉他吗？艾真摇摇头，乐乐的神情顿时失落下来，乖巧的坐上车，却久久的看着车窗外不再言语。
艾真带乐乐回到酒店，她给乐乐准备了很多的玩具想要讨她欢心，乐乐却丝毫没有笑意。乖巧的她没有哭闹，而是向艾真请求到窗边坐着，一个人眺望着远处的灯塔，仿佛这样就能看到马克的身影。
马克终于被保释出来回到了深夜食堂。阿龙说虽然马克被保出来，但艾真坚持是马克抱走了自己的孩子，不让马克和乐乐见面。这件事连律师也完全没有对策，马玲玲安慰失魂落魄的马克众人一定会帮他，鼓励他一定要坚持住。面对众人的帮助和鼓励，马克忍不住泪流满面。
艾真一觉醒来后，发现乐乐失去了踪影。在房间里找了一圈后，她才发现乐乐竟然在浴室刷牙，失而复得的感受让她忍不住哭了出来。艾真给乐乐点了一桌丰盛的早饭，乐乐说自己以前只会煎蛋，艾真安慰她自己以后都不会让她做家务。乐乐发现艾真和自己都不喜欢吃蔬菜很高兴，看着乐乐开心的笑脸，艾真正感到高兴，却收到严律师发来的消息说马克想要和自己和解，而且想见乐乐，她毫不犹豫的拒绝了。
马克一大早就到深夜食堂找老板学说话，老板却犹豫的说，也许乐乐跟着妈妈会更好，马克感受到了背叛，气冲冲的走了。
马克想起以前和乐乐在一起的快乐时光，他决心一定要学会说话和写字，证明自己能够照顾乐乐。另一边，乐乐在艾真无微不至的照顾下，母女间的关系越来越好。
马克和艾真带着双方的律师进行法庭调解。严律师证实乐乐出生被偷时马克正在外海出海，不可能偷孩子。而且，五年来马克的确非常努力在改善乐乐的生活品质。对方律师却抓住马克是一名不识字的聋哑人，不可能给孩子带来好的生活环境，当孩子发生危险时，他也无法立刻做出反应。听到律师的话，着急地马克立刻拿出一本童话书，一字一顿的证明自己可以说话，法官和律师都不理解他的行为，场面一时无法控制。马克哭着请求说自己可以照顾乐乐，艾真却无视马克的目光匆匆离开了。
经过这一番闹剧，艾真还是没有同意马克见乐乐，却不再追究马克抱走乐乐的责任。老板安慰马克起码不用再担心法律责任，但面对失去乐乐的打击，马克依旧十分痛苦。
寂静的夜，空荡荡的深夜食堂只剩下马克和老板。
老板对马克说，可能这个世界上，没有谁比自己更了解重新开始，这一切都是命中注定。五年前，老天爷将乐乐派来给大家带来欢乐，现在，老天爷又将她妈妈派来，她也会给拼尽全力给乐乐爱，甚至给予乐乐马克和大家不能给的。当初乐乐被偷走，艾真承受的痛苦比任何人都要多，也许现在，是时候把乐乐还回去了。
老板说，乐乐不是离开，她是回家了。马克喃喃地重复回家两个字，眼角的泪不自觉掉了下来。
这一天，老板到酒店等到了乐乐和艾真。乐乐看到老板立刻兴奋地冲上来拥抱他，问他是不是代替马克来接她回家的。她偷偷告诉老板，艾真也不爱吃蔬菜。她还将手里一直留着的奶黄包给老板让他带给马克。老板说如果她就这样将乐乐带走，会留给她一辈子的痛苦和遗憾。艾真终于被打动了。
老板将乐乐和艾真带到店里，亲手为她们做了一份乐乐两岁起，每周五都会吃的的蔬菜补充套餐。老板告诉艾真，乐乐从小就不爱吃蔬菜，自己和马克想了各种办法，最后把青菜混到了汉堡的肉饼里。艾真在乐乐的请求下尝了一口，一向不吃蔬菜的她竟然感到非常好吃，这让她非常惊讶。
老板说，这五年，大家和乐乐像是一个大家庭。阿龙教乐乐体育，小寿叔教乐乐美术，马玲玲教乐乐跳舞，马克是乐乐的大玩具，自己则是她劳动课的老师。正说着，马克进来了。艾真立刻站起来想带乐乐离开，老板却说马克只是想来做个道别。
乐乐看到马克立刻兴奋起来，两人像往常一样互相喂对方，倾诉着彼此的思念。一旁的艾真看着他们父女的样子大受刺激，她大声的说，难道因为马克是聋哑人自己就要给他时间，这五年来自己过得是什么生活又何尝有人能够理解。她转身冲出深夜食堂，在巷子口痛哭起来。老板跟了出来，等到艾真情绪平复，他才说不是因为马克是聋哑人才需要理解，乐乐会跟她走，但毕竟乐乐和马克相处了五年，他们都需要一个完整的告别才能重新开始生活。
艾真回到家，翻出自己从怀孕听到乐乐的心跳，到每一年乐乐过生日时给她的录像，想到这些年的丧女之痛，她不禁泪流满面。乐乐听到动静走了出来，她问艾真为什么爸爸没有和她一起来找自己，艾真说因为乐乐的爸爸以为一辈子都找不回乐乐，和她分开了。
乐乐小心翼翼的问，艾真是不是在生自己和马克的气，艾真没有回答。两人一起翻看乐乐还在妈妈肚子里的照片，艾真一边流泪一边说，这些年自己一直在想什么时候才能找回她。谁料乐乐说自己会和艾真回家，但希望她不要在生马克的气。她抚摸着艾真的头发说，马克还有大家，但艾真只有自己了。看着贴心的乐乐，艾真忍不住将她拥入怀中，此刻她才真正相信，这是她的小棉袄，她终于回来了。
艾真带着乐乐到出租屋收拾行李，乐乐打着手势交代马克要好好照顾自己。马克红着眼安慰她，想自己的时候闭上眼就能看到他了。看着轿车远去的背影，马克再也忍不住跪倒在地，像个孩子一样嚎啕大哭起来。
乐乐离开两天后，马克收到了一封信，里面装着一张机票，他将在另一个城市与乐乐重逢。
生命中的得与失往往不在我们预期中，却往往又因为爱而重逢。马克在一次偶然得到了乐乐，因为爱而放手，艾真在一次意外失去了汪靖真，因为爱而获得了另外一群同样爱着乐乐的人。至于对错，谁又能真的说得清呢！
晨曦的微光里，一个四十多岁的短发中年妇女抱着一个小男孩匆忙的逃亡着，她们躲到了一个破旧的棚屋里。不多时，几个穿着黑衣的男子追了过来，听口气，似乎是男的欠债跑了，来追他的老婆孩子抵债的。幸运的是，黑衣人没有发现她们。
凌晨的海边十分寒冷，比天气更寒冷的是人心。绝望的妇人一步步地走进海里，眼看就要被海浪淹没，身后的孩子一声声稚嫩的呼唤着她，她终究没有狠下心来，跑回海边一把抱住了孩子。不知道刚刚母亲经历了生死抉择，小男孩委委屈屈地说自己饿了，两个人看到海边不远处有几座棚屋，好心的当地人招待母子两吃酒煮蛤蜊，妇人谎称自己不饿，懂事的小男孩却坚持让妈妈吃一个，一旁的居民都夸他是个孝顺的好孩子。
离开后，妇人背着小男孩在海边走着，小男孩说等自己长达以后换自己来背妈妈，这让妇人十分感动，她决心不管再苦要把孩子养大。
时光一去如流水。
这天的深夜食堂格外的吵闹，原来是阿莲姨正大声敲着桌子催促老板给自己弄吃的。
深夜食堂一般不接受醉酒的客人，但阿莲姨是个例外。她还是店里唯一可以买一送一的客人，这是她连续纠缠了老板一百多天换来的福利——买一瓶啤酒送一份酒蒸蛤蜊，也仅限如此。看见阿莲姨酒醺醺的模样，泡面三姐妹嘀咕着如果阿丈换一个母亲，自己还考虑追他，谁料被阿莲姨听见了。四个女人你一言我一语的吵闹起来，老板见怪不怪的打电话叫阿丈过来收拾残局，不一会儿，一个二十多岁的青年跑了过来，和老板道过歉后，他像往常一样背着自己的母亲回家了。
阿丈有一个认识了七年的女朋友——小柔，最近刚晋升为他们学校新校区的副院长，连带着阿丈也升职成为体育系主任。但一向孝顺的阿丈却对于这件事有些顾虑，学校的新校区在另一座城市，如果搬过去，他不知该如何和母亲交代。眼看女朋友和母亲的矛盾越来越深，阿丈也越来越为难。但是，这样嗜酒如命，又爱闹事的母亲，如果真的离开自己，又该如何生活呢？
这一晚，阿莲姨又在深夜食堂喝的酩酊大醉，阿丈带着小柔过来接她，醉醺醺的阿莲姨对食客们说小柔是管家婆，自己很烦她，这让小柔非常尴尬。一番折腾后，阿莲姨还是被阿丈背回家了。约会约到一半的小柔孤零零的坐在深夜食堂里，看着众人或同情或看热闹的眼神，心情跌到了谷底。
小柔和阿丈摊牌说自己无法接受远距离的恋爱，不管是为了前途还是爱情，都到了他该离开妈妈的时候了。但从小和母亲相依为命的阿丈，却迟迟无法做出决定。
不知什么时候开始，阿莲姨从独立拉扯儿子长大的母亲，变成了一个酗酒成性，爱无理取闹的疯婆子。阿丈无法理解母亲的转变，但每次看到母亲在众人面前出丑的样子，他总是无奈又心疼。终于，这天晚上，在女友和母亲的双重压力下不堪重负的他，一反往日的温柔，对阿莲姨大发雷霆然后甩门而去。众人大吃一惊，被丢下的阿莲姨也愣愣的结束了胡闹，黯然离去。
愤然离去的阿丈心里也并不好受。他一个人开车回家，脑海里不断回放着小柔对自己的劝解，和小时候与母亲相依为命的画面。不管阿莲姨再胡闹，她都辛辛苦苦把自己带大，是自己唯一的亲人，他又如何能够丢下她不管呢？纠结的阿丈心神不定，被一辆大货车撞到，发生了车祸。
阿丈的病情十分不乐观，老板从医院打探到，他已经陷入四度昏迷。阿莲姨失魂落魄的陪在医院里不吃不喝，这让深夜食堂的众人感到十分担忧。面临失去儿子的阿莲姨再次来到了海边，十几年前的那一幕还历历在目，但那时候还有儿子的陪伴，现在，她活着还有什么意思呢？阿莲姨一步步的走进海里，却忽然听到了老板的呼唤声。她转过头，看见老板还是那么温柔地看着自己，手里提着一盒酒蒸蛤蜊。老板让阿莲姨多吃一点，阿丈还要她照顾，她还有一场硬仗要打。阿莲姨幡然醒悟，没错，她不能丢下阿丈。
庆幸的是，阿莲姨和小柔都没有放弃，反而在照顾阿丈的这段时间，两人渐渐开始接受彼此，和睦相处起来。也许是感受到众人的心意，昏迷了整整两个月后，阿丈终于醒了过来。
阿丈康复出院的那天，深夜食堂的众人决定为他举办庆祝派对。阿丈告诉阿莲姨，他已经长大了，她也应该放手去过自己想过的生活，做自己想做的事情。令阿丈惊喜的是，小柔和阿莲姨也认可了彼此。把儿子交给小柔后，阿莲姨开启了环游世界的旅程。